Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.04
Please cite: G. Benson, "Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences" Nucleic Acid Research(1999) Vol. 27, No. 2, pp. 573-580. Sequence: scaffold22 Parameters: 2 7 7 80 10 50 500 Length: 1964558

Tables:   1   2   3   4   5   6   

This is table  1  of  6  ( 655 repeats found )
Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
13376--13437
4
14.0
4
77
15
52
3
1
22
72
1.08
13373--13436
5
14.0
5
74
12
50
3
1
21
73
1.06
13373--13442
9
7.7
9
76
10
63
2
2
21
72
1.10
13373--13442
14
5.1
14
77
6
72
2
2
21
72
1.10
20215--20283
35
2.0
35
88
0
102
14
18
26
40
1.89
20295--20435
37
3.7
37
81
6
124
16
13
26
43
1.85
33043--33067
2
12.5
2
100
0
50
52
0
48
0
1.00
35502--35527
13
2.0
13
100
0
52
0
0
15
84
0.62
47287--47319
1
33.0
1
100
0
66
0
100
0
0
0.00
58346--58429
2
42.0
2
92
0
141
50
3
46
0
1.19
61801--61902
48
2.1
48
92
3
170
36
7
20
35
1.82
61825--61975
76
2.0
75
88
1
221
33
9
21
36
1.85
61900--62662
48
15.6
48
87
4
1044
31
10
23
35
1.88
61900--62659
244
3.1
244
92
2
1190
31
10
23
35
1.88
71576--71625
2
25.0
2
100
0
100
0
50
0
50
1.00
73016--73069
2
27.0
2
100
0
108
0
50
0
50
1.00
80920--80980
10
6.4
9
81
5
50
3
0
19
77
0.91
80945--80977
5
6.8
5
86
6
50
0
0
18
81
0.68
82243--82268
2
13.0
2
100
0
52
50
0
0
50
1.00
92526--92587
31
2.0
31
96
0
115
33
19
27
19
1.96
105498--105576
21
3.7
21
83
10
90
30
20
16
32
1.94
105501--105627
43
3.0
43
82
5
134
36
15
15
32
1.90
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
105518--105692
21
8.1
21
73
5
98
34
14
16
34
1.89
105518--105683
43
3.8
43
83
2
163
33
15
16
35
1.90
106322--106373
21
2.4
21
80
3
68
32
15
13
38
1.86
106337--106466
43
3.0
43
80
0
143
37
15
13
33
1.87
106679--106725
21
2.2
21
92
0
76
40
19
17
23
1.91
106679--106733
21
2.6
21
88
0
65
40
18
18
23
1.91
106781--106990
21
9.9
21
75
4
161
31
17
14
36
1.90
106704--106923
106
2.1
105
80
8
241
35
17
13
34
1.88
106810--106884
22
3.5
22
67
12
66
44
14
14
26
1.84
106785--106993
42
4.9
42
78
5
188
33
17
14
34
1.90
106785--106993
85
2.5
85
82
4
262
33
17
14
34
1.90
108695--108762
36
1.9
35
87
3
100
14
20
25
39
1.91
120588--120637
25
2.0
25
96
0
91
18
24
18
40
1.91
122184--122808
172
3.6
172
93
0
1043
36
15
19
28
1.92
132574--132606
14
2.4
14
100
0
66
39
0
27
33
1.57
136184--136429
29
8.7
29
70
14
156
25
13
20
39
1.90
139884--140069
38
4.9
38
90
0
264
25
13
18
42
1.87
140010--140132
63
2.0
63
96
0
228
26
11
19
43
1.85
140070--140395
38
8.6
38
95
1
575
28
13
18
39
1.89
141052--141082
16
1.9
16
93
0
53
25
19
12
41
1.87
141126--141163
17
2.4
16
86
8
51
21
26
18
34
1.96
148300--148342
2
21.5
2
85
0
59
51
0
44
4
1.22
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
149124--149157
17
1.9
17
94
5
59
29
50
0
20
1.49
150794--151113
177
1.8
177
91
1
534
25
25
14
34
1.93
151312--151357
4
11.8
4
88
4
67
45
26
28
0
1.54
151312--151356
12
3.8
12
91
2
74
44
26
28
0
1.55
163425--163501
5
15.0
5
84
15
88
0
0
18
81
0.68
163424--163497
11
6.9
11
85
13
93
0
0
17
82
0.67
163435--163501
30
2.2
31
94
5
120
0
0
16
83
0.64
163424--163498
6
12.8
6
76
19
70
0
0
17
82
0.67
163424--163501
36
2.2
37
90
9
126
0
0
17
82
0.68
164745--164815
32
2.2
32
97
0
133
25
30
16
26
1.97
164745--164835
32
2.8
32
89
1
119
28
26
19
25
1.99
166105--166155
16
3.2
16
83
10
68
3
37
25
33
1.74
166113--166160
16
3.0
16
93
0
78
2
37
25
35
1.68
166105--166160
12
4.7
12
78
8
51
3
37
25
33
1.73
169948--170024
32
2.4
33
82
4
86
12
32
28
25
1.93
171801--171825
2
12.5
2
100
0
50
0
0
48
52
1.00
172075--172108
10
3.4
10
91
0
50
23
20
14
41
1.89
172625--172670
24
1.9
24
86
0
65
0
36
6
56
1.25
176218--176243
11
2.4
11
100
0
52
30
0
15
53
1.42
187062--187349
57
5.1
57
97
0
531
34
7
19
39
1.79
187883--188005
42
2.9
42
75
9
133
15
14
39
30
1.88
187887--188005
21
5.7
21
67
4
78
14
15
38
31
1.87
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
188839--188879
22
1.9
22
95
5
75
41
4
14
39
1.67
190339--190419
2
40.0
2
86
7
110
2
46
1
48
1.23
190638--190774
69
2.0
68
98
0
256
17
27
14
40
1.88
190961--191101
21
6.7
21
75
0
120
39
17
24
18
1.92
190977--191077
42
2.4
42
93
0
175
39
21
21
16
1.92
192089--192201
21
5.4
21
69
4
75
40
16
23
19
1.91
192099--192198
42
2.4
42
88
6
141
40
19
22
19
1.92
192131--192212
42
2.0
42
90
0
128
41
18
20
19
1.91
192609--192729
25
4.8
25
95
2
217
29
14
19
36
1.91
198790--199574
55
14.2
55
91
2
1150
31
27
18
23
1.97
198790--199574
167
4.7
165
91
3
1245
31
27
18
23
1.97
199566--199604
2
19.5
2
100
0
78
51
0
48
0
1.00
199456--199712
138
1.9
138
88
1
390
32
22
22
22
1.98
199594--199819
55
4.1
55
79
1
229
32
25
16
25
1.96
199401--199761
193
1.9
193
84
2
492
32
24
20
22
1.98
208359--208402
8
5.5
8
88
0
61
0
38
25
36
1.56
208360--208405
12
3.8
12
97
0
83
0
36
26
36
1.57
208360--208398
4
9.8
4
82
0
51
0
41
25
33
1.56
208410--209066
146
4.5
146
87
3
889
29
19
20
30
1.97
211241--211505
49
5.4
49
93
0
449
43
32
9
15
1.78
211356--211482
24
5.2
24
61
17
64
42
37
7
13
1.71
211380--211504
22
5.2
22
62
23
56
43
33
8
14
1.76
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
213213--213710
97
5.1
97
99
0
978
41
35
8
15
1.76
216481--216507
2
13.5
2
100
0
54
48
51
0
0
1.00
219517--219566
24
2.1
24
84
0
64
12
30
26
32
1.92
219499--219737
18
13.3
18
85
0
253
7
35
25
31
1.84
221301--221345
2
22.5
2
86
0
63
53
2
42
2
1.25
221293--221343
24
2.1
24
92
0
84
52
5
39
1
1.37
225082--225121
20
2.0
20
100
0
80
25
25
35
15
1.94
227657--227705
20
2.5
20
80
6
55
28
10
24
36
1.88
229038--229086
2
25.0
2
87
4
73
51
0
48
0
1.00
230692--230742
2
25.5
2
100
0
102
50
0
49
0
1.00
233315--233782
169
2.8
169
87
4
658
30
19
17
32
1.94
233316--233835
170
3.1
168
83
5
611
30
18
17
33
1.94
235349--235388
7
6.0
7
85
8
57
17
15
15
52
1.75
235349--235388
13
3.0
13
96
3
71
17
15
15
52
1.75
235349--235386
20
1.9
19
89
5
58
18
15
13
52
1.74
239267--239476
51
4.1
52
77
7
171
31
11
19
38
1.87
239310--239508
52
3.9
51
78
7
147
31
12
17
38
1.87
239299--239508
103
2.0
102
80
7
228
30
11
17
39
1.86
241633--241800
89
1.9
89
95
2
302
25
15
27
30
1.96
243893--243923
12
2.6
12
100
0
62
51
12
35
0
1.40
254044--254092
2
24.5
2
100
0
98
0
48
0
51
1.00
255485--255593
2
55.0
2
90
1
175
0
50
0
47
1.01
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
257622--257666
22
2.1
22
83
4
56
80
15
2
2
0.92
272355--272398
1
44.0
1
86
0
52
2
0
6
90
0.51
272356--272400
22
2.0
23
91
4
74
2
0
11
86
0.65
272344--272397
15
3.7
15
88
9
76
5
0
7
87
0.68
280933--280970
19
2.1
18
95
5
67
36
26
5
28
1.78
298732--298770
19
2.1
19
95
0
69
38
0
10
51
1.36
299213--299264
20
2.6
20
84
0
77
26
26
19
26
1.99
302305--302351
2
23.5
2
95
0
85
0
46
0
53
1.00
306459--306514
28
2.0
28
100
0
112
21
10
14
53
1.70
309851--309897
20
2.4
20
92
0
76
14
12
59
12
1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6