oyster.v9_M.fa.s10.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.04

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold77
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  1619719

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1721--1765	23	2.0	23	100	0	90	33	22	17	26	1.96
1916--1941	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
1959--1984	1	26.0	1	100	0	52	100	0	0	0	0.00
3174--3573	200	2.0	200	100	0	800	29	14	14	41	1.85
8165--8196	14	2.4	13	94	5	55	15	6	6	71	1.26
14155--14581	166	2.6	166	95	1	766	26	16	19	37	1.93
14746--14791	4	11.8	4	90	4	67	30	26	43	0	1.55
14743--14796	12	4.7	12	84	6	67	33	25	40	0	1.56
19441--19501	2	30.5	2	100	0	122	49	0	50	0	1.00
21996--22914	44	20.8	44	87	2	1245	25	22	16	35	1.94
29416--29493	40	1.9	40	97	0	147	39	10	10	39	1.73
30599--30630	10	3.2	10	95	0	55	53	18	0	28	1.45
30799--30842	6	7.3	6	90	10	72	0	31	50	18	1.47
31167--31206	19	2.1	19	90	0	62	22	2	37	37	1.68
30985--31497	177	2.9	176	86	3	688	24	16	26	32	1.96
32164--32206	20	2.1	20	91	0	68	39	4	13	41	1.66
32268--32321	28	1.9	28	85	14	76	29	1	16	51	1.55
32449--32582	15	8.4	15	71	15	72	38	5	12	44	1.65
32466--32632	50	3.4	47	76	9	156	36	4	13	45	1.64
32520--32554	18	1.9	18	94	0	61	40	0	8	51	1.33
32432--32643	98	2.2	98	88	4	311	36	5	11	46	1.62
32511--32633	15	7.7	15	70	20	79	35	4	13	47	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34605--34644	20	2.0	20	100	0	80	30	25	15	30	1.95
44457--44483	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
61048--61122	37	2.0	38	84	2	98	33	14	13	38	1.85
67125--67170	12	3.8	12	88	0	65	2	39	23	34	1.67
83526--83592	34	2.0	34	87	0	98	32	4	31	31	1.78
83743--83821	31	2.5	31	83	0	104	24	5	29	41	1.76
83933--84288	67	5.3	65	82	5	397	35	5	24	35	1.77
83968--84288	135	2.4	133	90	2	500	34	5	23	36	1.78
84190--84396	108	1.9	108	83	3	265	31	4	25	38	1.76
84296--84513	63	3.4	64	92	3	339	33	3	29	33	1.74
84467--84563	48	2.0	49	93	4	160	36	2	26	35	1.69
84467--84563	50	2.0	48	95	4	176	36	2	26	35	1.69
84027--84637	243	2.5	245	78	10	651	34	4	25	35	1.76
84404--84627	113	2.0	111	98	1	430	35	2	27	34	1.71
84515--84637	63	1.9	66	93	6	216	35	3	26	34	1.73
85761--85962	35	5.5	35	73	14	181	23	20	27	28	1.99
85752--86040	151	1.9	149	90	2	456	25	19	27	28	1.99
85753--86113	151	2.4	150	84	6	401	25	19	26	28	1.99
86000--86221	69	3.1	69	82	5	239	26	21	22	29	1.99
85852--86221	35	10.3	35	75	9	210	24	20	24	29	1.99
89730--89975	26	9.7	26	73	10	177	26	13	10	50	1.73
91001--91033	15	2.2	15	100	0	66	45	12	6	36	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91091--91130	20	2.0	20	85	0	53	47	10	7	35	1.65
97825--98281	165	2.8	164	76	6	442	39	14	16	29	1.89
100962--101018	18	3.4	17	80	14	73	17	35	5	42	1.72
102404--102459	21	2.7	21	80	0	76	32	17	33	16	1.92
105279--105416	66	2.1	66	87	2	197	30	18	8	42	1.80
116078--116130	2	26.5	2	92	7	90	1	50	0	47	1.12
116748--116797	2	25.0	2	95	0	91	0	50	2	48	1.12
117458--117685	125	1.8	125	94	0	402	27	22	25	25	2.00
125941--125972	12	2.5	13	90	10	57	43	9	12	34	1.75
142394--142430	2	18.5	2	100	0	74	0	51	0	48	1.00
155359--155414	2	28.0	2	100	0	112	0	50	0	50	1.00
160541--160990	31	16.1	31	81	17	519	28	39	18	14	1.89
160530--160979	54	8.2	55	83	15	418	28	40	18	14	1.89
160541--160990	85	5.4	85	94	4	808	28	39	18	14	1.89
160657--160701	23	2.0	23	100	0	90	28	44	17	8	1.79
160742--160789	23	2.1	23	100	0	96	31	43	16	8	1.78
160768--160850	16	5.3	16	62	5	53	27	38	18	15	1.91
160830--160951	23	5.0	23	70	18	102	30	41	17	10	1.83
160830--160979	77	1.9	77	100	0	300	29	41	17	12	1.85
160881--160951	23	3.1	23	100	0	142	30	43	16	8	1.78
161920--162026	31	3.7	31	78	19	149	14	18	40	27	1.89
161916--162037	54	2.3	54	98	0	235	13	18	40	27	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
173797--174020	102	2.2	102	95	0	396	46	19	21	12	1.83
174157--174226	27	2.7	27	82	4	81	54	0	40	5	1.24
174894--175007	32	3.6	32	98	0	219	37	8	14	38	1.78
174894--175007	16	7.1	16	88	0	174	37	8	14	38	1.78
195075--195623	178	2.9	181	77	9	473	30	14	17	37	1.90
196024--196058	1	35.0	1	88	0	52	0	2	94	2	0.37
202892--202957	2	33.0	2	100	0	132	0	50	0	50	1.00
202957--202984	2	14.0	2	100	0	56	50	50	0	0	1.00
205047--205094	21	2.3	21	85	7	62	27	10	6	56	1.57
205040--205105	28	2.4	28	81	0	78	28	13	4	53	1.60
205042--205229	49	3.9	49	76	4	157	25	10	6	57	1.56
206738--206818	41	2.0	41	88	4	121	35	20	16	27	1.94
219809--219885	4	19.2	4	94	0	73	50	11	37	0	1.39
219809--219885	12	6.2	12	86	5	82	50	11	37	0	1.39
224276--224328	21	2.5	21	100	0	106	33	5	16	43	1.72
225415--225462	22	2.3	22	82	7	55	33	8	14	43	1.75
226699--227834	180	6.3	180	96	0	2058	29	15	17	36	1.91
226699--227994	361	3.5	360	93	3	2135	30	15	18	36	1.91
236793--236818	11	2.4	11	100	0	52	26	0	38	34	1.57
243634--243659	13	2.0	13	100	0	52	30	15	38	15	1.88
245356--245417	30	2.1	30	100	0	124	43	19	9	27	1.82
255814--255861	16	2.9	16	90	3	69	2	54	0	43	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
257899--257956	27	2.1	27	100	0	116	39	22	20	17	1.92
267432--267479	25	1.9	25	83	8	62	41	0	0	58	0.98
278330--278368	2	19.5	2	94	0	69	0	46	0	53	1.00
284327--284455	32	4.0	32	97	0	240	37	6	17	37	1.75
285512--285616	51	2.1	51	100	0	210	48	10	9	31	1.69
300379--300425	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
304558--304678	33	3.7	33	77	4	136	38	11	14	34	1.83
304558--304681	66	1.9	66	93	0	212	40	11	14	33	1.82
305508--305534	14	1.9	14	100	0	54	7	29	29	33	1.85
309280--309309	11	2.6	11	94	5	51	73	26	0	0	0.84
314166--314261	32	3.0	32	87	3	158	30	21	16	31	1.96
314319--314864	32	16.9	32	88	4	729	33	20	14	31	1.93
314319--315303	64	15.0	64	80	9	1029	32	21	14	31	1.93
314323--315303	96	9.9	95	78	10	891	32	20	14	31	1.93
314922--315303	32	12.0	32	93	0	649	32	21	14	31	1.94
315053--315105	18	3.2	18	64	20	51	37	20	11	30	1.88
327320--327351	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
344634--344677	22	2.0	22	91	8	72	27	18	43	11	1.84
344644--344692	22	2.2	22	85	0	62	30	18	42	8	1.79
344685--344751	21	3.1	21	89	4	107	26	19	43	10	1.83
344689--344757	22	3.2	22	84	10	88	27	20	43	8	1.81
344766--344827	14	4.3	14	77	22	58	9	45	14	30	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
344766--344827	22	2.8	22	95	0	106	9	45	14	30	1.77
345501--345558	22	2.7	22	89	7	84	34	17	39	8	1.80
345575--345714	14	9.5	15	68	22	68	8	43	15	32	1.77
345582--345710	22	5.8	22	76	14	99	8	42	16	32	1.78
345624--345704	30	2.7	30	85	11	96	9	43	16	30	1.80
351034--351068	2	17.5	2	93	0	61	54	0	45	0	0.99
370535--370560	12	2.2	12	100	0	52	92	0	7	0	0.39
370533--370563	15	2.1	15	93	0	53	90	0	9	0	0.46
380446--380474	12	2.3	13	94	5	51	41	13	0	44	1.44
382685--382745	29	2.0	31	81	6	72	40	8	9	40	1.68

Tables:   1   2   3   4