oyster.v9_M.fa.s11.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.04

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold257
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  1615106

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4096--4120	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
8778--8872	2	47.5	2	72	4	57	49	8	37	4	1.53
8781--8866	32	2.9	30	77	6	86	51	9	36	3	1.51
8778--8827	12	4.2	12	81	0	64	50	10	38	2	1.48
9049--9084	5	6.8	5	87	12	54	83	16	0	0	0.65
9041--9085	6	7.8	6	81	18	60	84	15	0	0	0.62
9042--9085	11	3.9	11	96	3	79	84	15	0	0	0.63
9575--9652	21	3.7	21	91	0	129	46	21	6	25	1.75
19322--19354	13	2.5	13	95	0	57	39	15	33	12	1.84
19318--19360	6	7.0	6	82	12	52	34	16	34	13	1.88
19322--19361	19	2.0	20	90	4	64	40	15	32	12	1.84
19631--19663	7	4.9	7	92	7	59	39	15	30	15	1.88
28093--28117	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
28237--28598	196	1.8	196	98	0	697	28	22	10	39	1.86
30652--30748	49	2.0	49	100	0	194	24	22	18	34	1.96
33527--33569	2	21.5	2	100	0	86	0	48	0	51	1.00
40782--40876	30	3.2	30	87	1	120	27	20	24	28	1.99
42494--42540	8	5.9	8	75	9	51	6	38	23	31	1.80
42506--42549	12	3.7	12	81	0	61	4	36	22	36	1.75
45793--45854	4	15.8	4	83	9	65	1	32	24	41	1.64
45808--45861	27	2.0	27	88	0	81	1	37	20	40	1.63
57011--57087	21	3.7	21	86	5	93	33	22	16	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72158--72202	2	22.5	2	100	0	90	0	48	0	51	1.00
80038--80640	324	1.8	324	85	5	856	28	22	14	34	1.94
79866--80694	166	5.1	164	80	6	860	29	22	14	34	1.93
80865--80891	12	2.2	12	100	0	54	44	40	14	0	1.46
80864--80902	18	2.2	18	85	0	51	41	38	17	2	1.64
83892--83978	21	4.2	21	73	7	61	45	13	14	25	1.82
84056--84215	21	7.5	21	83	4	196	30	16	13	39	1.88
84061--84215	65	2.4	63	84	4	204	30	16	13	39	1.87
84242--84410	21	8.0	21	79	7	173	37	14	17	30	1.89
84242--84373	42	3.1	42	94	0	228	38	13	18	28	1.89
84250--84429	63	2.9	63	81	6	170	39	13	16	30	1.87
84242--84408	42	4.0	42	88	1	219	38	14	17	29	1.89
84553--84595	21	2.0	21	86	8	61	25	18	11	44	1.84
85387--85444	16	3.5	17	70	23	52	22	3	17	56	1.55
85383--85450	33	2.1	33	97	0	127	23	2	19	54	1.57
85544--85791	28	8.9	28	94	1	444	32	18	31	18	1.95
88583--88620	15	2.4	16	82	13	51	31	28	15	23	1.96
93418--93506	2	44.5	2	100	0	178	49	0	50	0	1.00
94269--94294	12	2.2	12	100	0	52	57	19	7	15	1.62
97595--97706	43	2.6	43	98	0	215	33	25	20	21	1.97
106112--106156	17	2.8	17	90	6	67	46	11	13	28	1.77
110196--110253	2	29.0	2	100	0	116	0	50	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115639--115696	24	2.4	24	85	0	80	20	37	18	22	1.94
116566--116782	113	1.9	113	100	0	434	25	11	17	46	1.81
119703--119739	17	2.2	17	95	0	65	29	18	5	45	1.72
124374--124469	29	3.3	29	98	0	183	22	4	17	55	1.59
127370--127532	23	7.4	23	74	17	116	47	9	20	22	1.78
127406--127437	15	2.1	15	100	0	64	50	12	18	18	1.78
127383--127506	38	3.1	38	81	17	167	49	9	20	20	1.77
127370--127532	61	2.5	63	91	8	249	47	9	20	22	1.78
127421--127532	46	2.4	46	95	1	206	48	8	20	22	1.77
128597--128634	4	9.8	4	88	5	51	0	42	26	31	1.56
128597--128637	16	2.6	16	92	3	66	0	39	26	34	1.57
128804--129653	166	5.1	166	96	0	1529	38	19	16	26	1.92
140664--141130	234	2.0	233	100	0	925	33	17	14	34	1.90
141618--141668	2	25.5	2	100	0	102	0	49	0	50	1.00
141666--141693	3	9.3	3	100	0	56	0	32	0	67	0.91
147815--147863	2	24.5	2	100	0	98	0	51	0	48	1.00
158205--158878	55	12.3	55	88	0	891	28	16	25	30	1.96
161480--161569	30	3.0	30	85	9	130	32	23	12	32	1.91
168559--168686	55	2.3	55	83	0	184	25	14	25	33	1.95
168574--168737	55	2.8	59	82	9	187	23	15	28	32	1.95
172295--172354	30	2.0	30	87	6	86	30	23	13	33	1.93
174899--174935	2	18.5	2	100	0	74	48	0	51	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
180064--180858	165	4.8	165	91	2	1128	31	19	17	30	1.95
183317--183349	17	1.9	17	93	0	57	33	6	18	42	1.75
185373--185416	19	2.3	19	96	0	79	22	6	15	54	1.65
185428--185486	2	29.5	2	100	0	118	50	0	49	0	1.00
188517--188577	2	30.5	2	100	0	122	0	49	0	50	1.00
189679--189734	2	28.0	2	100	0	112	0	50	0	50	1.00
192088--192126	11	3.5	11	100	0	78	25	17	20	35	1.95
195520--195579	23	2.6	23	78	0	75	41	18	10	30	1.83
196310--196361	2	26.0	2	100	0	104	0	50	0	50	1.00
200158--200226	21	3.3	21	87	4	77	34	13	13	39	1.83
200175--200286	42	2.7	42	72	0	107	33	13	14	39	1.85
200527--200579	21	2.5	21	87	0	70	32	9	20	37	1.85
200682--200726	21	2.2	21	88	4	65	24	13	17	44	1.85
202397--202436	2	20.0	2	100	0	80	0	50	0	50	1.00
202713--202757	21	2.1	21	83	0	54	44	22	6	26	1.77
203029--203144	42	2.8	42	82	0	133	39	12	14	32	1.84
203072--203161	21	4.3	21	88	2	119	37	12	14	35	1.83
203305--203349	2	22.5	2	95	0	81	0	51	0	48	1.00
203463--203520	21	2.8	21	82	10	57	41	22	10	25	1.85
203476--203520	21	2.2	21	88	4	65	44	17	13	24	1.85
203623--203675	21	2.5	21	87	0	70	37	20	9	32	1.85
203916--204053	21	6.6	21	77	0	123	39	13	14	33	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
211078--211148	24	3.0	24	78	10	83	19	19	15	45	1.86
211966--212047	20	4.2	20	98	1	157	34	15	9	40	1.81
214967--215030	2	32.5	2	96	3	121	0	50	0	50	1.00
232777--232829	6	8.8	6	85	8	63	1	1	9	86	0.71
232777--232832	15	3.4	16	76	9	60	1	1	8	87	0.69
233422--233466	3	15.0	3	100	0	90	33	0	33	33	1.58
235395--235432	19	2.0	19	89	0	58	57	5	10	26	1.53
235767--235896	21	6.6	21	73	15	107	46	7	13	32	1.71
235763--235913	77	2.0	76	92	1	248	45	9	12	32	1.74
237026--237057	4	8.0	4	100	0	64	50	25	0	25	1.50
240312--240345	3	11.3	3	87	0	50	35	32	2	29	1.73
243097--243142	21	2.1	22	96	4	85	50	0	15	34	1.44
244348--244396	21	2.4	21	89	3	73	38	8	18	34	1.80
251896--251954	2	29.0	2	96	3	109	49	0	0	49	1.01
252662--252718	22	2.6	22	78	13	73	45	29	15	8	1.77
255988--256106	60	2.0	59	100	0	229	28	21	13	35	1.92
258203--258242	21	1.9	21	84	0	53	40	12	15	32	1.84
260015--260041	14	1.9	14	100	0	54	25	7	7	59	1.51
259896--260241	186	1.9	185	99	0	683	26	16	10	47	1.78
260201--260227	14	1.9	14	100	0	54	25	7	7	59	1.51
264472--264506	18	1.9	18	88	11	54	40	5	11	42	1.65
265593--265664	21	3.4	21	84	3	83	30	23	5	40	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
268253--268293	18	2.3	18	86	0	55	19	2	21	56	1.54
288139--288210	24	3.0	24	95	0	135	23	9	25	41	1.84
289162--289200	21	1.9	20	89	5	60	74	23	0	2	0.94
289169--289568	200	2.0	200	100	0	800	42	18	13	26	1.86
295803--295863	2	30.5	2	89	0	95	0	44	0	55	0.99
299252--299298	23	2.0	23	100	0	94	29	23	21	25	1.99
299663--299742	21	3.8	21	77	0	88	38	15	20	26	1.91
299662--299742	42	1.9	42	89	0	126	38	14	19	27	1.91
299856--299994	21	6.6	21	83	0	152	32	17	15	35	1.91
299994--300094	42	2.4	41	95	3	175	32	20	12	33	1.91

Tables:   1   2   3   4   5