oyster.v9_M.fa.s16.2.7.7.80.10.50.500.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.04

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold501
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  1397941

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
566070--566985	499	1.8	498	91	1	1532	25	17	19	38	1.93
566070--566990	167	5.5	166	92	2	1474	25	17	19	38	1.93
567155--567192	4	9.8	4	88	5	51	31	26	42	0	1.56
567152--567192	16	2.6	16	92	3	66	34	26	39	0	1.57
567801--567831	11	2.8	11	90	0	53	45	29	16	9	1.79
567996--568037	11	3.8	11	83	0	57	45	30	11	11	1.77
567994--568042	22	2.2	22	96	0	89	40	30	16	12	1.85
568626--568709	26	3.2	26	89	3	141	16	25	7	51	1.70
571590--571707	42	2.8	42	93	0	200	30	25	11	32	1.92
571947--571977	10	3.1	10	100	0	62	51	9	19	19	1.74
573476--573512	14	2.4	16	86	8	51	62	5	18	13	1.50
573474--573512	15	2.5	16	83	4	53	61	5	20	12	1.50
575934--576013	18	4.3	18	72	3	61	17	22	22	37	1.94
576551--576786	94	2.5	95	90	0	393	18	25	21	34	1.96
579220--579473	32	8.0	32	91	0	402	38	23	15	23	1.92
579221--579473	95	2.6	96	95	1	454	38	23	15	23	1.92
579583--579680	32	3.1	32	96	0	178	36	25	17	20	1.94
580786--580819	4	8.0	4	87	12	50	23	0	0	76	0.79
580786--580819	9	3.9	9	96	3	61	23	0	0	76	0.79
580786--580819	13	2.7	12	86	13	50	23	0	0	76	0.79
583551--583594	2	22.5	2	90	4	72	52	0	47	0	1.00
584710--584778	21	3.3	21	75	4	86	39	27	17	15	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
594640--594722	42	2.0	42	92	0	139	31	31	20	16	1.95
595690--596219	72	7.3	72	92	3	791	25	22	18	33	1.97
595801--595911	32	3.2	32	65	30	84	25	18	18	36	1.94
595690--596219	145	3.7	144	92	1	839	25	22	18	33	1.97
595690--596181	217	2.3	217	93	2	837	26	22	18	32	1.97
605332--605365	11	2.8	12	91	8	52	8	17	26	47	1.77
605630--605658	2	14.5	2	100	0	58	0	51	0	48	1.00
605769--605829	2	31.0	2	96	3	115	0	49	0	50	1.00
608972--609080	2	55.5	2	78	10	109	45	3	46	3	1.38
618376--618469	32	2.9	32	87	0	143	27	27	18	26	1.98
620051--620085	16	2.2	16	100	0	70	25	22	22	28	1.99
620051--620096	16	3.0	16	90	6	60	26	26	17	30	1.97
620388--620446	25	2.4	25	82	5	66	37	1	11	49	1.50
620637--620715	15	5.1	15	72	13	54	44	11	3	40	1.58
620945--621009	32	2.0	33	90	6	105	44	9	6	40	1.61
622061--622085	13	1.9	13	100	0	50	44	24	0	32	1.54
623257--623305	17	2.9	17	93	0	80	8	12	34	44	1.71
629916--630204	144	2.0	144	98	1	553	49	9	17	23	1.76
631059--631116	21	2.8	21	89	0	89	24	15	18	41	1.89
631208--631292	21	4.0	21	74	6	82	38	17	12	30	1.88
631208--631289	42	2.0	42	90	4	130	37	17	13	31	1.88
631393--631432	21	1.9	21	84	0	53	42	15	15	27	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
631497--631541	21	2.1	21	87	0	63	24	20	20	35	1.96
631618--631709	21	4.4	21	80	0	103	41	18	16	23	1.90
631618--631709	42	2.2	42	90	0	139	41	18	16	23	1.90
634887--635093	33	6.0	33	86	5	252	33	20	11	34	1.89
634887--635093	68	3.0	66	83	7	261	33	20	11	34	1.89
634890--635089	101	1.9	104	91	7	327	33	20	11	34	1.89
637370--637501	41	3.4	39	72	16	121	40	10	23	25	1.86
637375--637501	40	3.3	36	72	18	110	41	9	24	24	1.84
639639--640306	146	4.6	146	95	0	1158	29	21	21	27	1.99
651700--651769	2	35.0	2	97	0	131	51	0	48	0	1.00
658380--658431	2	26.0	2	96	0	95	51	0	48	0	1.00
658906--658977	23	3.1	23	85	0	99	22	25	15	37	1.93
661684--661742	2	30.0	2	93	3	102	50	0	49	0	1.00
678366--678419	2	27.0	2	100	0	108	50	0	50	0	1.00
680430--680712	135	2.1	135	81	7	328	45	27	12	14	1.80
680696--680739	12	3.4	12	77	17	52	68	27	0	4	1.09
686136--686160	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
691644--691739	30	3.2	30	75	0	93	30	12	11	45	1.77
691864--691905	22	1.9	22	90	0	66	52	0	11	35	1.38
692296--692353	4	14.8	4	89	3	73	0	41	25	32	1.56
692677--692725	20	2.5	19	80	9	55	42	20	16	20	1.89
696667--696850	72	2.8	65	84	12	255	36	15	13	35	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
700643--700690	21	2.3	21	96	0	87	27	27	12	33	1.92
711137--711942	168	4.9	167	88	5	1207	32	17	18	31	1.94
711134--711934	323	2.5	323	90	4	1200	32	17	18	31	1.94
711620--711985	162	2.2	164	87	4	481	32	16	18	31	1.93
712147--712191	7	6.4	7	89	0	72	28	42	28	0	1.56
718895--719065	84	2.0	84	93	2	290	39	7	12	40	1.71
719905--719934	14	2.1	14	100	0	60	40	0	20	40	1.52
721086--721134	2	24.5	2	100	0	98	48	0	51	0	1.00
722665--722692	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
734898--734926	9	3.2	9	100	0	58	55	0	20	24	1.44
735874--735916	2	21.5	2	100	0	86	0	48	0	51	1.00
738222--738259	16	2.3	17	81	4	51	55	2	10	31	1.48
739468--739757	142	2.0	142	98	0	571	31	21	13	33	1.92
739754--740713	331	2.9	333	90	3	1456	37	15	17	28	1.91
739754--740713	167	5.8	166	90	2	1423	37	15	17	28	1.91
740744--740799	4	14.0	4	88	0	76	44	25	28	1	1.64
741999--742267	120	2.3	121	80	8	318	39	8	11	40	1.72
761716--761754	18	2.2	18	86	9	53	10	7	43	38	1.67
761738--762041	36	8.1	36	85	9	349	8	16	44	31	1.77
761730--761866	18	7.6	18	68	9	91	10	16	42	31	1.81
761817--761914	48	2.0	48	88	3	144	9	18	40	31	1.82
761872--762004	18	7.4	18	67	13	76	7	16	45	30	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
761781--762018	84	3.0	79	88	7	328	8	16	44	30	1.78
761745--761986	120	2.0	120	91	0	394	8	17	42	30	1.79
762411--762626	18	12.0	18	68	10	138	15	18	32	32	1.93
762407--762507	36	2.8	36	87	0	157	11	16	40	30	1.85
762490--762623	36	3.7	36	97	0	259	17	19	26	35	1.94
762411--762623	72	3.0	72	86	6	247	15	18	32	33	1.92
762629--762724	18	5.3	18	94	0	174	27	22	21	28	1.99
762490--762663	72	2.4	72	87	1	197	18	20	26	34	1.96
772003--772400	165	2.4	165	79	4	428	30	17	15	37	1.90
772956--773371	166	2.5	165	92	1	697	25	15	18	39	1.91
774751--774798	4	12.0	4	81	0	51	39	25	35	0	1.56
774754--774798	8	5.6	8	89	0	72	37	24	37	0	1.56
774751--774792	12	3.5	12	93	0	75	40	26	33	0	1.56
775736--775777	18	2.3	18	91	0	66	35	9	0	54	1.33
775736--775795	6	10.0	6	79	0	57	35	10	0	55	1.34
776006--776051	4	11.8	4	90	4	67	30	26	43	0	1.55
776003--776056	12	4.7	12	84	6	67	33	25	40	0	1.56
777091--777121	11	2.7	11	95	5	53	9	19	25	45	1.81
779619--779644	13	2.0	13	100	0	52	92	0	7	0	0.39
779711--779804	32	2.9	32	91	0	152	25	17	27	29	1.97
780064--780141	32	2.4	32	91	0	120	34	30	14	20	1.92
781050--781091	22	1.9	22	90	0	66	7	42	16	33	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
782064--782117	25	2.2	25	86	6	74	31	3	14	50	1.61
782267--782447	97	1.9	98	83	5	242	40	12	6	40	1.67
782449--782494	20	2.2	22	88	7	69	47	8	6	36	1.60
790268--790357	28	3.2	28	84	4	128	25	22	14	37	1.92
793147--793218	28	2.6	28	93	0	117	26	26	15	31	1.95
794282--794332	15	3.3	15	86	10	75	52	11	21	13	1.72
794846--795074	30	8.0	30	85	13	347	37	26	17	18	1.93
794801--795047	110	2.2	110	95	0	449	38	25	17	17	1.92
794846--795127	140	2.0	140	97	0	528	37	26	18	18	1.93
795046--795183	50	2.8	50	90	0	222	39	25	20	15	1.91

Tables:   1   2   3   4   5