oyster.v9_M.fa.s16.2.7.7.80.10.50.500.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.04

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold501
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  1397941

Tables:   1   2   3   4   5   

This is table  3  of  5  ( 512 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
796849--796923	22	3.4	22	92	1	123	33	22	13	30	1.92
796953--797002	23	2.3	23	86	6	68	36	28	14	22	1.92
797886--797981	20	4.8	20	88	0	147	22	23	18	34	1.96
799680--799712	15	2.2	15	94	0	57	0	21	33	45	1.52
799877--800355	166	2.9	166	89	3	712	32	15	23	29	1.95
802280--802309	10	3.0	10	95	0	51	36	10	10	43	1.72
803797--803885	46	1.9	46	93	0	151	34	15	21	28	1.94
805452--805611	30	5.1	30	83	8	212	45	13	28	13	1.81
805452--805611	66	2.6	60	89	6	230	45	13	28	13	1.81
808931--808975	22	2.0	22	87	8	65	17	26	26	28	1.98
813907--813947	20	2.0	20	90	0	64	0	0	26	73	0.84
814113--814310	68	2.9	68	99	0	387	38	16	18	26	1.92
815399--815465	31	2.2	31	97	2	127	43	8	32	14	1.77
817146--817184	16	2.3	18	82	8	55	23	12	23	41	1.88
819965--820012	4	12.0	4	95	0	51	39	25	10	25	1.87
821782--821823	2	21.0	2	95	0	75	50	2	47	0	1.14
823561--823621	31	2.0	31	96	0	113	42	6	16	34	1.74
824829--825009	54	3.4	54	82	6	215	33	10	14	41	1.80
824785--825102	54	5.5	54	73	15	201	35	11	11	41	1.77
830689--830763	4	18.8	4	84	0	69	50	10	38	0	1.37
830689--830763	14	5.4	14	83	0	96	50	10	38	0	1.37
830925--830955	16	1.9	16	100	0	62	41	25	6	25	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
838598--838629	4	7.8	4	93	6	55	0	0	21	78	0.76
838592--838629	17	2.2	18	95	4	69	0	0	21	78	0.74
838592--838629	13	2.8	13	92	4	58	0	0	21	78	0.74
844011--844178	21	8.0	22	81	7	183	38	32	10	18	1.84
844011--844178	10	16.0	11	79	11	183	38	32	10	18	1.84
845666--845729	11	6.0	11	92	7	114	15	9	37	37	1.80
845666--845729	21	3.0	21	97	2	119	15	9	37	37	1.80
845664--845728	32	2.1	31	97	2	121	13	9	38	38	1.77
849629--849665	18	1.9	20	89	10	60	40	10	16	32	1.83
852134--852164	3	10.3	3	92	0	53	0	0	38	61	0.96
852163--852209	3	15.7	3	95	0	85	34	0	31	34	1.58
854173--854286	58	2.0	58	92	0	192	38	13	13	35	1.83
857034--857125	2	47.0	2	95	4	170	48	0	51	0	1.00
859992--860054	32	2.0	32	100	0	126	30	28	3	38	1.73
860028--860079	25	2.1	25	100	0	104	32	30	3	32	1.76
860033--860090	25	2.5	22	89	10	82	31	31	3	34	1.74
860053--861126	32	33.8	32	97	1	1993	31	30	3	35	1.73
860859--860914	24	2.5	22	81	13	69	28	25	3	42	1.71
860872--860920	24	2.0	24	92	0	80	28	22	4	44	1.71
860907--861074	21	7.8	22	67	29	87	30	30	2	35	1.73
869009--869135	63	2.0	63	90	0	200	36	16	22	24	1.94
871849--871918	33	2.2	33	94	2	124	32	20	30	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
877966--878095	8	17.7	7	73	21	90	31	16	43	8	1.77
877966--878101	14	9.2	14	74	19	75	31	16	44	8	1.76
877972--878052	30	2.7	30	87	11	96	29	16	44	9	1.79
877966--878094	22	5.8	22	78	12	108	31	16	43	8	1.78
878033--878101	22	3.2	21	85	6	84	31	17	44	5	1.72
878115--878174	14	4.3	13	74	25	52	8	46	13	31	1.72
878118--878171	22	2.5	22	93	0	90	9	46	14	29	1.76
880014--880059	22	2.1	22	95	0	83	32	15	43	8	1.77
879860--880259	200	2.0	200	100	0	800	34	20	21	24	1.96
880210--880275	14	4.6	15	76	22	54	34	13	43	7	1.73
880214--880275	22	2.8	22	97	0	115	32	14	45	8	1.74
880214--880275	8	8.6	7	77	22	58	32	14	45	8	1.74
880291--880394	14	7.1	14	72	21	65	7	42	17	32	1.77
880282--880394	22	5.1	21	79	11	79	7	43	16	32	1.75
880305--880344	21	1.9	21	94	0	71	5	42	20	32	1.73
880325--880382	30	1.9	30	96	0	107	6	44	17	31	1.75
880356--880404	22	2.2	22	88	0	71	10	42	18	28	1.83
882072--882117	2	23.0	2	100	0	92	50	0	50	0	1.00
887563--887600	19	2.0	19	85	10	51	7	5	5	81	0.98
887609--887655	22	2.2	21	84	3	58	27	21	8	42	1.81
891118--891225	19	5.2	19	68	22	58	40	10	10	38	1.73
891104--891225	44	2.9	41	76	12	131	40	9	10	38	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
898744--898899	78	2.0	78	98	0	303	27	19	15	37	1.92
899900--899942	12	3.6	12	81	12	52	32	25	32	9	1.88
901545--901612	25	2.7	25	100	0	136	20	8	38	32	1.84
902570--902778	21	10.0	21	94	0	355	34	22	10	32	1.88
908954--908987	1	34.0	1	100	0	68	100	0	0	0	0.00
929505--929544	21	1.9	21	94	0	71	42	10	20	27	1.83
929505--929544	11	3.7	11	86	6	64	42	10	20	27	1.83
929578--929630	22	2.4	22	77	0	61	41	13	24	20	1.88
929635--929662	11	2.5	11	100	0	56	28	32	7	32	1.84
929695--929737	11	3.9	11	93	0	77	27	32	9	30	1.88
930752--930975	112	2.0	112	97	0	421	29	19	20	31	1.97
931071--931124	2	27.0	2	100	0	108	50	0	50	0	1.00
934292--934332	2	20.5	2	100	0	82	51	0	48	0	1.00
934723--934761	11	3.7	10	86	3	51	38	10	23	28	1.87
934723--934763	22	1.9	22	95	5	75	36	9	24	29	1.87
934722--934769	22	2.2	20	86	13	69	37	10	22	29	1.88
934845--934882	11	3.5	11	92	0	67	26	34	10	28	1.90
935358--935645	160	1.8	159	93	2	497	28	16	21	33	1.95
938142--938217	2	38.0	2	89	5	118	0	47	2	50	1.15
952806--952848	21	2.0	21	86	8	61	18	30	20	30	1.97
953890--953941	4	13.0	4	100	0	104	25	50	25	0	1.50
953999--954105	2	53.5	2	100	0	214	49	50	0	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
963450--963481	16	2.0	16	93	0	55	46	18	28	6	1.73
970432--970473	2	21.0	2	90	0	66	0	50	0	50	1.00
970545--970594	2	25.0	2	95	0	91	0	48	0	52	1.00
972639--972690	25	2.1	25	100	0	104	34	32	19	13	1.90
972690--972727	14	2.7	14	91	0	67	44	15	18	21	1.86
972706--972748	21	2.0	21	86	0	59	41	13	18	25	1.88
972690--972744	28	2.0	28	85	7	76	41	14	20	23	1.89
972689--972746	14	4.1	14	80	12	57	39	15	18	25	1.91
988076--988130	2	27.5	2	96	0	101	0	49	0	50	1.00
988860--989054	16	11.8	16	69	14	92	16	36	3	43	1.64
988860--988985	32	3.9	32	73	8	112	17	35	3	43	1.65
988985--989055	31	2.3	31	81	13	85	15	39	2	42	1.62
989018--989176	40	3.9	38	76	8	120	12	37	1	48	1.52
989098--989135	16	2.3	17	86	4	51	13	31	2	52	1.54
989020--989176	81	1.9	81	83	2	199	12	36	1	49	1.52
989173--989208	16	2.2	16	90	0	54	16	22	8	52	1.70
989212--989261	16	3.2	16	78	13	59	18	42	0	40	1.50
989308--989420	40	2.8	40	74	12	106	15	38	1	44	1.58
989378--989463	16	5.4	16	78	10	86	19	31	3	45	1.67
989369--989472	32	3.3	31	81	5	118	19	31	2	46	1.65
989475--989560	16	5.4	16	76	9	95	15	41	1	41	1.54
989394--989632	87	2.7	87	76	10	200	16	36	3	43	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
989410--989544	71	1.9	72	83	4	175	17	37	2	43	1.61
993695--993790	2	48.5	2	73	17	76	6	42	2	48	1.40
994796--994834	20	1.9	20	100	0	78	38	10	25	25	1.87
999118--999159	2	21.0	2	90	0	66	50	4	0	45	1.23
999158--999183	4	6.5	4	100	0	52	26	0	23	50	1.50
1004091--1004145	28	2.0	27	96	0	92	63	14	7	12	1.47
1018257--1018302	2	23.0	2	95	0	83	0	47	0	52	1.00
1018617--1018665	9	5.3	9	82	4	53	12	4	6	77	1.09
1020397--1020452	4	14.5	4	88	7	89	26	23	1	48	1.61
1021359--1021402	4	11.0	4	100	0	88	50	0	25	25	1.50

Tables:   1   2   3   4   5