oyster.v9_M.fa.s18.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.04

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold1179
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  1367275

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10808--10835	11	2.5	11	100	0	56	71	7	10	10	1.31
13247--14372	166	6.8	166	88	1	1634	38	15	16	29	1.89
14403--14454	4	13.0	4	91	0	77	44	25	30	0	1.54
14399--14454	16	3.5	16	92	0	94	42	25	32	0	1.55
14396--14454	20	3.0	20	92	0	100	42	25	32	0	1.55
17715--17768	2	27.0	2	88	0	81	55	0	44	0	0.99
19899--20035	68	2.0	68	98	0	265	40	16	9	33	1.80
20852--20908	2	29.0	2	87	3	62	0	40	0	59	0.97
23267--23293	12	2.2	12	100	0	54	44	25	0	29	1.54
24536--24580	2	22.5	2	100	0	90	51	0	48	0	1.00
25524--25555	2	16.0	2	93	0	55	0	46	0	53	1.00
26119--26292	90	1.9	90	98	0	339	37	13	18	31	1.89
26465--26514	2	25.0	2	87	0	73	44	6	50	0	1.26
37126--37155	10	3.0	10	90	0	51	50	6	10	33	1.62
38929--38973	19	2.3	20	84	3	56	17	20	31	31	1.96
40623--40654	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
50426--50553	4	32.2	4	78	4	62	56	8	34	0	1.36
50426--50514	26	3.6	25	77	11	94	57	10	32	0	1.32
50426--50553	10	12.9	10	71	4	62	56	8	34	0	1.36
50809--50838	15	2.0	15	93	0	51	0	0	10	90	0.47
54984--55018	18	1.9	18	88	0	52	31	8	5	54	1.54
54981--55020	21	1.9	21	89	0	62	30	7	5	57	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60315--60351	18	2.1	18	94	0	65	35	5	2	56	1.36
62372--62396	9	2.8	9	100	0	50	8	0	8	84	0.79
62947--62973	14	1.9	14	100	0	54	51	14	0	33	1.43
63941--64081	20	6.8	20	83	9	176	47	15	10	26	1.78
67097--67153	2	28.5	2	100	0	114	0	49	0	50	1.00
68928--69140	24	9.0	24	94	4	380	22	13	26	38	1.91
68928--69140	70	3.0	70	95	4	376	22	13	26	38	1.91
68928--69144	46	4.6	48	97	2	388	22	12	26	37	1.91
72286--72325	2	20.0	2	100	0	80	0	50	0	50	1.00
74819--74897	24	3.3	23	77	8	77	2	1	13	82	0.84
74829--74901	19	3.5	20	83	9	78	0	1	15	83	0.71
74853--74901	19	2.6	19	90	0	80	0	0	12	87	0.54
74920--74954	1	35.0	1	100	0	70	0	0	0	100	0.00
74866--75004	54	2.6	52	87	5	197	0	0	28	70	0.92
74973--75004	14	2.4	13	94	5	55	0	0	9	90	0.45
77747--77797	26	2.0	25	88	3	75	21	25	15	37	1.93
77774--77877	42	2.5	42	91	0	172	18	21	19	41	1.91
77754--77887	21	6.4	21	77	6	110	19	22	17	41	1.91
79147--79197	26	2.0	25	88	3	75	21	25	15	37	1.93
79174--79277	42	2.5	42	91	0	172	18	21	19	41	1.91
79154--79287	21	6.4	21	77	6	110	19	22	17	41	1.91
82619--82669	26	2.0	25	88	3	75	21	25	15	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82657--82731	21	3.4	21	74	16	80	14	22	22	40	1.91
83687--83803	42	2.8	42	86	0	117	17	22	19	40	1.92
83679--83819	21	6.7	21	70	0	102	18	24	17	40	1.91
88635--88664	2	15.0	2	92	0	51	50	0	46	0	1.01
89990--90045	21	2.7	21	83	5	69	26	7	19	46	1.76
90140--90210	21	3.4	21	81	11	83	49	8	9	32	1.66
90153--90218	21	3.1	20	82	8	71	51	9	9	30	1.64
90253--90554	21	14.2	21	77	4	277	45	15	7	31	1.74
90253--90554	64	4.8	62	78	9	249	45	15	7	31	1.74
90312--90423	43	2.6	43	85	2	145	49	12	8	29	1.71
91261--91291	15	2.1	15	93	0	53	35	12	12	38	1.82
91978--92081	51	2.0	51	94	0	181	28	7	19	44	1.78
94896--94936	5	8.0	5	97	2	73	58	2	0	39	1.11
95359--95406	12	4.0	12	91	0	69	39	25	35	0	1.56
95356--95405	16	3.1	16	91	0	82	38	26	36	0	1.57
95363--95406	4	11.0	4	90	0	52	40	25	34	0	1.56
113009--113034	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
115147--115220	29	2.6	29	93	0	130	37	17	17	27	1.92
115147--115231	29	2.9	28	89	6	125	41	16	17	24	1.90
117853--117886	14	2.4	14	95	0	59	20	11	32	35	1.89
121072--121575	170	3.0	164	88	5	733	31	16	25	26	1.96
122097--122126	5	6.0	5	92	0	51	16	0	3	80	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122097--122134	20	1.9	20	88	0	58	21	0	2	76	0.91
122515--122676	59	2.7	59	86	1	209	35	12	24	27	1.91
122610--122893	109	2.7	108	86	4	391	41	10	24	23	1.86
123732--123789	19	3.2	19	79	16	77	27	18	36	17	1.94
124165--124382	40	5.4	40	94	1	357	38	23	12	26	1.90
130053--130126	21	3.6	21	85	3	105	44	4	21	29	1.71
130053--130136	21	4.1	20	83	4	87	45	3	20	30	1.68
130149--130206	21	2.8	21	92	2	100	43	13	13	29	1.83
130256--130324	21	3.3	21	87	0	102	40	7	17	34	1.77
130624--130650	1	27.0	1	100	0	54	0	0	100	0	0.00
132560--132653	21	4.2	21	82	12	116	29	22	5	42	1.75
132560--132639	26	3.3	26	81	15	91	28	21	5	45	1.73
132702--132800	21	4.8	21	94	1	173	43	5	22	29	1.74
132655--132800	64	2.3	63	84	4	179	41	6	19	32	1.77
138025--138759	164	4.5	162	76	10	658	29	23	15	31	1.95
138141--138767	329	1.9	327	83	4	807	29	23	16	31	1.96
138929--138959	4	7.8	4	92	0	53	54	25	19	0	1.44
140111--141008	163	5.5	166	92	2	1481	30	16	23	29	1.96
140111--141008	329	2.7	329	94	1	1532	30	16	23	29	1.96
142379--142591	21	10.0	21	79	6	187	43	9	17	29	1.81
142461--142588	41	3.1	41	85	8	161	46	10	17	25	1.80
162607--162789	73	2.5	72	87	7	255	36	18	20	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
174021--174065	18	2.5	18	100	0	90	40	13	42	4	1.64
178670--178708	21	1.9	20	89	5	60	43	10	2	43	1.52
178874--178921	21	2.3	21	96	0	87	27	25	8	39	1.84
184793--184860	2	34.5	2	83	2	84	50	5	44	0	1.26
187463--187499	20	1.9	20	89	10	60	35	5	21	37	1.77
187912--188515	147	4.1	145	65	20	338	33	13	18	34	1.89
187276--188598	441	3.0	438	94	1	2229	32	14	16	35	1.89
188619--188660	3	14.0	3	89	0	66	66	0	28	4	1.12
190564--190753	96	2.0	96	94	0	335	34	17	11	36	1.86
191061--191739	43	15.8	43	94	0	1160	41	14	17	25	1.88
192977--193094	62	1.9	62	100	0	236	25	18	26	29	1.98
198942--199377	62	7.5	62	81	13	509	30	23	18	27	1.98
199011--199363	53	6.3	52	83	9	373	31	22	18	26	1.98
199116--199141	9	2.9	9	100	0	52	23	34	11	30	1.90
198949--199377	115	3.7	115	84	10	531	30	23	18	27	1.98
203182--203237	29	1.9	29	96	0	103	35	7	17	39	1.78
213178--213210	16	2.1	16	100	0	66	12	12	18	57	1.64
216651--216687	4	9.2	4	93	0	65	27	0	48	24	1.51
226785--227054	47	5.7	47	97	0	495	40	18	17	24	1.91
230334--230632	33	9.1	33	86	0	429	28	35	11	25	1.90
232131--232430	33	9.1	33	86	1	422	28	35	11	25	1.90
241149--241469	22	14.6	22	82	3	387	42	18	12	27	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
244613--244695	43	1.9	43	100	0	166	37	19	13	30	1.90
248095--248223	57	2.3	56	89	4	188	34	21	13	31	1.92
247961--248223	56	4.9	56	73	13	228	33	20	12	33	1.91
251953--252066	53	2.2	53	83	1	149	28	14	27	28	1.96
263451--264948	34	45.0	33	81	6	1509	28	14	23	33	1.94
263451--264946	67	22.4	67	83	5	1639	28	14	22	33	1.94
266525--266927	39	10.3	39	89	0	527	33	21	19	25	1.97
276981--277034	25	2.2	25	96	0	99	48	12	11	27	1.76
279540--279608	36	1.9	36	82	5	86	11	30	20	37	1.88
286173--286226	19	2.8	19	80	0	72	24	20	16	38	1.92

Tables:   1   2   3   4