oyster.v9_M.fa.s2.2.7.7.80.10.50.500.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.04

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold1009
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  1861391

Tables:   1   2   3   4   5   

This is table  3  of  5  ( 553 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
734515--734794	71	3.9	71	77	3	222	28	16	18	36	1.92
734541--735332	137	5.8	131	78	8	445	29	15	18	35	1.93
734806--735333	71	7.6	70	84	5	639	29	15	19	34	1.93
734806--735333	137	3.8	136	84	5	679	29	15	19	34	1.93
734806--735333	204	2.6	206	85	4	686	29	15	19	34	1.93
735980--736345	112	3.4	112	77	10	368	22	11	16	49	1.77
740057--740098	2	21.0	2	100	0	84	0	50	0	50	1.00
742584--742636	2	27.0	2	96	3	99	49	0	50	0	1.00
749375--749433	25	2.4	25	80	13	68	76	11	5	6	1.14
749377--749433	26	2.3	24	81	6	69	77	12	5	5	1.11
749518--749884	43	8.6	42	86	2	428	38	13	17	30	1.89
749518--749884	64	5.7	64	91	1	513	38	13	17	30	1.89
749516--749868	107	3.3	106	86	2	483	37	14	16	31	1.89
750839--750891	25	2.1	25	96	0	97	7	26	35	30	1.84
758271--758319	2	24.5	2	100	0	98	48	0	51	0	1.00
765684--765730	23	2.0	23	95	0	85	40	14	8	36	1.77
769608--769643	16	2.2	16	95	0	63	25	19	11	44	1.83
773962--774027	2	33.5	2	71	19	50	46	4	3	45	1.38
776823--776858	2	18.0	2	100	0	72	0	50	0	50	1.00
776919--776949	4	7.8	4	100	0	62	22	0	0	77	0.77
791930--791955	12	2.2	12	100	0	52	30	7	15	46	1.74
798339--798698	20	18.0	20	80	11	371	20	46	15	17	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
798443--798743	100	3.0	100	74	16	368	21	43	13	20	1.87
798343--798743	200	2.0	200	99	0	784	21	44	14	19	1.86
798979--799065	43	2.0	43	90	0	138	18	18	17	45	1.85
807320--807401	41	2.0	40	95	2	146	26	21	10	39	1.87
810455--810508	28	1.9	28	92	0	90	53	1	12	31	1.50
810478--810522	21	2.1	21	83	0	54	60	6	8	24	1.51
823822--823874	26	2.1	25	82	3	61	26	15	22	35	1.93
831968--831999	4	8.0	4	100	0	64	50	0	25	25	1.50
839370--839591	40	5.5	40	96	2	410	31	8	22	38	1.83
840592--840830	40	6.0	40	94	0	424	30	8	21	39	1.84
841147--842077	39	23.8	38	76	9	614	29	4	27	39	1.75
841140--842081	78	12.0	77	74	8	679	29	4	27	39	1.75
841706--842077	116	3.2	115	81	7	416	28	4	25	41	1.74
842018--842142	58	2.1	59	83	1	162	27	4	26	41	1.75
843872--844678	40	20.1	40	76	7	688	28	11	20	38	1.89
846802--846842	12	3.4	12	93	0	64	31	24	41	2	1.68
846802--846833	16	2.0	16	93	0	55	34	25	40	0	1.56
848049--848073	1	25.0	1	100	0	50	0	100	0	0	0.00
861350--861464	40	2.9	40	86	1	151	34	24	13	27	1.92
861442--861483	22	1.9	22	100	0	84	23	21	14	40	1.90
861809--861988	40	4.4	41	72	7	159	32	22	11	33	1.89
861878--861945	22	3.1	22	95	0	118	25	22	13	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
861809--862051	40	6.0	40	71	10	152	32	21	12	33	1.91
862652--862699	2	24.0	2	100	0	96	50	0	50	0	1.00
869295--869357	21	3.0	21	100	0	126	14	9	38	38	1.78
869293--869356	10	6.2	10	92	7	110	12	9	39	39	1.75
869294--869356	31	2.0	31	93	6	110	12	9	38	39	1.76
870005--870166	39	4.2	39	96	1	290	49	16	11	23	1.77
876779--876844	26	2.5	26	82	0	78	30	16	12	40	1.85
888903--888984	19	4.3	19	93	0	137	29	9	25	35	1.88
888902--888984	38	2.2	38	97	0	157	28	9	26	34	1.88
897257--897299	20	2.1	21	82	4	52	25	16	4	53	1.62
906752--906795	2	22.0	2	100	0	88	50	0	50	0	1.00
908768--908822	2	27.5	2	100	0	110	0	50	0	49	1.00
911148--911266	26	4.5	26	84	6	150	31	10	13	45	1.76
911642--912220	180	3.2	179	92	2	944	30	14	18	36	1.91
912994--913111	26	4.5	26	80	6	130	31	11	12	44	1.77
916695--916804	57	1.9	57	94	0	193	26	21	16	35	1.94
916740--917089	40	8.9	40	85	10	399	24	20	17	37	1.94
916695--917038	97	3.6	96	83	10	475	25	20	17	36	1.94
916828--916998	57	3.0	57	98	0	324	24	20	17	37	1.94
916695--917078	194	2.0	194	94	0	678	25	20	16	37	1.94
917758--917814	2	28.5	2	92	7	98	49	0	49	1	1.11
919264--920427	165	7.1	165	84	5	1409	28	15	21	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
919265--920344	495	2.2	495	91	1	1727	28	15	21	34	1.94
920565--920860	150	2.0	150	94	1	522	37	20	16	25	1.93
920763--921192	165	2.6	165	90	0	682	33	20	16	29	1.95
931582--931629	25	1.9	25	95	0	87	29	31	12	27	1.93
933437--933551	22	5.2	22	71	12	74	33	13	41	10	1.79
933443--933523	30	2.7	29	81	11	83	33	14	41	9	1.79
933497--933529	14	2.4	14	94	0	57	33	18	42	6	1.75
933574--933628	22	2.5	22	79	5	58	10	41	18	29	1.84
936050--936089	2	20.0	2	100	0	80	50	0	50	0	1.00
954172--954206	17	2.1	17	94	0	61	37	5	14	42	1.69
954450--954492	18	2.3	19	88	8	70	51	6	16	25	1.69
954459--954494	18	2.0	18	100	0	72	50	5	16	27	1.68
964738--964785	23	2.1	23	96	0	87	27	25	22	25	2.00
967429--967474	2	23.0	2	100	0	92	0	50	0	50	1.00
967863--968230	30	12.4	30	73	6	255	25	14	23	36	1.92
968078--968134	28	2.2	25	77	17	62	24	12	26	36	1.91
968029--968230	88	2.3	89	85	1	253	24	13	25	36	1.93
968856--968885	15	2.0	15	93	0	51	10	26	33	30	1.89
970410--972401	41	49.1	41	81	8	1872	37	9	28	24	1.86
970412--971993	117	13.1	117	80	11	1224	37	9	27	25	1.86
971778--971811	17	2.1	16	89	10	52	41	11	11	35	1.78
972055--972299	132	1.9	132	84	0	328	40	7	30	22	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
973235--973277	2	21.5	2	100	0	86	0	48	0	51	1.00
974365--976022	38	43.6	38	87	1	2050	30	18	21	29	1.97
974676--974890	21	11.2	20	60	26	65	32	15	20	31	1.94
975248--975348	21	5.2	21	58	26	51	31	15	21	30	1.95
975434--975576	21	7.4	21	61	25	64	29	20	18	31	1.96
975660--975722	21	3.2	20	66	25	53	31	19	17	31	1.95
975704--975764	21	3.1	21	60	26	51	31	16	21	31	1.95
975818--975954	21	7.1	21	59	24	59	31	14	20	33	1.93
979499--979553	19	2.9	19	81	2	58	25	9	27	38	1.86
979780--979867	38	2.3	38	92	0	140	13	4	38	43	1.65
979765--979897	19	7.0	19	72	3	97	14	3	36	45	1.60
987360--987401	16	2.6	16	100	0	84	26	14	33	26	1.94
999750--999799	26	1.9	26	91	0	82	22	6	20	52	1.68
999750--999805	26	2.2	26	86	0	76	25	7	19	48	1.74
1000091--1000175	43	2.0	43	92	0	143	25	16	14	43	1.85
1011846--1012025	95	1.9	95	82	6	231	36	14	12	36	1.84
1013499--1013677	94	1.9	94	82	6	229	37	14	12	35	1.85
1014367--1015204	28	30.5	28	75	9	487	21	15	21	41	1.90
1014360--1015232	84	10.6	84	76	10	604	22	14	21	41	1.89
1014749--1014819	13	5.2	13	69	12	52	21	15	19	43	1.87
1015193--1015250	28	2.1	28	83	0	71	24	10	24	41	1.86
1015370--1015465	28	3.5	28	68	18	83	27	11	23	37	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1015612--1015654	10	4.0	10	80	14	50	25	9	20	44	1.81
1016877--1016905	15	1.9	15	100	0	58	27	24	13	34	1.93
1022725--1022766	21	2.0	21	86	4	59	50	4	7	38	1.51
1033958--1034048	47	1.9	47	100	0	182	31	19	16	31	1.94
1034388--1034452	2	32.5	2	100	0	130	0	49	0	50	1.00
1039630--1039720	21	4.3	21	91	2	146	37	21	19	20	1.95
1039634--1039715	43	1.9	43	94	0	146	37	21	18	21	1.94
1040250--1040353	21	5.0	21	81	4	120	37	20	19	23	1.94
1041270--1041415	42	3.5	42	78	7	163	28	20	19	31	1.97
1041210--1041415	84	2.5	84	84	4	247	29	18	19	31	1.96

Tables:   1   2   3   4   5