oyster.v9_M.fa.s21.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.04

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold1599
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  1324113

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
398--444	24	2.0	24	91	0	76	17	19	17	46	1.84
4456--4485	13	2.2	14	94	5	53	33	6	33	26	1.83
6521--6545	1	25.0	1	100	0	50	0	100	0	0	0.00
6992--7427	41	10.1	41	72	15	276	32	14	15	38	1.88
7003--7160	81	2.0	81	84	2	210	32	13	16	37	1.87
11417--11497	16	5.1	16	90	0	135	35	33	7	23	1.83
11417--11497	32	2.5	32	97	0	153	35	33	7	23	1.83
13201--13247	4	11.8	4	100	0	94	51	0	23	25	1.49
13245--13270	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
13349--13384	18	2.0	18	100	0	72	38	5	0	55	1.23
16935--17090	35	4.5	35	94	0	269	26	19	20	33	1.97
17479--17519	12	3.4	12	86	0	55	51	36	0	12	1.40
17478--17517	16	2.5	16	91	0	71	50	37	0	12	1.41
29370--29498	39	3.4	37	75	10	102	28	17	13	39	1.89
33922--34019	49	2.0	49	93	0	169	28	18	11	41	1.85
42489--42537	21	2.3	21	85	0	62	28	12	16	42	1.84
46806--46866	2	30.5	2	100	0	122	0	49	0	50	1.00
58192--58221	14	2.1	14	93	0	51	23	6	13	56	1.60
72635--72703	20	3.5	20	96	2	122	30	18	17	33	1.94
75497--75579	34	2.4	34	84	4	96	37	19	10	32	1.86
75463--75560	50	2.0	50	85	0	133	40	19	9	30	1.83
75514--75802	34	8.6	34	75	11	213	39	21	7	31	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75531--75792	50	5.3	51	86	5	333	38	22	7	32	1.81
75531--75790	100	2.6	99	89	3	378	38	21	7	31	1.81
76218--76285	24	2.8	24	77	6	66	30	11	19	38	1.87
84181--84220	1	40.0	1	92	0	62	0	95	2	0	0.20
86961--87003	2	21.5	2	95	0	77	0	53	0	46	1.00
89412--89440	12	2.4	12	100	0	58	51	17	13	17	1.76
97085--97829	168	4.4	168	92	1	1163	31	19	18	30	1.96
98042--98079	7	5.4	7	87	0	58	34	42	23	0	1.55
98041--98079	14	2.8	14	100	0	78	35	41	23	0	1.55
102025--102075	2	25.5	2	100	0	102	49	0	50	0	1.00
103416--103491	2	38.0	2	100	0	152	50	0	50	0	1.00
106177--106204	4	7.0	4	100	0	56	0	25	25	50	1.50
109000--109037	20	1.9	20	94	0	67	50	18	18	13	1.78
110347--110376	12	2.5	12	94	0	51	40	10	6	43	1.64
112064--112115	26	2.0	26	100	0	104	23	30	15	30	1.95
117126--117166	2	20.5	2	100	0	82	48	0	51	0	1.00
122038--122113	26	2.9	26	90	0	116	39	22	10	27	1.87
122442--122503	24	2.6	24	82	10	81	4	19	16	59	1.54
122442--122515	24	3.1	23	72	14	69	6	18	17	56	1.62
123195--124139	132	7.1	132	92	1	1487	13	11	28	47	1.77
126812--126890	30	2.6	29	82	4	77	41	10	17	30	1.83
126840--126875	19	2.1	19	85	15	51	44	11	13	30	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126822--126959	30	4.7	29	73	7	116	39	8	22	28	1.84
130568--130651	28	3.0	28	89	3	125	34	44	3	17	1.67
133260--133303	2	22.0	2	100	0	88	0	50	0	50	1.00
133303--133336	2	16.5	2	87	6	50	44	2	2	50	1.32
133440--133521	2	41.0	2	100	0	164	0	50	0	50	1.00
138189--138224	16	2.2	16	95	0	63	41	38	13	5	1.68
138754--138851	49	2.0	49	92	4	162	31	15	13	39	1.86
143813--143857	16	2.8	16	82	0	54	42	17	15	24	1.88
144207--145980	49	35.7	49	84	5	1791	26	16	21	35	1.95
146612--146654	2	21.5	2	95	0	77	48	2	0	48	1.14
147974--148031	2	29.0	2	100	0	116	0	50	0	50	1.00
151898--152048	21	7.2	20	84	4	158	24	16	19	39	1.92
151898--152048	42	3.6	42	84	3	196	24	16	19	39	1.92
152142--152235	21	4.5	21	74	5	82	40	17	14	27	1.89
152142--152235	42	2.2	42	80	0	107	40	17	14	27	1.89
157297--157341	17	2.9	15	83	6	54	51	13	8	26	1.70
160882--160947	33	2.0	33	93	0	114	22	19	16	40	1.91
161794--161840	21	2.3	20	78	10	51	12	23	25	38	1.90
171124--171163	2	20.0	2	100	0	80	50	0	50	0	1.00
175399--175431	14	2.4	14	100	0	66	33	12	21	33	1.90
179369--179487	57	2.1	57	84	3	150	32	12	17	36	1.88
182355--182391	18	2.1	17	95	5	65	64	2	5	27	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184287--184369	26	3.2	26	92	0	130	28	19	13	38	1.89
184335--184404	35	2.0	35	91	0	113	31	18	12	37	1.89
184370--184421	26	2.0	26	100	0	104	30	15	11	42	1.82
184753--184848	47	2.0	48	84	6	124	32	6	17	43	1.74
189363--189387	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
192258--192305	23	2.1	23	100	0	96	35	8	16	39	1.79
194983--195009	11	2.5	11	100	0	54	33	7	29	29	1.85
203927--203964	17	2.2	18	85	4	51	21	13	18	47	1.82
213608--213652	2	22.5	2	100	0	90	48	0	51	0	1.00
228791--228831	20	2.0	20	95	0	73	46	0	46	7	1.30
228793--228833	2	20.5	2	84	0	55	48	0	46	4	1.23
230771--230810	2	20.0	2	94	0	71	47	2	50	0	1.14
234250--234308	21	2.8	21	78	0	64	27	5	6	61	1.43
235835--235915	41	2.0	41	90	4	130	34	22	19	23	1.96
241792--241843	2	26.0	2	100	0	104	0	50	0	50	1.00
243640--243665	12	2.2	12	100	0	52	7	26	30	34	1.85
243767--243806	10	4.0	10	93	0	71	10	17	30	42	1.82
248783--248851	21	3.3	20	84	8	84	34	7	15	42	1.75
250601--250634	11	3.1	11	91	0	59	17	44	20	17	1.87
250630--250736	21	5.1	21	84	0	142	32	28	21	17	1.96
251137--251382	123	2.0	123	96	0	456	30	10	15	44	1.80
252335--252480	21	6.9	21	84	1	94	30	30	19	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
252390--252480	21	4.3	21	87	0	137	37	26	19	16	1.93
252667--252713	2	23.5	2	100	0	94	0	48	0	51	1.00
253146--253187	2	21.0	2	100	0	84	0	50	0	50	1.00
256009--256051	21	2.2	19	87	8	59	41	4	9	44	1.57
258536--258575	2	20.0	2	100	0	80	50	0	50	0	1.00
259340--259364	10	2.5	10	100	0	50	56	12	8	24	1.62
259389--259795	134	3.0	133	84	3	519	28	22	21	28	1.99
265700--265753	2	27.0	2	100	0	108	50	0	50	0	1.00
269225--269265	2	20.0	2	95	5	73	48	0	48	0	1.01
287856--287891	18	2.0	18	94	0	63	36	16	11	36	1.84
289980--290108	65	2.0	66	92	1	215	30	13	14	41	1.85
290044--290439	166	2.4	167	93	0	677	25	23	15	35	1.94
290212--290666	227	2.0	230	92	1	754	26	22	15	35	1.94
293251--293286	18	2.0	18	94	0	63	36	16	11	36	1.84
294282--294328	20	2.3	21	82	10	62	38	14	23	23	1.92
297563--297614	25	2.1	25	100	0	104	44	11	7	36	1.70
301852--302048	74	2.9	66	83	11	268	25	18	19	36	1.94
301900--302062	74	2.2	74	93	0	272	24	15	19	39	1.91
304562--304656	27	3.5	27	91	0	136	53	14	8	23	1.68
305048--305217	34	5.0	34	92	0	250	43	17	10	28	1.81
307605--307699	27	3.5	27	91	0	136	53	14	8	23	1.68
308091--308328	34	7.0	34	93	0	368	43	16	10	28	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
315222--315248	12	2.2	12	100	0	54	55	14	7	22	1.64
326800--326969	34	5.0	34	98	0	322	20	20	11	47	1.81
365967--365996	15	2.0	15	100	0	60	20	13	20	46	1.83
366700--366741	2	21.0	2	100	0	84	50	0	50	0	1.00
366830--366857	1	28.0	1	100	0	56	0	0	0	100	0.00
368555--368592	12	3.4	11	86	13	51	89	0	10	0	0.49
368556--368592	15	2.5	15	86	0	56	89	0	10	0	0.49
384807--385094	32	8.3	32	76	19	285	25	6	33	34	1.83
384790--385136	71	4.8	71	93	3	534	25	6	33	33	1.83
384774--385136	142	2.5	144	90	4	588	26	6	33	33	1.83

Tables:   1   2   3   4