oyster.v9_M.fa.s22.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.04

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold433
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  1285081

Tables:   1   2   3   4   

This is table  1  of  4  ( 437 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4642--4666	11	2.3	11	100	0	50	44	32	16	8	1.76
4847--4885	11	3.5	11	82	0	51	53	23	12	10	1.69
4848--4893	22	2.1	22	92	4	76	45	28	15	10	1.79
4848--4902	21	2.5	22	85	2	76	45	29	16	9	1.78
5294--5326	14	2.4	14	94	0	57	30	24	18	27	1.98
6272--6351	21	3.8	21	81	6	108	41	13	17	27	1.87
6430--6599	21	8.1	21	79	3	173	32	15	14	37	1.87
6430--6599	42	4.1	42	78	4	191	32	15	14	37	1.87
6429--6598	62	2.7	61	86	3	232	32	15	14	37	1.88
6599--6785	42	4.5	42	74	6	119	34	16	15	34	1.90
6668--6787	21	5.7	21	74	3	107	35	15	17	31	1.92
6865--6944	42	1.9	42	92	0	133	27	18	15	38	1.91
6865--6947	21	4.0	21	82	0	103	26	18	14	40	1.88
7876--8068	37	5.2	37	89	1	282	23	23	15	37	1.93
12258--12386	24	5.3	24	76	2	107	38	23	22	15	1.92
13204--13672	65	7.5	65	73	21	421	42	13	18	24	1.87
13398--13719	54	5.6	54	74	16	277	43	13	18	24	1.86
13206--13719	119	4.2	120	84	6	703	42	13	18	24	1.87
14308--14461	65	2.4	65	91	2	238	44	11	16	27	1.81
15237--15284	8	6.0	8	80	0	51	0	35	25	39	1.56
15237--15284	12	4.0	12	78	10	53	0	35	25	39	1.56
31005--31049	2	22.5	2	100	0	90	48	0	51	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33953--33994	21	2.0	21	100	0	84	19	23	38	19	1.93
40017--40045	15	1.9	15	100	0	58	27	20	13	37	1.91
44407--44669	147	1.8	145	89	3	411	32	18	21	27	1.97
53116--53140	2	12.5	2	100	0	50	0	52	0	48	1.00
60278--60316	2	19.5	2	100	0	78	51	0	48	0	1.00
67236--67285	12	4.3	12	77	5	50	14	4	2	80	0.95
76691--77076	177	2.2	180	89	3	591	38	16	14	30	1.89
81535--81588	2	27.0	2	100	0	108	0	50	0	50	1.00
95456--95501	22	2.1	22	95	0	83	58	10	8	21	1.58
99875--99904	15	2.0	15	93	0	51	30	33	26	10	1.89
112851--112882	10	3.2	10	90	0	55	56	3	40	0	1.15
112842--112882	18	2.3	17	88	12	64	56	4	39	0	1.21
114689--114781	2	47.0	2	94	2	161	49	0	50	0	1.00
119398--119451	17	3.0	18	78	10	65	44	7	5	42	1.55
119819--119872	20	2.8	20	85	2	74	51	12	0	35	1.40
119855--119908	28	1.9	28	82	14	67	51	18	1	27	1.56
120500--121198	167	4.1	167	82	9	714	33	26	14	24	1.94
120501--121198	344	2.0	343	84	4	906	33	26	14	24	1.94
126399--126487	21	4.3	21	92	1	128	32	21	4	41	1.73
126408--126485	21	3.8	21	94	1	131	30	23	5	41	1.76
126534--126627	21	4.2	21	82	12	116	43	5	21	29	1.74
127534--127602	21	3.3	21	87	0	102	34	17	7	40	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127584--127719	42	3.3	42	73	12	129	36	11	13	38	1.81
127605--127701	21	4.7	21	69	3	72	37	7	16	39	1.76
127647--127706	20	2.9	21	82	7	79	36	5	16	41	1.70
127708--127782	21	3.6	21	90	0	114	29	20	4	46	1.68
127780--127852	20	3.6	20	90	1	110	43	5	19	31	1.73
131203--131245	4	10.8	4	89	0	68	0	44	25	30	1.55
131201--131265	8	7.6	8	80	13	67	0	44	21	33	1.53
131201--131262	16	3.6	17	82	16	74	0	45	20	33	1.52
138275--138324	4	12.5	4	86	0	55	0	38	26	36	1.57
138279--138324	12	3.8	12	91	0	74	0	36	26	36	1.57
138279--138324	24	1.9	24	100	0	92	0	36	26	36	1.57
138267--138305	16	2.4	16	95	0	69	2	35	23	38	1.68
138348--139132	158	4.8	166	85	4	997	28	16	15	40	1.88
138348--139132	324	2.4	324	84	8	1037	28	16	15	40	1.88
158799--158834	2	18.0	2	100	0	72	50	0	50	0	1.00
182905--182954	15	3.1	15	85	8	55	22	28	22	28	1.99
183002--183051	16	3.1	16	85	5	64	22	32	12	34	1.90
183005--183051	17	2.8	17	87	3	60	21	31	12	34	1.91
183753--183788	16	2.2	16	90	0	54	30	27	13	27	1.94
188417--188448	16	2.0	16	100	0	64	43	25	25	6	1.77
188456--188517	31	2.0	31	96	0	115	27	25	24	22	2.00
189401--189462	31	2.0	31	96	0	115	24	25	25	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189470--189503	16	2.1	16	100	0	68	5	23	26	44	1.76
191662--191706	3	15.0	3	100	0	90	33	0	33	33	1.58
201758--201803	8	5.5	8	87	7	65	84	15	0	0	0.62
201756--201803	23	2.0	24	92	4	80	85	14	0	0	0.60
201760--201821	16	3.9	16	85	10	74	79	17	3	0	0.87
201755--201821	10	6.7	10	79	16	59	79	17	2	0	0.86
201755--201812	22	2.6	22	86	5	82	81	17	1	0	0.78
206897--206934	2	19.0	2	100	0	76	0	50	0	50	1.00
208519--208559	2	20.5	2	100	0	82	0	48	0	51	1.00
216267--216314	18	2.5	19	86	6	62	0	20	35	43	1.52
224746--224781	2	18.0	2	100	0	72	50	0	50	0	1.00
224779--224819	4	10.2	4	100	0	82	51	24	24	0	1.49
225671--225716	20	2.4	20	85	3	58	17	23	13	45	1.83
233589--233613	13	1.9	13	100	0	50	40	36	16	8	1.77
234261--235259	326	3.1	326	99	0	1962	27	19	25	28	1.99
240103--240840	312	2.4	312	93	0	1244	30	24	19	25	1.98
241342--241366	13	1.9	13	100	0	50	8	16	36	40	1.77
242958--243835	38	23.2	38	90	2	1340	26	17	18	37	1.93
242958--243835	113	7.7	114	90	2	1340	26	17	18	37	1.93
242958--243803	151	5.6	151	93	1	1351	26	17	18	37	1.93
246213--246240	12	2.3	12	100	0	56	17	21	0	60	1.36
248281--248362	30	2.7	30	96	0	146	42	23	12	21	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
253930--253975	2	24.0	2	91	8	78	47	0	52	0	1.00
259587--259639	2	26.5	2	100	0	106	50	0	49	0	1.00
269117--269572	146	3.1	146	88	2	650	29	22	19	28	1.98
272007--272035	14	2.1	14	100	0	58	20	27	24	27	1.99
274585--274615	15	2.1	15	100	0	62	38	19	32	9	1.84
274929--275863	166	5.6	166	97	0	1687	25	25	16	32	1.96
276025--276073	8	6.2	8	90	2	55	34	26	38	0	1.57
276025--276073	12	4.2	12	86	2	55	34	26	38	0	1.57
276025--276067	4	10.8	4	84	0	59	32	25	41	0	1.56
283174--283427	23	11.0	23	100	0	508	25	22	25	25	2.00
286081--286136	18	3.2	18	82	2	60	23	21	33	21	1.97
292578--292668	5	18.2	5	72	8	69	59	21	13	5	1.54
292589--292657	20	3.7	20	85	11	85	59	21	13	5	1.55
294664--294977	69	4.6	69	84	0	376	33	17	17	31	1.94
296579--296633	22	2.5	22	81	0	65	36	16	40	7	1.76
300022--300076	11	5.2	11	78	6	60	87	10	1	0	0.63
300021--300076	16	3.5	16	85	0	76	85	12	1	0	0.67
300022--300064	1	43.0	1	83	0	50	90	6	2	0	0.52
301491--301542	2	26.0	2	100	0	104	0	50	0	50	1.00
304893--304931	21	1.9	19	85	10	51	38	7	5	48	1.54
307641--307669	15	2.0	15	93	6	51	41	20	10	27	1.85
320652--320683	12	2.7	12	95	0	55	34	12	0	53	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
333044--333075	6	5.7	6	89	10	50	87	12	0	0	0.54
336644--336676	2	16.5	2	93	0	57	51	0	0	48	1.00
336800--336856	27	2.1	27	96	0	105	43	10	12	33	1.76
355357--355412	2	28.0	2	100	0	112	50	0	50	0	1.00
356446--356513	21	3.2	21	85	0	73	25	8	25	41	1.84
356544--356576	10	3.3	10	91	0	57	21	12	24	42	1.86
357453--357540	21	4.2	21	82	4	108	29	11	20	38	1.87
358786--358910	10	12.0	10	70	16	58	20	14	39	26	1.90
358797--358857	32	1.9	32	86	6	88	19	16	37	26	1.93
358745--358866	42	2.9	41	84	7	147	18	15	36	29	1.92

Tables:   1   2   3   4