oyster.v9_M.fa.s26.2.7.7.80.10.50.500.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.04

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold601
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  1259944

Tables:   1   2   3   4   5   

This is table  3  of  5  ( 521 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
561946--562942	437	2.3	438	92	0	1631	29	16	15	37	1.90
564676--565963	437	2.9	438	91	2	1996	29	17	16	35	1.92
566715--567724	437	2.3	436	92	1	1673	30	16	15	37	1.90
568530--570522	437	4.6	437	89	2	2799	30	17	17	33	1.94
571254--573107	437	4.2	437	90	3	2596	30	16	16	36	1.91
573549--573680	63	2.1	63	97	0	246	50	13	19	16	1.78
573558--573711	63	2.5	62	88	6	195	52	12	18	15	1.74
576040--576086	22	2.1	22	96	0	85	40	14	17	27	1.89
580631--580678	21	2.3	21	100	0	96	39	14	14	31	1.86
583120--583173	26	2.1	26	100	0	108	44	25	7	22	1.79
594837--594866	14	2.1	14	100	0	60	33	43	16	6	1.74
599508--600170	161	4.1	161	90	1	956	36	20	15	28	1.93
600181--600215	8	4.4	8	92	0	52	31	42	25	0	1.55
600177--600215	12	3.2	12	92	0	69	30	43	25	0	1.55
600177--600211	4	8.8	4	93	0	61	28	45	25	0	1.54
603181--603258	41	1.9	40	92	5	131	44	10	11	33	1.74
612532--612688	79	2.0	79	94	0	278	31	24	17	26	1.97
618216--618312	49	2.0	50	85	2	133	38	18	12	30	1.88
628867--628921	4	13.8	4	92	0	92	72	0	1	25	0.94
630366--630405	19	2.1	19	90	0	62	20	5	22	52	1.65
635781--636301	261	2.0	260	99	0	1024	31	13	17	36	1.89
637134--637165	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
637719--637751	15	2.1	17	88	11	52	48	6	0	45	1.27
648935--648966	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
648966--649007	2	21.0	2	100	0	84	0	0	50	50	1.00
659296--659384	44	2.0	43	93	4	160	28	29	22	19	1.97
666237--666290	3	18.0	3	86	0	72	59	1	5	33	1.31
686729--686788	30	2.0	31	86	3	86	26	11	21	40	1.88
698876--698906	16	1.9	16	93	0	53	58	19	0	22	1.40
700945--700996	4	13.0	4	95	0	59	9	0	40	50	1.35
713954--714201	134	1.9	134	99	0	487	37	20	16	25	1.93
720393--720473	21	3.9	21	87	6	119	24	8	24	41	1.83
720678--720717	10	4.0	10	83	0	53	22	7	30	40	1.81
720678--720717	15	2.7	15	92	0	62	22	7	30	40	1.81
720742--720817	21	3.6	21	90	0	107	28	14	19	36	1.91
744016--744114	21	4.9	21	90	3	141	38	45	6	10	1.63
750703--750825	1	123.0	1	84	0	129	89	4	1	4	0.64
750703--750825	36	3.5	35	87	3	165	89	4	1	4	0.64
752106--752185	11	7.6	11	80	10	87	7	5	6	81	0.99
752102--752185	20	4.2	20	76	13	91	7	4	5	82	0.96
752139--752174	15	2.3	16	95	4	65	5	0	2	91	0.49
753654--753694	21	2.0	21	85	0	55	29	19	12	39	1.88
753742--753872	63	2.1	63	83	0	163	33	16	12	36	1.87
753779--753871	42	2.2	42	88	0	132	34	18	11	35	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
753750--753878	21	6.1	21	79	3	116	34	15	13	36	1.86
755963--756014	16	3.2	16	94	0	86	1	40	25	32	1.67
755954--756004	4	12.8	4	87	0	75	1	43	25	29	1.66
758869--758931	22	2.9	21	72	25	58	42	14	1	41	1.55
761058--761140	42	2.0	42	85	0	112	43	22	12	21	1.86
768973--768999	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
774998--775461	21	22.2	21	80	5	287	36	44	9	9	1.70
775016--775549	63	8.5	63	77	4	472	37	43	8	10	1.71
775499--775549	21	2.4	21	80	0	57	43	39	3	13	1.63
775027--775549	42	12.5	42	77	5	434	37	43	8	11	1.71
776605--776632	11	2.5	11	100	0	56	42	10	17	28	1.83
791684--791723	2	20.0	2	94	0	71	47	0	0	52	1.00
794082--794136	1	55.0	1	96	0	101	0	0	1	98	0.13
794134--794158	11	2.3	11	100	0	50	16	16	16	52	1.76
805005--807122	99	21.4	98	82	3	2092	40	16	18	24	1.90
807130--807515	99	3.9	97	80	7	389	42	16	16	24	1.88
806980--807272	150	2.0	150	86	4	421	43	14	19	22	1.87
806873--807371	249	2.0	248	85	4	675	42	15	19	22	1.89
806799--807450	348	1.9	348	84	3	882	42	15	18	23	1.89
807132--807610	99	4.8	98	76	9	367	41	16	16	25	1.89
812830--812873	21	2.1	21	91	4	72	36	20	6	36	1.79
813027--813197	84	2.1	82	80	4	182	32	19	9	37	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
813075--813197	42	3.0	42	67	15	112	33	20	6	39	1.78
819260--819305	21	2.1	22	92	4	76	32	15	0	52	1.43
820122--820182	21	2.9	21	67	0	50	44	3	19	32	1.67
820066--820200	42	3.2	42	70	4	119	38	11	20	29	1.87
820384--820427	21	2.1	21	87	4	63	38	6	18	36	1.77
822742--822784	21	2.2	19	88	12	61	39	9	11	39	1.74
825986--829876	99	39.4	98	81	6	3894	41	16	18	24	1.89
836119--836356	69	3.4	69	93	0	404	28	19	15	36	1.93
838206--838250	2	22.5	2	95	0	81	51	0	46	2	1.13
839853--839916	2	32.0	2	95	0	110	51	1	46	0	1.10
842254--842290	14	2.6	14	100	0	74	40	13	24	21	1.89
842243--842295	7	7.6	7	78	0	61	35	13	24	26	1.92
844629--844668	2	20.0	2	100	0	80	50	0	50	0	1.00
844963--845227	142	1.9	141	84	4	338	30	21	21	26	1.98
845728--845764	2	18.5	2	100	0	74	0	51	0	48	1.00
846307--846383	20	3.9	20	76	6	75	24	18	44	12	1.85
846284--846370	40	2.1	41	82	4	104	24	17	43	14	1.86
846366--846456	23	4.2	22	72	13	82	25	18	39	16	1.91
846307--846458	42	3.6	43	78	7	127	24	17	42	15	1.88
846442--846502	10	5.9	10	71	5	50	34	11	44	9	1.74
850151--850185	2	17.5	2	100	0	70	0	51	0	48	1.00
855934--855963	9	3.2	9	90	9	51	23	10	40	26	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
855932--855961	10	3.1	10	90	9	53	20	13	40	26	1.89
857831--858027	81	2.4	83	82	11	226	37	17	16	29	1.91
858551--858713	78	2.1	78	82	2	193	33	19	18	28	1.95
858676--858713	20	2.0	19	90	10	60	28	26	15	28	1.96
858753--858790	18	2.0	19	90	10	60	28	21	21	28	1.98
858754--858793	9	4.2	9	87	6	53	30	22	22	25	1.99
866080--866121	20	2.1	21	83	16	54	23	7	11	57	1.59
873928--873972	2	22.5	2	100	0	90	48	0	51	0	1.00
881718--881748	2	15.5	2	100	0	62	48	0	51	0	1.00
882265--882305	2	20.5	2	100	0	82	48	0	51	0	1.00
883695--883743	25	2.0	25	95	0	89	32	12	12	42	1.79
889997--890672	78	8.6	78	89	2	911	28	15	18	37	1.92
895485--895528	23	1.9	23	85	0	61	63	15	9	11	1.51
898244--899164	168	5.5	168	89	1	1283	31	19	18	30	1.96
899369--899406	7	5.4	7	87	0	58	28	42	28	0	1.56
900142--900172	14	2.2	14	100	0	62	0	41	0	58	0.98
901227--901279	4	13.2	4	100	0	106	50	0	24	24	1.49
901775--901824	25	2.0	25	84	0	64	36	24	6	34	1.80
902795--902820	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
910852--910890	2	19.5	2	100	0	78	51	48	0	0	1.00
916527--917021	168	3.0	165	86	3	663	34	18	18	28	1.95
917079--918038	166	5.8	166	91	1	1451	39	15	16	28	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
918062--918107	4	11.5	4	95	0	56	34	26	39	0	1.57
918069--918120	4	13.0	4	95	0	59	40	25	34	0	1.56
927801--927831	12	2.6	12	94	0	53	38	25	35	0	1.56
927968--928035	32	2.1	32	91	0	109	26	7	44	22	1.79
942957--943015	2	29.5	2	92	0	100	52	0	47	0	1.00
943115--943164	2	25.0	2	100	0	100	50	0	50	0	1.00
951567--951624	4	14.5	4	96	0	107	0	25	1	72	0.94
953197--953319	11	11.2	11	73	10	108	46	6	25	21	1.75
953197--953319	33	3.7	33	72	4	122	46	6	25	21	1.75
953128--953360	77	3.0	77	89	1	344	48	6	22	22	1.73

Tables:   1   2   3   4   5