oyster.v9_M.fa.s31.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.04

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold145
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  1177157

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 335 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
996--1066	2	35.5	2	100	0	142	50	0	49	0	1.00
4509--4544	1	36.0	1	88	0	54	94	0	5	0	0.31
4509--4544	12	3.1	12	96	4	65	94	0	5	0	0.31
5069--5107	16	2.5	16	88	12	55	30	23	12	33	1.92
13755--13799	2	22.5	2	100	0	90	51	0	48	0	1.00
14591--14626	2	18.0	2	100	0	72	50	0	50	0	1.00
14626--14654	2	14.5	2	100	0	58	0	0	51	48	1.00
15820--16014	21	9.3	21	88	2	257	37	15	7	39	1.76
17750--18278	21	25.2	21	80	3	510	40	6	15	37	1.75
17743--18278	42	12.8	42	81	2	567	39	6	16	37	1.75
17743--18278	63	8.5	63	84	2	628	39	6	16	37	1.75
21308--21333	11	2.4	11	100	0	52	92	0	0	7	0.39
25138--25162	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
29725--29775	20	2.6	19	78	9	66	33	11	15	39	1.84
30883--30980	4	24.5	4	100	0	196	50	0	25	24	1.50
37930--37964	2	17.5	2	100	0	70	48	0	51	0	1.00
41377--41415	2	19.5	2	94	0	69	0	51	0	48	1.00
43047--43095	2	24.5	2	100	0	98	0	51	0	48	1.00
45007--45033	2	13.5	2	100	0	54	0	51	0	48	1.00
56735--56776	10	4.1	10	84	6	57	66	0	4	28	1.12
61700--61736	2	19.0	2	94	5	67	51	0	0	48	1.00
79095--79204	4	27.8	4	85	1	132	50	7	19	23	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83422--83455	17	1.9	18	88	5	52	29	8	11	50	1.69
87299--87324	13	2.0	13	100	0	52	23	7	30	38	1.83
93372--93628	21	12.2	21	77	6	218	26	18	22	33	1.96
93373--93611	63	3.8	63	81	4	275	27	17	22	32	1.97
93712--93803	21	4.4	21	72	5	69	34	17	21	26	1.95
99705--99903	108	1.8	108	82	4	258	40	12	17	30	1.86
102607--103449	166	5.1	166	89	1	1221	32	16	23	27	1.96
102603--103449	330	2.6	332	88	1	1317	32	16	24	27	1.96
110496--110549	21	2.6	21	91	5	83	14	16	37	31	1.89
112628--112674	24	2.0	24	87	4	69	36	0	8	55	1.31
113152--113263	46	2.4	46	98	0	215	25	7	29	37	1.83
116125--116185	22	2.8	22	95	2	106	13	19	31	36	1.90
116126--116181	11	5.3	10	79	12	58	10	19	33	35	1.87
118995--119043	18	2.8	17	81	9	55	55	0	2	42	1.11
118996--119041	21	2.1	23	84	8	60	54	0	2	43	1.12
119247--119359	53	2.1	53	90	1	172	12	22	16	48	1.79
119964--120032	31	2.3	30	80	9	79	26	13	14	46	1.81
121270--122237	161	6.0	161	88	1	1332	30	14	19	34	1.92
125942--125974	2	17.0	2	93	6	59	48	0	0	51	1.00
128954--128991	19	2.1	19	95	5	69	36	15	0	47	1.46
131039--131345	37	8.3	37	82	2	366	25	14	20	39	1.91
131039--131345	110	2.8	111	84	3	422	25	14	20	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132499--133061	37	14.8	36	77	9	433	28	14	17	39	1.89
132499--133089	76	7.8	73	81	6	583	28	15	17	39	1.89
132499--133089	113	5.2	113	88	4	735	28	15	17	39	1.89
132499--133089	189	3.1	187	84	5	708	28	15	17	39	1.89
134295--134373	1	79.0	1	82	0	77	1	1	8	88	0.62
134276--134370	29	3.2	29	80	4	100	1	1	13	84	0.74
143005--143034	15	1.9	16	93	6	53	16	26	20	36	1.93
146938--147002	19	3.3	19	81	8	76	23	21	10	44	1.83
146946--147020	19	3.9	19	80	10	64	26	24	8	41	1.82
151783--151808	1	26.0	1	100	0	52	0	0	0	100	0.00
157164--157264	2	51.5	2	96	3	188	49	0	50	0	1.00
157547--157573	14	1.9	14	100	0	54	29	22	18	29	1.97
178843--178876	17	1.9	18	88	5	52	0	17	0	82	0.67
186243--186282	19	2.1	19	95	0	71	35	10	30	25	1.88
187611--187652	16	2.5	17	88	3	59	2	14	28	54	1.52
188588--188626	13	3.1	12	89	10	60	7	2	0	89	0.56
188576--188626	17	3.1	16	83	8	59	5	5	0	88	0.64
204796--204846	2	25.5	2	100	0	102	50	0	49	0	1.00
206133--206183	16	3.1	16	72	13	50	43	7	9	39	1.67
206509--206534	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
217969--218407	176	2.5	176	94	2	747	29	14	19	36	1.92
218826--219660	166	5.1	165	82	4	933	34	14	21	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
218826--219660	334	2.5	324	83	5	978	34	14	21	28	1.93
220839--221378	146	3.8	145	82	5	639	28	18	21	31	1.97
224259--224303	19	2.3	20	88	3	65	8	33	31	26	1.87
225751--225793	2	21.5	2	100	0	86	51	0	48	0	1.00
226118--226151	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
231304--231334	15	2.1	15	100	0	62	64	0	12	22	1.27
241243--241275	16	2.1	16	94	0	57	24	12	30	33	1.91
241442--241583	21	6.8	21	87	0	203	37	31	15	15	1.89
242010--242052	17	2.5	17	96	0	77	48	0	41	9	1.35
244415--244446	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
246036--246124	21	4.2	21	83	0	106	35	26	17	19	1.94
246023--246111	42	2.1	42	81	4	108	32	26	20	20	1.97
248180--249327	318	3.5	326	80	8	1093	33	15	22	29	1.94
248267--249327	165	6.6	158	80	9	711	33	14	22	29	1.94
248585--249321	169	4.5	165	80	8	826	33	14	23	28	1.94
255752--255798	2	23.5	2	100	0	94	0	48	0	51	1.00
266470--266789	163	2.0	165	82	6	400	27	18	16	37	1.92
266879--267681	166	4.9	166	86	3	974	24	17	18	39	1.91
267847--267909	4	15.8	4	86	0	63	39	25	34	0	1.56
267847--267909	12	5.2	12	88	0	90	39	25	34	0	1.56
267847--267900	8	6.8	8	86	0	72	38	25	35	0	1.57
271440--271472	13	2.4	14	90	5	50	30	3	21	45	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
276241--276662	164	2.6	164	92	2	690	35	15	23	26	1.94
294161--294532	190	2.0	190	95	0	672	30	17	18	33	1.94
301925--303091	36	32.6	36	77	7	1047	13	11	43	31	1.79
305563--305589	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
312934--314244	443	2.9	440	92	2	2151	32	13	16	36	1.88
314600--315999	437	3.3	437	91	3	2149	32	17	16	34	1.92
317235--317260	9	2.9	9	100	0	52	69	0	19	11	1.18
317843--318291	24	18.6	24	70	15	207	46	19	14	20	1.84
317841--318291	48	9.4	48	71	9	301	46	19	14	20	1.84
318638--319278	24	26.7	24	80	9	603	46	17	14	21	1.83
318644--318765	23	5.2	23	81	7	140	43	19	15	21	1.88
330677--330976	161	1.8	163	85	4	426	25	15	17	42	1.88
335032--335081	2	25.0	2	100	0	100	0	50	0	50	1.00
335604--335739	67	2.0	67	97	0	254	16	15	30	36	1.90
338461--338531	15	4.7	15	75	19	67	49	14	4	32	1.62
338568--338630	28	2.2	30	86	11	87	49	9	3	38	1.51
338645--338698	20	2.7	20	85	0	63	48	11	5	35	1.62
339218--339258	19	2.2	19	86	0	55	34	39	4	21	1.75
341816--341885	33	2.1	33	100	0	140	11	30	17	41	1.84
347310--347367	20	2.8	20	84	5	71	34	10	10	44	1.73
349014--349047	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
350449--350490	11	3.8	11	87	12	68	42	30	16	9	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
350442--350509	22	3.0	22	77	12	75	41	26	23	8	1.83
350656--350687	11	2.9	11	95	0	55	46	34	9	9	1.68
351122--351158	19	1.9	19	88	0	56	40	32	5	21	1.76
351074--351457	177	2.2	177	79	10	410	34	22	17	26	1.96
362995--363115	24	5.0	24	98	0	233	25	11	37	25	1.90
366150--366906	166	4.5	166	89	3	1119	38	14	16	29	1.89
366109--366906	335	2.4	332	89	3	1192	38	14	17	29	1.89
368305--368330	13	2.0	13	100	0	52	23	23	23	30	1.99
370990--371123	15	8.9	15	72	5	76	27	10	20	41	1.85
378091--378154	20	3.2	20	65	12	51	31	18	10	39	1.86

Tables:   1   2   3