oyster.v9_M.fa.s34.2.7.7.80.10.50.500.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.04

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold678
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  1173314

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
605933--606036	53	2.0	53	92	0	172	37	19	20	23	1.94
610709--610734	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
611292--611342	2	25.5	2	100	0	102	50	0	49	0	1.00
614107--614153	2	23.5	2	100	0	94	0	48	0	51	1.00
614672--615196	28	18.8	28	82	4	488	38	19	12	28	1.89
615240--615369	28	4.8	28	80	14	130	40	17	13	28	1.88
615268--615341	23	3.0	23	81	16	69	44	17	13	24	1.85
615268--615369	51	2.0	50	84	7	134	42	16	13	27	1.86
622046--622107	2	31.0	2	96	0	115	0	48	0	51	1.00
622654--622732	2	39.5	2	100	0	158	50	49	0	0	1.00
639847--639876	14	2.1	14	100	0	60	43	6	20	30	1.77
642629--642663	2	17.5	2	93	0	61	51	0	45	2	1.16
644017--644046	14	2.1	14	100	0	60	43	6	20	30	1.77
646799--646844	2	23.0	2	100	0	92	50	0	50	0	1.00
647470--647749	138	2.0	138	98	0	542	32	23	12	31	1.92
649315--649349	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
656485--656515	16	1.9	16	100	0	62	19	19	12	48	1.81
656685--656718	2	17.0	2	100	0	68	50	0	50	0	1.00
658746--658793	18	2.7	18	87	6	62	37	33	8	20	1.83
666420--666918	28	17.8	28	91	0	800	25	19	27	27	1.99
667896--667978	35	2.3	35	81	2	94	43	19	12	25	1.85
667950--668182	38	6.2	37	76	14	171	38	13	12	35	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
683845--683931	44	2.0	45	88	2	131	52	5	20	20	1.66
686110--686319	35	6.0	35	98	0	402	31	20	17	31	1.95
694777--694818	15	2.8	15	92	0	66	38	16	9	35	1.81
694982--695016	2	17.5	2	100	0	70	51	0	48	0	1.00
696692--698772	77	26.9	77	95	0	3653	21	20	22	34	1.97
703390--703446	2	28.5	2	100	0	114	50	0	49	0	1.00
703907--703942	16	2.2	16	100	0	72	52	16	25	5	1.65
703940--703998	2	29.5	2	100	0	118	50	0	49	0	1.00
705381--705432	15	3.5	15	91	0	86	46	5	38	9	1.61
708060--708338	21	13.3	21	88	2	355	31	21	12	34	1.90
708819--708849	12	2.6	12	94	0	53	41	16	25	16	1.88
712142--712231	21	4.3	21	88	0	117	38	12	17	31	1.87
712123--712237	42	2.7	42	80	0	122	40	13	17	28	1.87
712156--712231	21	3.6	21	94	0	125	36	11	17	34	1.86
714104--714164	12	4.8	12	79	16	70	0	34	26	39	1.57
714111--714164	20	2.7	20	94	0	99	0	35	25	38	1.57
714103--714164	4	15.8	4	81	3	63	0	33	25	40	1.56
714334--715343	166	6.2	164	88	4	1388	33	15	23	26	1.95
714334--715343	331	3.1	331	89	4	1507	33	15	23	26	1.95
723918--723948	16	1.9	16	100	0	62	22	19	12	45	1.84
725855--725900	16	2.9	16	90	0	65	52	10	36	0	1.37
726081--726113	2	16.5	2	100	0	66	0	51	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
727396--727460	32	2.0	32	94	5	114	33	12	27	24	1.91
727569--727640	7	10.3	7	76	0	72	26	19	13	40	1.89
727569--727614	21	2.2	21	96	0	83	26	19	13	41	1.88
729221--729265	4	11.8	4	81	9	58	57	20	22	0	1.40
729223--729257	18	1.9	18	94	0	61	57	20	22	0	1.41
729263--729319	2	28.5	2	78	0	51	50	8	38	1	1.44
729216--729285	26	2.7	26	81	0	86	52	17	28	1	1.53
729217--729309	34	2.7	34	86	0	123	53	15	30	1	1.48
737701--737744	15	2.7	17	79	13	56	34	20	11	34	1.88
739915--739958	10	4.2	11	82	8	56	45	6	15	31	1.73
739915--739958	21	2.1	21	86	0	61	45	6	15	31	1.73
747618--747651	2	17.0	2	93	0	59	50	0	0	47	1.01
747651--747677	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
749272--749313	20	2.2	19	88	12	68	52	14	9	23	1.71
761141--761198	2	29.0	2	100	0	116	50	0	50	0	1.00
764688--764727	20	2.1	19	85	4	53	17	5	0	77	0.94
770181--770208	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
773017--773045	8	3.8	8	95	4	51	51	0	13	34	1.42
776725--776819	33	2.9	33	76	6	93	35	14	18	30	1.91
777659--777688	14	2.1	14	100	0	60	40	6	6	46	1.56
782898--782934	18	2.0	18	89	5	56	32	32	29	5	1.80
783078--783513	184	2.4	183	83	3	563	35	14	15	34	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
787473--787565	43	2.2	43	84	3	116	35	17	19	27	1.94
805751--805782	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
805782--805823	2	21.0	2	100	0	84	50	50	0	0	1.00
808506--808539	9	3.7	9	88	7	50	52	20	0	26	1.46
811040--811571	168	3.2	166	88	2	782	35	16	22	26	1.94
811040--811572	166	3.2	166	88	2	791	35	16	22	26	1.94
814752--814792	16	2.6	16	100	0	82	21	29	34	14	1.93
814784--814829	16	2.9	16	80	0	56	28	13	34	23	1.92
814966--814996	16	1.9	16	93	0	53	19	45	12	22	1.84
823769--823800	14	2.3	14	100	0	64	62	6	12	18	1.50
825927--826033	54	2.0	54	83	7	137	22	14	31	30	1.94
825923--826034	27	4.1	27	70	8	93	21	14	31	33	1.93
826985--827338	28	12.8	27	74	9	234	35	6	20	37	1.79
828202--828255	24	2.2	24	100	0	108	40	18	16	24	1.90
831838--831904	33	2.0	33	100	0	134	29	17	22	29	1.97
839395--839509	28	4.1	28	98	0	221	20	10	53	15	1.72
840738--840767	15	2.0	15	100	0	60	13	6	46	33	1.69
840753--841100	28	12.4	28	83	5	398	22	10	49	18	1.77
840758--841100	57	6.1	56	83	7	403	22	10	49	18	1.77
840753--841100	85	4.1	85	83	3	416	22	10	49	18	1.77
842115--842212	27	3.8	26	69	13	85	50	23	10	16	1.75
842173--842445	117	2.3	115	87	4	379	48	21	10	18	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
842340--842546	81	2.6	82	79	9	203	46	22	12	18	1.82
842340--842592	27	9.4	27	72	8	169	45	22	11	20	1.83
842699--842887	33	5.8	33	87	7	248	44	20	13	20	1.85
843716--843746	16	1.9	16	100	0	62	16	12	25	45	1.83
843928--843961	2	17.0	2	93	0	59	0	0	47	52	1.00
851616--851692	38	2.1	38	95	2	138	40	7	23	28	1.82
852568--853025	53	8.6	53	81	5	475	38	10	18	32	1.84
852572--853034	80	5.9	78	80	6	366	39	9	19	31	1.84
852568--853034	107	4.4	105	78	5	424	39	9	18	31	1.84
852570--853025	185	2.5	185	95	1	817	38	10	18	32	1.84
852593--853034	158	2.8	159	84	3	554	39	9	18	31	1.84
852568--853025	212	2.2	211	84	2	571	38	10	18	32	1.84
852568--853025	27	17.3	27	80	5	506	38	10	18	32	1.84
855816--855857	22	1.9	22	90	0	66	23	21	21	33	1.97
860774--860813	10	3.9	10	93	6	71	32	20	10	37	1.85
860773--860813	21	2.0	21	100	0	82	34	19	9	36	1.85
865390--865425	2	18.5	2	88	5	56	52	0	47	0	1.00
867605--867677	37	2.0	37	91	0	119	27	26	32	13	1.94
873563--873594	14	2.1	16	88	11	50	31	21	9	37	1.85
873812--873935	61	2.0	61	89	3	187	35	19	8	36	1.83
874401--874442	21	2.0	21	95	0	75	30	9	28	30	1.89
874423--874811	66	6.0	66	91	3	646	32	19	20	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
874358--874525	87	1.9	86	92	1	282	33	17	20	28	1.95
874423--874811	126	3.0	130	90	5	617	32	19	20	26	1.97
874423--874811	192	2.0	197	93	3	680	32	19	20	26	1.97
877334--877811	53	9.0	53	96	0	875	35	20	17	26	1.94
880686--880711	1	26.0	1	100	0	52	0	100	0	0	0.00
882705--883011	161	1.9	161	83	2	393	29	11	20	37	1.88
883720--884232	28	18.1	28	92	1	812	26	18	12	42	1.86
883797--883849	17	3.4	17	70	24	62	28	18	15	37	1.91
883724--884232	114	4.5	113	90	4	803	26	18	12	42	1.86
883724--884233	142	3.6	139	93	3	815	26	18	12	42	1.86

Tables:   1   2   3   4