oyster.v9_M.fa.s35.2.7.7.80.10.50.500.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.04

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold1836
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  1164857

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
726734--726791	18	3.0	20	65	14	59	36	25	18	18	1.95
729238--729335	19	5.2	19	97	0	178	24	10	22	42	1.84
729919--730086	40	4.0	40	74	13	124	35	17	13	32	1.89
729919--730099	86	2.1	86	79	4	204	35	17	13	33	1.89
730391--730420	6	5.0	6	91	0	51	0	20	33	46	1.51
730391--730423	12	2.8	12	95	0	57	0	21	33	45	1.52
730593--731436	333	2.5	332	88	2	1237	34	15	22	28	1.94
730593--731437	167	5.1	166	91	1	1237	34	15	22	28	1.94
735041--735080	2	20.0	2	100	0	80	50	0	50	0	1.00
743710--743743	13	2.7	13	95	4	61	55	11	0	32	1.36
748501--748612	46	2.4	46	100	0	224	25	33	21	19	1.97
749372--749418	24	2.0	23	95	0	76	38	14	12	31	1.84
751975--753340	23	58.1	23	92	4	2228	33	18	9	39	1.82
769713--770478	29	26.4	29	91	2	1102	37	22	17	23	1.94
781277--781330	26	2.1	26	92	0	90	44	16	9	29	1.79
781534--781565	14	2.3	14	100	0	64	56	0	43	0	0.99
787728--787795	32	2.1	32	100	0	136	38	22	13	26	1.91
787933--788106	43	4.0	43	100	0	348	35	18	20	25	1.95
788486--788526	14	2.9	14	100	0	82	41	21	7	29	1.80
788597--788623	12	2.2	12	100	0	54	33	11	14	40	1.82
790745--790789	2	22.5	2	95	0	81	46	0	51	2	1.13
793338--793363	1	26.0	1	100	0	52	0	0	100	0	0.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
796281--796324	2	22.0	2	100	0	88	50	0	50	0	1.00
798369--799625	25	50.4	25	84	0	1478	26	10	26	37	1.88
799666--799723	30	1.9	30	85	0	80	29	8	34	27	1.87
805149--805272	35	3.6	34	71	5	104	33	9	25	32	1.88
805149--805290	70	2.0	70	83	2	178	33	9	26	30	1.87
809565--809592	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
812805--812867	4	15.8	4	100	0	126	25	25	0	49	1.51
816696--816725	11	2.7	11	94	0	51	30	0	16	53	1.44
823671--823884	101	2.1	102	97	1	403	28	14	20	35	1.92
823839--823934	47	2.0	47	100	0	192	31	14	17	36	1.90
825180--825220	2	20.5	2	84	0	55	46	46	4	2	1.37
837921--837994	8	9.4	8	91	2	123	0	39	25	35	1.56
837922--837983	4	15.8	4	79	3	72	0	40	25	33	1.56
839501--840423	166	5.6	165	86	3	1178	33	15	24	26	1.95
841145--841181	1	37.0	1	94	0	65	0	2	97	0	0.18
846946--847023	32	2.4	32	91	0	120	19	24	19	37	1.94
849311--849349	2	19.5	2	100	0	78	0	48	0	51	1.00
851276--851331	27	2.0	28	86	10	80	57	12	16	14	1.66
856023--856062	20	2.0	20	90	0	62	22	2	35	40	1.68
856013--856575	175	3.2	179	86	4	741	24	15	25	34	1.95
857039--857087	20	2.5	20	82	0	62	40	8	12	38	1.72
857278--857331	20	2.9	18	81	10	65	40	5	7	46	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
858827--859006	15	11.2	15	65	18	60	36	3	10	50	1.54
858830--858891	33	2.0	30	84	9	79	37	1	11	50	1.48
860263--860333	20	3.5	20	80	0	70	40	1	8	49	1.42
860642--860676	16	2.2	16	90	10	54	28	25	20	25	1.99
870414--870460	16	2.9	16	100	0	94	23	6	25	44	1.77
871927--871999	21	3.5	21	90	0	101	39	16	8	35	1.78
871942--871999	12	5.4	11	73	23	52	37	15	10	36	1.82
871935--871999	21	3.1	21	90	0	103	40	13	9	36	1.77
875059--875365	154	2.0	152	80	6	343	34	15	21	28	1.94
877123--877666	180	3.0	180	94	1	943	30	14	17	37	1.90
882733--882817	21	4.0	22	95	3	140	36	37	10	15	1.82
882733--882817	11	8.0	11	90	7	140	36	37	10	15	1.82
882733--882819	32	2.8	32	92	5	126	36	37	10	14	1.81
883809--883875	7	9.6	7	76	0	62	40	14	17	26	1.89
883833--883877	21	2.1	21	95	0	81	42	15	17	24	1.88
885115--885248	50	2.7	50	88	2	180	32	14	16	36	1.89
885232--885266	18	1.9	18	100	0	70	25	11	17	45	1.81
885842--885908	7	9.6	7	73	0	62	28	17	14	38	1.90
885837--885905	35	2.0	35	91	0	111	27	17	14	40	1.88
885842--885908	14	4.8	14	84	0	71	28	17	14	38	1.90
887112--887426	21	15.2	21	80	7	240	41	9	6	41	1.64
905711--905745	11	2.9	12	87	12	54	8	17	25	48	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
905761--905794	11	3.1	11	84	16	52	44	29	14	11	1.81
905753--905794	22	1.9	22	90	0	66	45	30	11	11	1.77
905958--906015	22	2.6	22	88	0	80	43	27	18	10	1.83
905971--906006	11	3.3	11	84	0	54	41	30	16	11	1.83
910524--910594	2	35.0	2	88	2	106	49	2	46	1	1.25
918169--918193	13	1.9	13	100	0	50	32	0	24	44	1.54
919270--919341	32	2.2	33	87	5	110	43	4	9	43	1.56
923638--923680	17	2.4	18	96	3	79	25	32	9	32	1.88
933705--933730	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
937398--937427	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
940246--940376	2	67.5	2	79	8	137	0	44	0	54	1.05
940389--940666	151	1.8	151	96	0	511	34	17	6	41	1.76
943076--943198	4	30.8	4	98	0	183	55	0	25	19	1.43
943658--943711	2	27.0	2	100	0	108	0	50	0	50	1.00
944882--944911	14	2.1	14	93	0	51	36	20	10	33	1.86
947558--947674	56	2.1	56	93	0	198	32	13	10	43	1.78
959469--959511	1	43.0	1	90	0	68	95	4	0	0	0.27
959468--959524	9	6.4	9	88	8	73	89	8	1	0	0.55
959470--959527	21	2.7	23	76	15	61	89	8	1	0	0.55
963131--963171	2	20.5	2	94	0	73	51	0	46	2	1.14
963499--963523	10	2.5	10	100	0	50	20	20	0	60	1.37
964160--964185	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
994723--994753	13	2.4	13	94	0	53	74	0	0	25	0.82
1008499--1008527	1	29.0	1	100	0	58	100	0	0	0	0.00
1014802--1014840	4	9.8	4	100	0	78	51	25	0	23	1.49
1015358--1015404	2	23.5	2	95	0	85	48	0	51	0	1.00
1015528--1015857	131	2.5	131	92	1	529	31	14	19	34	1.92
1017530--1017577	23	2.1	23	100	0	96	41	12	8	37	1.73
1021028--1021061	17	2.0	17	100	0	68	23	5	47	23	1.73
1023718--1023928	88	2.4	88	94	0	359	32	16	19	32	1.94
1050845--1050886	2	21.0	2	95	0	75	50	0	47	2	1.14
1051703--1051732	9	3.3	9	100	0	60	43	10	23	23	1.83
1054251--1054308	2	29.0	2	100	0	116	0	50	0	50	1.00
1062658--1062733	38	2.0	38	92	0	125	30	15	11	42	1.83
1068184--1068225	16	2.6	16	85	11	50	23	2	30	42	1.67
1075364--1076061	348	2.0	347	98	0	1369	34	17	15	31	1.91
1076774--1076818	2	22.5	2	100	0	90	51	0	48	0	1.00
1080567--1080700	50	2.7	50	88	0	187	32	14	16	37	1.88
1080684--1080718	18	1.9	18	100	0	70	25	11	17	45	1.81
1081398--1081523	2	65.0	2	90	6	206	0	50	1	48	1.10
1083533--1083580	23	2.0	24	88	4	71	31	6	22	39	1.79
1090790--1090832	2	21.5	2	100	0	86	51	0	48	0	1.00
1092763--1092804	2	21.0	2	100	0	84	50	0	50	0	1.00
1098428--1098457	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1098511--1098562	8	6.5	8	84	0	68	1	34	23	40	1.66
1098523--1098561	4	9.8	4	82	0	51	0	30	23	46	1.53
1098519--1098561	16	2.7	16	96	0	77	0	32	23	44	1.54
1100048--1100085	4	9.8	4	88	5	51	0	42	26	31	1.56
1100259--1101273	166	6.1	166	83	4	1212	38	19	16	25	1.92
1114283--1114380	26	3.7	27	83	5	110	45	22	12	19	1.83
1114283--1114388	55	2.0	52	87	5	149	47	20	13	18	1.82
1114286--1114388	28	3.8	27	79	3	118	48	18	13	19	1.81
1115861--1115891	16	1.9	16	93	0	53	41	12	19	25	1.87
1117603--1117632	15	2.0	15	93	0	51	43	0	53	3	1.17

Tables:   1   2   3   4