oyster.v9_M.fa.s45.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.04

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold354
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  1097647

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 311 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
654--819	21	7.9	21	83	5	210	23	18	22	34	1.96
1067--1152	4	21.5	4	100	0	172	50	0	24	25	1.50
5196--5235	18	2.2	18	86	0	53	65	5	2	27	1.27
8615--8640	2	13.0	2	100	0	52	50	50	0	0	1.00
11164--11195	11	2.9	11	95	0	55	34	9	28	28	1.88
11201--11239	11	3.6	11	82	6	53	30	23	7	38	1.83
15819--15965	19	7.1	21	73	13	117	36	8	12	42	1.74
15831--15980	42	3.6	42	82	2	162	36	10	12	40	1.77
17637--17694	21	2.8	21	86	0	80	20	37	20	20	1.94
17683--17736	21	2.6	21	75	0	63	25	22	29	22	1.99
18001--18110	21	5.1	21	68	6	58	30	25	18	26	1.98
18228--18295	21	3.2	21	89	4	84	26	29	20	23	1.99
19758--19907	42	3.6	41	78	9	144	41	12	12	34	1.79
19834--19921	22	4.1	22	79	8	92	42	12	10	35	1.77
19773--19907	19	6.5	20	69	19	73	41	11	11	36	1.76
19759--19907	41	3.6	42	78	11	146	40	12	12	34	1.79
26369--26398	12	2.5	12	94	0	51	3	0	43	53	1.17
26396--26440	16	2.8	16	82	0	63	0	33	17	48	1.48
33718--33765	2	24.0	2	91	0	78	50	4	0	45	1.21
36870--36984	53	2.2	53	90	3	178	25	23	20	30	1.99
44819--44852	17	1.9	18	88	5	52	50	11	2	35	1.54
55714--55740	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70926--70988	4	15.8	4	100	0	126	23	25	0	50	1.49
73860--73888	14	2.1	14	93	6	51	68	17	0	13	1.20
89875--89900	11	2.4	11	100	0	52	61	0	23	15	1.33
89874--89902	11	2.5	12	88	11	51	62	0	24	13	1.32
95130--95282	39	3.9	39	96	0	279	37	14	14	33	1.86
97481--97631	46	3.3	46	75	5	162	37	23	11	26	1.90
98471--98504	2	17.0	2	100	0	68	50	0	50	0	1.00
99387--99503	57	2.1	57	100	0	234	16	20	15	47	1.82
99485--99527	22	1.9	23	90	4	70	13	9	2	74	1.16
105730--106083	167	2.2	161	87	3	492	37	17	15	29	1.90
111135--111179	17	2.7	17	75	3	56	40	15	17	26	1.90
120851--120877	14	1.9	14	100	0	54	29	14	22	33	1.94
120865--121005	37	3.8	37	82	3	185	41	14	21	21	1.89
121765--122449	177	3.9	177	83	3	796	32	17	11	38	1.86
121767--122453	354	1.9	353	84	5	906	32	17	11	38	1.86
123166--123194	10	2.7	11	94	5	51	10	17	27	44	1.81
123218--123260	11	3.9	11	81	0	59	11	11	30	46	1.76
123218--123259	22	1.9	22	95	0	75	11	11	30	45	1.77
126715--126744	15	2.0	15	93	0	51	26	30	30	13	1.94
127705--128038	177	1.9	177	84	1	445	36	12	18	32	1.89
128759--128871	21	5.4	20	86	8	138	21	18	19	40	1.91
128948--129102	21	7.4	21	75	8	136	36	20	11	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128932--129102	63	2.7	63	71	12	152	36	19	11	32	1.88
129727--130107	165	2.3	166	85	3	504	29	17	14	37	1.90
132156--132190	10	3.6	10	92	3	54	37	8	11	42	1.72
133178--133254	4	19.2	4	94	0	136	49	2	24	23	1.63
135455--135540	21	4.1	21	89	0	118	25	13	17	43	1.86
135612--135734	21	5.9	21	86	0	149	39	18	16	25	1.91
140321--140354	17	2.1	17	88	5	52	14	2	14	67	1.34
145636--145665	13	2.3	13	94	0	51	20	20	10	50	1.76
146454--146549	29	3.4	29	78	4	106	29	23	14	32	1.94
148285--148581	37	8.1	37	84	3	303	41	8	11	39	1.71
148288--148580	74	4.0	73	82	2	336	41	8	11	38	1.71
148293--148581	111	2.6	110	85	3	375	41	7	11	39	1.70
169404--169587	89	2.1	89	94	0	323	30	11	18	38	1.87
170769--171041	56	4.8	55	90	7	399	44	17	23	14	1.85
170764--171042	109	2.5	113	87	9	426	44	17	23	14	1.85
172563--172672	56	2.0	56	90	3	177	49	13	20	16	1.80
172623--172833	78	2.7	78	96	0	386	51	13	19	15	1.76
172781--172945	58	3.0	54	79	11	208	45	18	23	12	1.84
172780--172949	53	3.0	58	83	7	226	45	18	22	13	1.84
180872--181420	179	3.1	174	85	8	682	36	18	14	30	1.91
184859--185488	167	3.8	167	92	0	992	39	15	16	28	1.90
200756--200879	62	2.0	62	98	0	239	36	17	17	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
202945--202986	18	2.3	18	88	8	59	33	16	11	38	1.86
207055--207667	168	3.7	167	83	3	716	30	20	20	29	1.97
215928--217214	166	7.6	165	88	4	1672	26	24	16	31	1.96
217376--217406	12	2.6	12	94	0	53	38	25	35	0	1.56
217457--217607	77	2.0	77	97	0	284	46	6	11	35	1.66
219231--219276	24	1.9	24	90	0	74	28	15	26	30	1.96
226863--226911	2	24.5	2	100	0	98	0	48	0	51	1.00
231750--231804	2	27.5	2	100	0	110	0	50	0	49	1.00
243065--243110	24	2.0	24	95	4	85	39	32	8	19	1.82
249548--249580	15	2.1	15	94	5	57	69	0	0	30	0.88
254876--254907	16	1.9	17	93	6	57	43	6	0	50	1.27
268020--268067	2	24.0	2	91	8	80	2	47	0	50	1.12
269932--269976	19	2.4	19	96	3	83	33	24	4	37	1.76
288961--288992	13	2.5	13	94	0	55	18	31	28	21	1.97
290570--290601	13	2.5	13	94	0	55	21	28	31	18	1.97
293808--293844	11	3.4	11	88	0	56	56	2	16	24	1.53
300056--300082	6	4.5	6	100	0	54	33	14	51	0	1.43
304573--304606	17	2.1	17	94	5	61	11	0	23	64	1.26
305727--305774	16	2.9	16	84	6	60	10	4	14	70	1.29
306702--306733	15	2.0	17	88	11	50	28	15	12	43	1.83
311403--311460	2	29.0	2	100	0	116	50	0	50	0	1.00
315309--315344	17	2.1	17	89	0	54	41	5	19	33	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
327051--327077	1	27.0	1	100	0	54	0	100	0	0	0.00
328122--329075	477	2.0	476	99	0	1899	40	16	14	28	1.88
342040--342319	143	2.0	142	100	0	551	30	18	20	29	1.97
352643--352684	18	2.3	18	83	0	57	35	14	11	38	1.83
354060--354958	180	5.0	180	95	0	1604	29	16	18	36	1.92
360910--361392	247	2.0	246	100	0	957	40	12	19	27	1.88
372450--372483	1	34.0	1	93	0	59	0	97	2	0	0.19
374573--374612	14	2.9	14	88	0	53	57	7	35	0	1.27
375741--375766	1	26.0	1	100	0	52	0	100	0	0	0.00
386216--386245	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
387526--387570	2	22.5	2	100	0	90	0	0	48	51	1.00
396113--396137	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
403197--403235	2	19.5	2	100	0	78	0	51	0	48	1.00
404338--404381	18	2.4	18	96	0	79	11	47	4	36	1.60
413039--413251	113	1.9	114	92	3	356	40	8	10	39	1.71
417476--417512	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00
419460--419485	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
425309--425397	2	45.0	2	95	2	162	49	0	49	1	1.08
425652--425698	19	2.5	18	80	10	58	74	10	8	6	1.22
426488--426528	2	20.5	2	100	0	82	51	0	48	0	1.00
432927--433162	117	2.0	118	90	4	370	30	17	17	34	1.93
433964--433993	12	2.6	11	90	10	51	60	23	0	16	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
434855--434913	2	30.0	2	83	10	77	50	1	47	0	1.11
443369--443409	2	20.5	2	100	0	82	48	0	51	0	1.00
444760--445219	161	2.9	161	87	1	627	36	21	13	28	1.91
458764--458899	68	2.0	68	89	2	211	37	16	13	33	1.87
459970--460024	24	2.3	25	84	9	78	36	9	7	47	1.63
460045--460083	11	3.5	11	92	0	60	28	12	15	43	1.83
464299--464328	15	2.0	15	93	0	51	53	10	13	23	1.69
469748--469839	21	4.4	21	78	10	98	23	16	18	41	1.90
469748--469839	42	2.2	42	88	3	132	23	16	18	41	1.90
469916--469985	21	3.3	21	91	0	104	38	17	17	27	1.91

Tables:   1   2   3