oyster.v9_M.fa.s48.2.7.7.80.10.50.500.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.04

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold370
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  1088289

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 316 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
529185--529221	2	18.5	2	100	0	74	51	0	48	0	1.00
530804--530833	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
533000--533057	4	14.8	4	89	3	82	0	43	25	31	1.55
534492--535815	41	32.3	41	89	0	1849	26	22	29	21	1.99
538234--538563	131	2.5	131	92	1	529	31	14	19	33	1.92
558746--558770	2	12.5	2	100	0	50	48	0	52	0	1.00
559793--559827	17	2.1	16	89	5	52	40	11	2	45	1.55
566793--566838	2	23.0	2	95	0	83	52	0	47	0	1.00
568594--568628	2	17.5	2	100	0	70	51	0	48	0	1.00
568659--568710	2	26.0	2	100	0	104	0	0	50	50	1.00
569980--570056	26	3.0	26	96	0	136	31	16	15	36	1.91
573819--573848	16	1.9	16	93	6	53	43	0	10	46	1.37
574243--574273	4	7.8	4	100	0	62	74	0	25	0	0.82
575045--575076	13	2.5	13	100	0	64	53	6	0	40	1.26
577134--577170	11	3.4	11	88	0	56	29	8	16	45	1.76
581951--581975	12	2.1	12	100	0	50	52	8	8	32	1.60
589206--589247	2	21.0	2	100	0	84	50	0	50	0	1.00
603454--603493	21	1.9	21	94	0	71	67	0	7	25	1.16
607285--607426	29	4.8	30	88	1	207	9	22	43	24	1.82
615418--615468	2	26.0	2	96	4	95	0	50	0	49	1.00
624665--624702	2	19.0	2	100	0	76	50	0	50	0	1.00
637224--637555	161	2.1	161	85	3	445	39	17	14	28	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
638084--638633	48	11.5	48	86	1	712	33	17	25	23	1.96
641856--641891	16	2.2	17	90	5	56	47	8	0	44	1.33
643805--643832	10	2.8	10	100	0	56	89	0	0	10	0.49
649760--649801	21	2.0	21	100	0	84	47	4	14	33	1.65
651967--652066	36	2.7	36	86	7	130	12	14	51	23	1.75
663593--663632	2	20.0	2	100	0	80	0	50	0	50	1.00
664975--665032	25	2.4	23	86	10	89	22	12	10	55	1.66
664982--665034	25	2.1	25	100	0	106	18	11	13	56	1.66
674342--674397	21	2.6	22	86	11	80	8	0	17	73	1.08
691337--691380	23	1.9	23	85	0	61	40	11	11	36	1.77
691641--691681	17	2.6	16	88	7	57	21	17	19	41	1.90
696428--696456	1	29.0	1	100	0	58	0	100	0	0	0.00
697489--697532	21	2.0	22	95	4	81	47	4	4	43	1.44
702594--702621	1	28.0	1	100	0	56	0	0	0	100	0.00
706091--706125	12	2.9	12	95	0	61	57	37	5	0	1.23
712819--713019	110	1.8	109	94	0	348	30	16	7	45	1.75
715100--715132	2	16.5	2	100	0	66	48	0	51	0	1.00
731931--731979	15	3.2	15	77	5	62	28	8	24	38	1.84
733053--733077	11	2.3	11	100	0	50	52	8	8	32	1.60
734258--734299	22	1.9	22	95	0	75	57	11	14	16	1.66
737123--737177	10	5.6	10	78	8	51	83	1	1	12	0.80
737124--737170	5	9.6	5	84	13	53	82	0	2	14	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
739630--739667	4	9.8	4	82	5	51	73	0	2	23	0.95
751521--751561	18	2.3	19	79	12	50	39	48	9	2	1.49
754860--755062	102	2.0	102	98	1	390	32	13	16	37	1.88
762501--762539	20	1.9	20	89	0	60	35	2	15	46	1.60
765057--765090	11	2.8	12	86	13	52	8	11	20	58	1.59
766082--766796	165	4.3	166	83	3	861	29	16	19	34	1.94
767930--767969	17	2.4	17	87	8	55	30	17	12	40	1.86
769587--769621	18	1.9	18	100	0	70	31	11	17	40	1.85
787951--787990	20	2.0	20	90	0	62	45	15	30	10	1.78
798221--798262	6	7.5	6	79	15	54	83	16	0	0	0.65
798222--798268	5	9.0	5	84	11	51	80	19	0	0	0.70
798221--798262	11	3.8	12	78	15	54	83	16	0	0	0.65
798219--798266	20	2.4	20	83	16	64	81	18	0	0	0.70
798222--798267	16	2.8	16	93	3	74	82	17	0	0	0.67
798220--798268	21	2.4	20	83	16	64	81	18	0	0	0.69
804865--806098	438	2.8	437	86	2	1704	29	16	15	38	1.89
806702--806879	69	2.7	67	89	3	261	48	14	21	15	1.80
808769--808816	2	24.0	2	91	0	78	45	0	2	52	1.12
821232--821582	161	2.2	161	88	2	501	35	13	18	32	1.89
829475--829765	134	2.2	137	82	9	343	25	25	20	28	1.99
829807--830241	171	2.6	166	84	5	515	31	17	15	35	1.92
831522--831559	18	2.1	18	100	0	76	68	21	5	5	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
836272--836487	107	2.0	107	95	0	387	42	16	15	26	1.87
836603--836654	19	2.7	19	78	3	59	55	17	15	11	1.68
836641--836722	16	5.4	15	71	8	76	58	20	13	7	1.59
836623--836722	45	2.2	45	96	0	182	57	20	15	8	1.63
837690--837790	5	20.0	5	70	9	53	7	19	14	57	1.62
837705--837758	20	2.7	20	91	0	81	9	20	14	55	1.66
838364--838398	8	4.4	8	88	0	52	88	0	0	11	0.51
839103--839433	140	2.3	141	84	6	409	27	23	19	29	1.98
846167--846208	20	2.0	21	90	4	68	35	7	30	26	1.83
850374--850434	20	3.0	20	80	0	68	24	47	4	22	1.71
850387--850452	30	2.2	30	81	5	71	28	46	4	19	1.69
852955--852993	11	3.6	11	93	6	71	35	41	7	15	1.76
861230--861281	2	26.0	2	84	7	70	3	46	0	50	1.20
861225--861279	18	3.1	18	91	0	83	5	45	1	47	1.36
861230--861284	20	2.9	20	91	5	87	5	43	0	50	1.25
861553--861616	33	2.0	32	90	3	101	37	10	14	37	1.81
868722--868753	9	3.8	9	84	16	50	56	0	0	43	0.99
868722--868757	16	2.2	16	100	0	72	58	0	0	41	0.98
871725--871756	11	2.9	11	95	0	55	28	28	9	34	1.88
871765--871817	22	2.4	22	83	0	70	39	11	28	20	1.87
871822--871851	11	2.7	11	89	0	51	26	26	10	36	1.88
871882--871935	11	4.9	11	95	0	99	27	33	9	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
872039--872065	14	1.9	14	100	0	54	88	11	0	0	0.50
872957--873178	112	2.0	111	93	0	381	28	19	19	32	1.96
873394--873437	2	22.0	2	100	0	88	50	0	50	0	1.00
873772--873832	22	2.8	21	75	9	59	44	14	22	18	1.86
873825--873863	11	3.6	11	93	3	62	33	10	28	28	1.90
873934--873973	11	3.7	11	90	3	55	25	30	10	35	1.88
875278--875305	13	2.2	13	100	0	56	25	14	21	39	1.91
875463--875675	21	10.1	21	83	6	200	37	15	7	40	1.75
875466--875686	42	5.2	42	79	9	234	37	16	6	39	1.74
875462--875663	63	3.2	61	80	10	228	38	15	6	40	1.73
881689--881714	11	2.4	11	100	0	52	30	7	19	42	1.79
885155--886115	166	5.9	165	82	6	1062	28	22	14	33	1.94
885155--886131	331	3.0	326	80	7	1104	28	22	14	33	1.94
890980--891114	42	3.2	42	70	4	119	29	20	11	38	1.87
890950--891114	84	2.0	84	82	0	204	30	21	10	37	1.88
891087--891155	21	3.3	20	76	15	68	33	15	4	46	1.66
891178--891244	21	3.2	21	73	12	57	31	13	14	40	1.85
892585--892630	21	2.1	22	96	4	85	50	0	15	34	1.44
893901--893969	21	3.3	20	76	15	68	46	4	15	33	1.66
893998--894058	21	2.9	21	75	0	68	42	3	18	36	1.66
893900--894058	42	3.8	42	73	3	140	40	6	20	32	1.79
893942--894076	42	3.2	42	69	8	112	37	11	20	31	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
893934--894093	84	1.9	84	85	0	221	37	10	20	31	1.86
894260--894303	21	2.1	21	91	4	72	36	6	20	36	1.79
897823--897929	4	26.8	4	88	0	115	1	42	5	50	1.36
911608--911690	35	2.4	35	81	4	96	28	9	25	36	1.88
911665--911817	80	1.9	80	86	2	218	34	11	24	29	1.90
911785--912042	35	7.4	35	90	0	399	37	13	24	24	1.91
911986--912091	52	2.0	52	94	0	185	40	16	23	18	1.91
912021--912059	17	2.3	17	100	0	78	48	17	17	15	1.81
911951--912123	87	2.0	87	88	0	256	37	15	24	23	1.93
912038--912142	35	3.0	35	80	0	120	33	13	26	26	1.93

Tables:   1   2   3