oyster.v9_M.fa.s5.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.04

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold102
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  1727112

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56--131	4	19.2	4	97	2	145	25	25	0	50	1.50
8595--8627	16	2.1	16	100	0	66	27	24	18	30	1.98
8937--8990	20	2.7	20	83	11	83	50	9	5	35	1.58
8934--9001	20	3.4	20	80	8	75	51	10	5	32	1.60
12334--12359	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
19457--19505	9	5.3	9	87	2	71	4	22	30	42	1.72
19681--22126	166	14.7	165	81	5	2609	33	15	22	28	1.95
19674--22126	331	7.4	331	81	6	2656	33	15	22	28	1.95
19743--22126	497	4.8	495	81	6	2720	33	15	22	28	1.95
41191--41233	2	21.5	2	100	0	86	0	48	0	51	1.00
45413--45454	2	21.0	2	100	0	84	50	0	50	0	1.00
50776--50911	67	2.0	67	94	0	236	41	11	16	30	1.84
69549--69592	23	2.0	22	82	13	54	29	20	9	40	1.83
82967--83003	15	2.5	15	91	4	58	21	5	18	54	1.64
88930--88963	17	2.0	17	94	0	59	35	8	17	38	1.81
101419--101708	100	2.9	100	96	1	519	36	22	17	23	1.94
108988--109059	36	2.0	36	97	0	135	26	41	15	16	1.88
112009--112052	2	22.0	2	100	0	88	50	0	50	0	1.00
119809--120024	51	4.2	51	88	3	317	37	18	12	31	1.88
119809--120021	101	2.1	104	88	3	315	38	19	11	30	1.87
124328--124438	2	58.0	2	89	8	160	54	0	45	0	0.99
128696--128773	34	2.4	33	89	4	122	33	26	14	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135030--135256	42	5.4	42	71	4	170	35	16	16	32	1.91
135028--135110	21	4.0	21	73	16	64	33	13	19	33	1.90
135055--135268	21	10.2	21	71	8	141	36	15	16	31	1.90
135033--135268	84	2.8	82	82	10	280	35	16	16	32	1.91
135339--135397	21	2.8	21	73	0	64	28	22	13	35	1.92
135777--135801	13	1.9	13	100	0	50	40	36	16	8	1.77
137329--137367	16	2.4	16	82	0	51	51	25	23	0	1.49
137372--137412	2	20.5	2	100	0	82	51	0	48	0	1.00
142513--142705	96	2.0	98	86	6	277	38	18	13	29	1.89
149719--149743	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
151831--151989	4	39.8	4	93	2	275	52	0	23	23	1.52
153000--153025	12	2.2	12	100	0	52	15	0	7	76	0.99
154516--154552	2	18.5	2	88	0	56	51	0	45	2	1.15
172040--172071	10	3.2	10	100	0	64	28	9	0	62	1.26
174960--175345	166	2.3	163	84	3	508	26	23	16	33	1.96
175532--175564	12	2.8	12	86	4	50	39	27	33	0	1.57
180737--180774	6	6.7	6	93	6	62	0	0	13	86	0.56
180727--180774	17	2.9	16	82	11	60	0	0	14	85	0.60
180856--180889	1	34.0	1	93	0	59	0	0	2	97	0.19
181927--182502	290	2.0	291	87	4	831	28	17	17	35	1.93
187083--188438	166	8.2	165	86	4	1841	29	16	14	38	1.89
187085--188436	497	2.7	496	88	2	1989	29	16	15	38	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187083--188438	331	4.1	332	88	2	1978	29	16	14	38	1.89
189186--189235	24	2.1	24	100	0	100	16	8	16	60	1.58
192715--193141	214	2.0	213	100	0	845	36	14	16	32	1.88
225877--226262	194	2.0	194	96	0	718	37	13	13	34	1.84
230030--230096	2	34.0	2	96	3	127	50	0	49	0	1.00
234765--234791	12	2.2	12	100	0	54	48	7	11	33	1.67
236934--237012	26	3.0	26	98	0	149	50	7	13	27	1.69
239563--239613	2	25.5	2	100	0	102	0	50	0	49	1.00
242842--242897	4	14.0	4	100	0	112	50	0	25	25	1.50
242784--242865	43	1.9	43	89	0	128	42	9	18	29	1.82
255812--255855	21	2.1	21	100	0	88	50	9	11	29	1.69
259015--259072	29	1.9	31	86	6	84	51	17	5	25	1.65
261145--261338	98	2.0	98	96	0	361	21	16	19	42	1.89
269762--269829	31	2.2	31	97	0	127	16	30	10	42	1.81
271125--271154	15	2.0	15	100	0	60	26	33	26	13	1.93
276188--276250	33	1.9	33	87	6	92	23	38	15	22	1.93
276264--276427	42	3.9	42	91	3	242	26	35	18	19	1.95
276153--276427	84	3.2	84	77	9	245	26	36	16	20	1.93
276131--276386	10	24.1	10	70	19	105	26	37	16	20	1.93
280346--280533	10	17.8	10	73	13	94	22	14	38	23	1.92
280345--280564	42	5.2	42	85	4	246	24	14	37	23	1.92
280346--280564	20	10.3	20	67	22	83	24	14	37	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
280502--280576	21	3.6	21	72	13	73	32	10	34	22	1.89
280346--280564	10	20.7	10	71	20	58	24	14	37	23	1.92
280545--280595	21	2.5	21	84	9	61	33	13	27	25	1.94
280990--281041	16	2.9	17	78	16	61	44	9	1	44	1.48
280990--281078	33	2.6	36	85	8	114	44	10	2	42	1.50
281124--281185	15	4.1	15	79	8	72	45	11	8	35	1.70
281124--281221	15	6.2	15	70	13	63	44	12	6	36	1.67
281431--281884	172	2.6	172	93	1	777	37	15	18	29	1.91
281893--281940	4	12.0	4	77	0	51	31	29	39	0	1.57
281894--281939	12	3.8	12	82	0	65	32	30	36	0	1.58
286437--286570	21	6.4	21	75	6	110	41	15	23	19	1.89
286447--286550	42	2.5	42	91	0	172	42	17	22	18	1.89
299692--299900	94	2.3	92	82	5	253	32	24	22	19	1.97
300250--300410	23	7.3	23	72	12	97	24	8	25	40	1.84
300270--300324	21	2.8	19	73	10	56	21	9	25	43	1.82
302576--302756	44	4.2	44	74	8	156	32	10	19	38	1.86
302800--302878	37	2.2	37	83	2	97	27	12	17	41	1.86
302843--303063	48	4.8	47	73	18	194	29	11	19	39	1.86
302887--302990	52	2.0	52	92	0	172	29	10	19	40	1.85
302944--303626	37	17.8	37	82	8	747	31	12	17	39	1.87
302814--303075	137	1.9	136	90	0	416	29	11	19	39	1.87
303177--303275	52	1.9	52	89	0	153	30	13	19	37	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
303141--303312	89	1.9	89	93	0	299	30	13	18	38	1.89
303486--303550	21	3.3	21	64	27	61	35	10	13	40	1.80
303720--303834	37	3.1	37	97	0	212	32	13	19	34	1.91
307554--307596	8	5.4	8	85	0	59	34	25	37	2	1.69
307549--307588	20	2.0	20	95	0	71	37	25	37	0	1.56
307550--307596	24	2.0	24	95	0	85	36	25	36	2	1.68
308196--308538	44	7.6	44	80	8	332	41	25	7	25	1.81
308193--308538	93	3.8	88	83	8	419	41	25	7	25	1.81
308410--308492	26	3.3	26	66	26	70	39	26	7	26	1.82
312938--313013	25	3.5	20	85	10	89	51	26	15	6	1.68
312938--312996	25	2.4	25	97	0	109	54	23	16	5	1.62
312926--312996	5	14.0	5	73	8	63	54	22	16	5	1.63
313524--313570	5	9.2	5	86	4	58	2	12	21	63	1.39
313524--313570	15	3.1	15	84	6	67	2	12	21	63	1.39
317434--319233	179	10.0	178	90	3	2781	31	16	16	35	1.91
317434--319233	359	5.0	359	92	1	2986	31	16	16	35	1.91
323357--324168	164	4.9	164	84	6	946	31	18	17	32	1.94
323384--324244	330	2.6	331	83	8	1023	31	18	18	32	1.95
327865--327905	2	20.5	2	100	0	82	0	51	0	48	1.00
331863--331903	22	1.9	22	85	5	57	70	4	21	2	1.18
339755--339938	53	3.5	53	90	3	289	33	18	17	30	1.94
340601--341449	54	15.8	54	78	6	770	30	21	17	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
341450--343892	54	45.4	54	80	4	2467	31	21	17	30	1.96
343824--344053	126	1.8	126	87	0	343	30	22	16	30	1.96
343927--344073	54	2.7	54	81	0	177	27	23	16	32	1.96
347492--347534	2	21.5	2	100	0	86	0	48	0	51	1.00
353811--354778	166	5.9	166	81	6	1039	33	14	23	28	1.94
361402--361461	2	30.0	2	100	0	120	0	50	0	50	1.00
363448--363478	16	1.9	16	100	0	62	51	6	19	22	1.69
367244--367495	53	5.0	50	85	9	307	35	14	17	32	1.90
367244--367476	101	2.3	101	92	0	387	36	14	18	31	1.90
382631--382701	28	2.6	27	90	2	106	35	19	23	21	1.96

Tables:   1   2   3   4   5