oyster.v9_M.fa.s50.2.7.7.80.10.50.500.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.04

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold1423
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  1072665

Tables:   1   2   3   

This is table  3  of  3  ( 360 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
834872--834973	22	4.5	22	67	22	66	31	10	29	28	1.91
835064--835103	11	3.7	11	80	6	55	25	22	10	42	1.84
835064--835103	21	1.9	21	89	0	62	25	22	10	42	1.84
843497--843540	2	22.0	2	100	0	88	0	50	0	50	1.00
845250--845275	12	2.2	12	100	0	52	30	7	15	46	1.74
850731--850845	13	7.1	17	63	31	65	37	21	6	34	1.79
850722--850846	32	3.9	32	100	0	250	36	22	6	34	1.80
859618--859642	13	1.9	13	100	0	50	44	24	0	32	1.54
861214--861356	76	1.9	76	92	0	241	35	16	11	36	1.85
863983--864079	32	3.0	32	78	3	104	27	11	21	39	1.88
864047--864101	27	2.0	27	92	0	92	27	10	18	43	1.83
867572--867622	5	10.2	5	85	8	68	1	1	17	78	0.94
867572--867634	15	4.1	15	78	10	65	3	1	17	77	0.97
869121--869341	21	10.5	21	92	1	327	34	18	17	29	1.93
870015--870206	21	9.1	21	90	2	287	33	18	18	30	1.95
870288--870365	21	3.6	21	75	13	86	38	8	24	28	1.85
870269--870344	23	3.4	23	75	14	86	42	10	22	25	1.85
870269--870368	44	2.3	44	94	0	173	42	10	23	25	1.85
875632--875677	23	2.0	23	100	0	92	34	21	17	26	1.95
876213--876271	18	3.3	18	85	0	73	42	18	13	25	1.87
876959--877010	2	27.0	2	92	7	90	51	0	48	0	1.00
891299--891615	47	6.7	46	76	14	272	21	32	18	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
894302--894354	2	26.5	2	100	0	106	49	0	50	0	1.00
899297--899340	21	2.1	21	95	0	79	40	22	13	22	1.89
899383--899426	21	2.1	21	86	0	61	38	27	13	20	1.90
899475--899539	21	3.1	21	97	0	121	41	21	13	23	1.89
899262--899518	86	2.8	91	84	9	373	40	22	15	21	1.90
899582--899625	21	2.1	21	86	0	61	38	27	13	20	1.90
899297--899907	199	3.1	199	94	1	1065	39	23	14	21	1.91
899496--899717	86	2.5	88	89	5	333	39	24	14	21	1.91
899674--899738	21	3.1	21	97	0	121	40	23	13	23	1.90
899780--899824	21	2.1	21	95	0	81	40	22	13	24	1.90
899582--899824	107	2.2	109	89	5	357	39	23	14	22	1.91
899694--899921	86	2.7	86	92	0	357	41	22	13	22	1.88
900226--900302	18	4.4	18	93	6	140	51	3	22	22	1.64
900234--900302	34	2.0	34	100	0	138	50	2	23	23	1.62
907096--907136	17	2.2	19	83	12	50	21	2	17	58	1.50
908392--908733	55	6.3	55	75	10	265	37	22	14	25	1.92
908362--908590	105	2.2	102	83	3	282	33	21	17	27	1.96
910182--910225	19	2.2	21	88	8	65	36	11	2	50	1.51
912425--912990	18	31.8	18	87	9	733	40	24	11	23	1.87
913081--913264	18	10.1	18	72	15	83	39	22	10	27	1.87
912420--913398	36	27.1	36	77	14	745	39	23	11	25	1.88
913129--913275	77	1.9	77	90	0	231	37	23	10	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
913289--913398	18	5.4	18	67	26	69	38	21	13	26	1.91
913299--913375	24	3.5	23	70	26	76	36	18	12	32	1.89
913293--913417	42	3.0	42	95	0	214	36	20	14	28	1.92
913524--913573	26	1.9	26	91	0	82	28	26	16	30	1.96
914780--914840	30	2.0	30	100	0	122	68	6	8	16	1.35
915698--916232	183	3.0	180	88	3	803	36	16	15	31	1.90
921400--921799	200	2.0	200	100	0	800	29	25	18	27	1.98
922133--922233	2	50.5	2	100	0	202	0	50	0	49	1.00
923223--923281	2	29.5	2	100	0	118	0	49	0	50	1.00
923509--923539	15	2.0	16	93	6	55	12	16	0	70	1.16
925007--925061	28	2.0	28	92	0	92	1	23	56	18	1.51
926581--926624	2	22.5	2	86	4	63	52	0	47	0	1.00
928817--928926	36	3.1	36	100	0	220	24	16	33	25	1.96
929515--929559	7	6.4	7	84	0	63	0	22	42	35	1.54
929515--929559	21	2.1	21	95	0	81	0	22	42	35	1.54
929764--930088	169	1.9	168	92	0	551	30	19	20	29	1.97
934200--934635	161	2.7	161	85	4	585	30	13	18	37	1.89
934834--934865	13	2.4	13	94	5	55	0	0	25	75	0.81
934867--935317	78	5.9	78	89	6	672	26	9	31	32	1.88
934867--935317	148	2.9	155	88	6	704	26	9	31	32	1.88
936855--936893	19	2.1	19	85	9	53	48	5	12	33	1.63
937730--938363	20	31.6	20	88	2	878	27	15	17	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
939601--941133	38	40.1	38	74	7	1244	31	14	23	29	1.95
939601--941009	155	9.2	154	76	7	1033	31	14	23	30	1.95
940256--941093	267	3.1	267	90	3	1230	31	15	22	30	1.95
945252--945285	15	2.3	15	94	0	59	14	20	8	55	1.65
950659--950890	25	9.4	25	92	2	353	29	16	17	36	1.92
950659--950929	25	10.9	25	92	2	184	30	15	18	35	1.92
950659--950929	98	2.7	99	85	4	262	30	15	18	35	1.92
953386--953469	28	3.0	28	74	8	82	30	13	25	30	1.93
953500--953718	66	3.4	65	77	6	230	27	13	21	36	1.91
953708--953839	28	4.8	28	71	9	103	24	11	22	41	1.86
955384--955595	28	7.4	28	68	10	133	26	12	23	37	1.90
956544--956635	28	3.3	28	80	8	91	29	8	19	42	1.81
958306--958616	48	6.4	48	71	8	173	42	19	18	19	1.90
958890--960209	138	9.3	138	76	10	808	36	9	20	33	1.85
959111--959215	55	1.9	55	86	0	147	38	6	20	34	1.79
958890--960340	28	51.2	28	77	10	1006	36	9	21	33	1.85
960939--961035	25	3.8	25	86	4	122	40	5	21	32	1.75
961012--961099	32	2.8	32	96	0	158	40	9	15	34	1.79
968624--968857	31	7.5	31	96	0	432	41	19	14	25	1.89
969140--969469	41	8.0	41	98	0	624	39	22	7	30	1.82
970183--970247	32	2.1	32	94	2	114	56	15	6	21	1.60
972743--972902	34	4.7	34	81	1	205	25	10	13	51	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
972741--972902	68	2.4	68	85	1	227	24	10	12	51	1.71
973986--974031	20	2.3	20	100	0	92	30	8	26	34	1.86
974183--974244	20	3.1	20	77	9	72	32	9	24	33	1.88
974183--974290	40	2.7	40	78	5	112	34	10	22	33	1.88
974373--974492	20	6.0	20	79	3	116	27	11	25	35	1.90
974378--974493	60	1.9	60	81	6	137	29	11	25	34	1.90
974669--974708	20	2.0	20	90	0	62	30	5	27	37	1.78
976795--976865	31	2.3	31	90	4	108	21	15	30	32	1.94
977397--977750	45	7.9	45	89	0	528	19	9	26	44	1.81
977915--977955	2	20.5	2	94	0	73	51	0	48	0	1.00
982581--982617	11	3.4	11	84	0	56	27	18	0	54	1.44
999682--999904	26	8.6	26	93	0	374	44	18	21	15	1.86
1002351--1002565	26	8.2	26	93	1	331	45	20	20	14	1.85
1010329--1010403	23	3.2	23	67	20	64	34	14	18	32	1.91
1010237--1010434	48	4.1	48	88	3	292	34	15	17	32	1.91
1010237--1010434	95	2.1	96	91	2	319	34	15	17	32	1.91
1015455--1015621	48	3.5	49	77	5	189	36	14	15	33	1.88
1016718--1018661	62	31.4	62	91	1	2991	36	10	25	27	1.89
1017200--1017300	33	3.2	33	59	16	77	41	11	20	25	1.87
1020838--1021990	35	33.5	35	81	5	1285	24	28	13	33	1.93
1020962--1021013	26	2.0	26	88	0	77	19	34	17	28	1.94
1025008--1025058	23	2.2	23	100	0	102	62	21	11	3	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1026740--1026783	20	2.0	20	83	12	52	43	2	9	45	1.48
1032517--1032567	21	2.4	21	87	6	68	13	17	37	31	1.89
1033546--1033584	21	1.9	20	89	5	60	10	20	35	33	1.86
1033546--1033584	10	3.8	10	90	6	60	10	20	35	33	1.86
1045152--1045515	36	10.1	36	87	0	521	32	9	21	36	1.85
1045621--1045760	22	6.4	22	97	0	253	25	9	13	52	1.70
1046871--1046898	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
1054680--1054744	12	5.4	12	75	0	58	36	24	35	3	1.71
1061555--1061705	35	4.4	35	78	8	159	24	29	20	25	1.99
1061576--1061703	70	1.9	67	88	4	193	25	28	21	23	1.99

Tables:   1   2   3

The End!