oyster.v9_M.fa.s52.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.04

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold149
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  1065560

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8185--8215	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
11929--11976	2	24.0	2	100	0	96	50	0	50	0	1.00
12360--12384	11	2.3	11	100	0	50	52	8	0	40	1.31
14156--14209	4	13.8	4	84	3	74	0	42	25	31	1.55
15420--16022	168	3.6	164	88	2	875	35	16	23	24	1.95
15420--16022	164	3.6	165	87	3	861	35	16	23	24	1.95
17030--17058	13	2.2	13	100	0	58	58	0	31	10	1.31
19175--19415	132	1.8	132	90	0	392	30	19	20	29	1.97
19276--19560	145	2.0	146	83	6	364	31	17	22	28	1.96
19846--19882	18	2.1	18	100	0	74	29	10	16	43	1.82
24511--24559	6	7.8	6	85	14	64	0	2	14	83	0.73
31293--31341	4	12.2	4	86	0	71	2	44	24	28	1.65
40215--40325	28	4.0	28	89	2	161	19	6	19	54	1.66
40215--40325	55	2.0	56	89	1	170	19	6	19	54	1.66
40515--40551	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00
46763--46802	2	20.0	2	100	0	80	50	0	50	0	1.00
48639--48738	44	2.3	45	92	3	168	37	10	6	47	1.62
49345--49393	21	2.3	22	93	6	84	44	4	0	51	1.20
50040--50073	17	2.0	17	88	0	50	47	0	17	35	1.48
56812--56842	10	3.0	10	95	4	53	51	0	0	48	1.00
70548--70598	2	25.5	2	91	0	84	0	45	0	54	0.99
70806--70836	16	1.9	16	93	0	53	3	35	25	35	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73254--73302	15	2.9	18	73	17	59	2	0	16	81	0.78
80012--80196	72	2.6	72	82	9	225	28	8	17	45	1.77
86358--86405	21	2.3	21	85	0	60	37	8	18	35	1.81
86368--86412	21	2.1	21	83	0	54	42	8	17	31	1.80
89239--89275	1	37.0	1	100	0	74	0	0	0	100	0.00
89146--89274	67	1.9	66	84	1	168	11	3	14	70	1.28
90086--90137	2	26.0	2	100	0	104	0	50	0	50	1.00
90333--90357	10	2.5	10	100	0	50	12	80	0	8	0.92
92445--92485	18	2.3	18	86	0	55	56	21	2	19	1.54
92545--92571	14	1.9	14	100	0	54	37	0	14	48	1.45
92729--92758	1	30.0	1	93	0	51	0	96	3	0	0.21
100259--100294	3	12.0	3	87	0	54	36	2	33	27	1.72
100260--100294	12	2.9	12	95	0	61	37	2	34	25	1.71
106958--107002	15	3.0	15	81	9	56	20	17	15	46	1.84
113132--113196	4	16.2	4	100	0	130	24	24	0	50	1.49
113548--113617	4	17.5	4	93	0	95	57	0	42	0	0.99
113548--113617	6	11.7	6	89	0	95	57	0	42	0	0.99
128228--128471	55	4.4	55	93	1	364	17	17	35	29	1.93
130570--130620	26	2.0	26	100	0	102	35	21	3	39	1.72
131982--132021	2	20.0	2	100	0	80	50	0	50	0	1.00
133933--133976	2	22.5	2	86	4	63	0	45	0	54	0.99
134046--134362	169	1.8	171	87	7	469	41	14	5	37	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139426--139477	26	2.0	25	96	3	95	26	28	19	23	1.97
144680--144725	2	23.0	2	100	0	92	0	50	0	50	1.00
145433--145786	180	2.0	179	99	0	690	30	15	14	39	1.88
150569--150646	4	20.0	4	76	15	74	1	26	24	47	1.60
150561--150679	22	5.4	22	79	7	98	0	35	16	47	1.53
150564--150637	18	4.1	18	78	0	76	0	29	22	47	1.52
150592--150676	14	6.2	14	84	5	75	1	35	15	48	1.53
150644--150678	2	17.5	2	100	0	70	0	48	0	51	1.00
152129--152214	27	3.2	27	67	6	84	34	23	17	24	1.96
152115--152224	54	2.0	54	100	0	220	35	22	18	23	1.96
161506--162042	44	12.2	44	76	6	300	41	13	20	24	1.88
161506--162042	88	6.1	87	77	8	435	41	13	20	24	1.88
161620--162042	132	3.2	133	78	3	433	42	14	19	23	1.88
161506--162042	176	3.1	178	79	4	563	41	13	20	24	1.88
164728--164765	18	2.1	18	100	0	76	15	5	28	50	1.66
165642--166408	381	2.0	379	96	0	1419	34	16	16	32	1.91
179085--179120	2	18.0	2	100	0	72	50	0	50	0	1.00
181781--181811	16	2.0	15	93	6	53	32	0	3	64	1.09
183962--183999	17	2.4	16	86	8	51	21	28	15	34	1.94
185949--186090	4	35.0	4	94	2	230	49	2	25	22	1.63
198076--198159	42	2.0	42	88	4	125	20	32	26	21	1.98
216585--216651	7	9.6	7	81	0	80	26	20	14	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
216585--216651	21	3.2	21	84	0	89	26	20	14	37	1.92
217407--217440	12	2.8	12	90	0	59	0	35	26	38	1.57
218779--218868	44	2.0	44	93	0	153	42	12	6	38	1.69
219473--219851	182	2.1	180	88	3	555	31	15	17	35	1.91
225721--225754	17	2.0	17	94	0	59	29	11	20	38	1.88
225969--226007	16	2.4	16	86	0	51	23	15	35	25	1.94
225986--226032	24	2.0	24	82	0	58	29	21	31	17	1.96
234360--234412	12	4.4	12	82	0	70	11	18	5	64	1.46
234359--234412	24	2.2	24	90	0	81	12	18	5	62	1.48
243416--243464	22	2.2	21	82	10	62	14	16	26	42	1.86
243431--243463	11	3.0	11	90	0	57	9	15	27	48	1.74
243616--243655	11	3.6	11	87	12	64	7	15	30	47	1.72
243604--243662	22	2.7	22	74	10	66	10	23	23	42	1.85
243663--243697	13	2.8	13	91	8	56	51	25	14	8	1.70
246814--246863	2	25.0	2	100	0	100	50	0	50	0	1.00
246919--246947	14	2.0	15	93	6	51	17	13	13	55	1.70
257949--258735	168	4.7	167	86	2	986	31	18	18	31	1.95
257947--258736	336	2.3	334	84	4	1095	31	18	18	31	1.95
267427--267464	20	1.9	20	94	0	67	34	26	5	34	1.79
268369--268401	2	16.5	2	100	0	66	0	48	0	51	1.00
270128--270154	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
273580--273617	2	19.0	2	100	0	76	0	50	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
277732--277759	14	2.0	14	100	0	56	50	0	7	42	1.30
283595--283631	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00
283644--283674	2	15.5	2	100	0	62	51	48	0	0	1.00
289426--289461	13	2.7	14	91	8	58	5	0	88	5	0.61
290436--290470	14	2.5	14	95	0	61	14	25	20	40	1.90
298200--298224	13	1.9	13	100	0	50	32	8	28	32	1.86
298526--298568	2	21.5	2	100	0	86	0	48	0	51	1.00
298588--298653	2	33.0	2	100	0	132	0	50	0	50	1.00
302168--302549	190	2.0	189	98	0	746	29	21	16	32	1.95
303882--303927	16	2.8	16	87	12	58	67	2	17	13	1.33
311285--311330	4	11.5	4	95	0	83	0	47	23	28	1.52
311808--312250	163	2.7	161	84	5	545	35	14	17	31	1.91
311860--312250	163	2.4	162	89	2	579	35	13	18	32	1.90
312298--312596	134	2.2	135	84	6	392	27	20	26	26	1.99
317415--317440	1	26.0	1	100	0	52	0	0	100	0	0.00
321896--321934	18	2.2	18	100	0	78	38	12	10	38	1.78
323143--323183	20	2.0	22	85	9	59	17	7	12	63	1.50
338509--338535	12	2.2	12	100	0	54	92	0	0	7	0.38
338508--338538	16	1.9	16	93	0	53	90	0	0	9	0.46
341932--341977	18	2.4	20	78	17	60	6	15	19	58	1.58
341941--341976	18	2.0	18	94	0	63	8	16	19	55	1.66
341913--342169	83	3.1	82	80	7	281	11	10	23	54	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
346251--346277	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
348213--348250	19	2.1	19	85	5	51	76	0	7	15	1.01
351169--351338	83	2.0	83	95	0	304	33	12	24	29	1.92
352090--352131	4	10.2	4	84	5	57	69	23	4	2	1.20
352090--352131	16	2.6	16	92	3	66	69	23	4	2	1.20
359058--359093	1	36.0	1	100	0	72	100	0	0	0	0.00
366201--366508	154	2.0	153	99	0	607	32	20	14	32	1.93
367026--367059	10	3.4	10	83	0	50	41	29	8	20	1.82
367026--367059	15	2.3	15	94	0	59	41	29	8	20	1.82
387415--387448	10	3.4	10	83	0	50	41	29	8	20	1.82

Tables:   1   2   3   4