oyster.v9_M.fa.s55.2.7.7.80.10.50.500.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.04

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold1267
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  1050379

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
598407--598527	30	4.0	30	92	0	206	19	39	23	17	1.92
599849--599921	2	36.5	2	100	0	146	50	0	49	0	1.00
601056--601145	40	2.2	40	98	0	171	8	6	46	37	1.61
601509--601565	27	2.2	26	87	3	78	33	12	8	45	1.72
605218--605276	21	2.9	20	85	9	75	27	27	18	27	1.98
605231--605276	21	2.2	21	96	0	83	30	23	19	26	1.98
606034--606076	2	21.5	2	100	0	86	0	51	0	48	1.00
629571--629621	16	3.2	16	100	0	102	31	25	11	31	1.92
629672--629750	16	5.1	16	72	9	83	29	18	12	39	1.88
629655--629752	31	3.2	31	85	2	153	28	18	14	38	1.90
630539--630618	8	10.5	8	85	10	114	50	21	28	0	1.49
630538--630623	22	4.2	21	86	11	108	48	20	30	0	1.50
630531--630617	26	3.3	26	91	0	147	50	19	29	0	1.48
630535--630624	8	11.8	8	82	9	80	48	20	31	0	1.49
630533--630624	30	3.1	30	91	0	148	48	19	31	0	1.49
632174--632775	28	21.2	28	85	6	723	34	16	19	28	1.94
635598--635629	2	17.0	2	87	12	50	50	0	0	50	1.00
636315--636974	31	21.4	31	90	2	947	45	17	20	16	1.86
636789--636845	13	3.4	18	68	25	52	47	17	17	17	1.83
638576--639002	20	21.4	20	88	1	597	26	22	21	28	1.99
641851--642029	54	3.3	54	88	3	279	39	11	34	15	1.83
641851--642029	27	6.6	27	84	3	243	39	11	34	15	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
643667--643755	42	2.1	42	87	8	128	43	12	20	23	1.85
645010--645064	10	5.8	10	79	10	62	40	32	10	16	1.83
645915--646192	21	13.6	21	82	6	259	40	31	6	21	1.79
645979--646232	20	12.6	20	83	9	234	40	31	5	22	1.77
646186--646509	20	16.4	20	74	6	212	35	27	6	30	1.82
646478--646521	20	2.2	20	95	0	79	31	31	9	27	1.88
646478--646528	20	2.5	20	90	0	66	37	27	9	25	1.87
646493--646545	20	2.6	20	79	5	54	37	26	9	26	1.87
650279--650505	35	6.5	35	95	0	409	40	9	18	31	1.82
674299--674366	2	34.0	2	100	0	136	50	0	50	0	1.00
681116--681343	67	3.4	66	86	8	313	26	22	22	28	1.99
683499--683532	17	2.0	17	100	0	68	41	23	0	35	1.55
683704--683741	19	2.0	19	100	0	76	36	15	15	31	1.90
684719--684812	30	3.0	30	92	4	152	27	27	13	30	1.94
688461--689107	229	2.8	229	91	2	1023	32	15	15	36	1.89
691378--691429	2	26.0	2	100	0	104	0	50	0	50	1.00
691991--692020	14	2.1	14	93	0	51	63	33	3	0	1.11
692659--692890	74	3.1	74	95	1	410	32	8	15	43	1.77
694792--694857	20	3.3	20	100	0	132	25	9	28	36	1.87
698875--699318	50	9.0	50	91	3	715	25	21	20	31	1.98
698875--699318	96	4.5	97	93	2	703	25	21	20	31	1.98
698875--699318	146	3.0	147	89	5	691	25	21	20	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
699730--699886	37	4.0	37	67	20	113	25	15	19	39	1.91
699849--699939	45	2.0	46	85	6	123	25	17	18	38	1.92
700637--700678	20	2.0	20	86	4	57	42	0	21	35	1.53
701980--702541	20	28.1	20	89	1	822	52	14	25	7	1.67
702712--703268	34	16.2	34	85	4	690	33	29	8	28	1.86
702712--703268	238	2.3	239	90	3	877	33	29	8	28	1.86
703824--703881	26	2.2	27	79	14	68	18	3	25	51	1.62
703840--703929	26	3.5	26	80	3	101	24	4	20	51	1.66
712860--713414	22	26.1	22	74	17	433	44	16	21	17	1.87
713224--713278	28	2.0	28	96	0	101	43	16	16	23	1.87
713344--713406	18	3.5	18	84	0	90	44	19	20	15	1.87
728372--728756	22	17.1	22	79	12	367	45	17	21	15	1.86
728384--728488	18	5.5	18	77	13	95	43	20	20	16	1.88
741571--741717	50	2.9	49	87	4	213	27	24	15	31	1.96
741734--743792	27	75.0	27	81	6	2114	28	15	27	27	1.96
743987--744155	50	3.4	50	89	0	239	39	27	5	27	1.79
743987--744201	50	4.3	50	82	5	188	39	26	6	28	1.80
743987--744210	100	2.2	100	84	3	274	37	27	6	29	1.81
744487--744683	49	4.0	49	93	0	331	12	35	21	30	1.91
745630--745831	43	4.6	43	71	9	167	37	31	11	18	1.87
745580--745819	132	1.8	131	88	3	367	38	32	10	18	1.85
745925--746913	43	23.0	43	92	0	1591	37	27	13	21	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
746063--746134	20	3.2	25	62	25	68	36	29	13	20	1.92
747202--747292	26	3.5	26	82	13	123	19	15	15	49	1.80
747763--750470	16	169.2	16	86	2	3324	38	15	36	9	1.80
747772--750470	432	6.2	432	96	0	4519	38	15	36	9	1.80
750307--750560	32	7.9	32	78	5	91	39	12	36	11	1.79
755041--755074	17	2.0	17	94	0	59	32	23	17	26	1.97
756966--757014	25	2.0	25	87	0	71	28	10	6	55	1.57
756991--757169	28	6.0	30	69	12	109	26	12	13	48	1.78
757294--757467	41	4.0	44	82	12	225	32	9	16	41	1.81
757286--757467	90	2.0	90	94	0	319	32	9	15	41	1.81
757660--757740	26	3.1	26	100	0	162	44	25	7	22	1.79
757674--757721	15	3.5	15	67	21	50	43	27	8	20	1.80
757974--758227	72	3.5	72	100	0	508	17	41	11	29	1.85
766501--766667	62	2.8	58	86	10	246	40	14	27	17	1.89
768870--768916	3	15.7	3	81	0	58	31	0	29	38	1.58
771813--772352	20	26.7	19	68	13	173	25	22	22	30	1.99
771795--772430	40	15.8	40	82	5	377	25	22	22	30	1.99
771778--772430	80	8.1	80	81	5	672	25	22	22	29	1.99
771778--772430	120	5.4	119	84	5	677	25	22	22	29	1.99
771778--772414	20	31.6	20	69	11	154	25	21	22	29	1.99
774036--774116	26	3.1	26	96	0	153	19	17	22	40	1.91
779401--779431	15	2.1	15	100	0	62	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
780603--780633	14	2.2	14	94	0	53	48	0	9	41	1.36
787688--788324	32	19.9	32	73	4	422	17	19	24	38	1.93
787688--788322	64	9.9	64	76	3	506	17	19	25	38	1.93
787735--788322	96	6.1	96	77	4	470	16	20	25	37	1.93
790460--790505	21	2.2	21	84	3	67	32	17	10	39	1.84
791674--791718	2	22.5	2	100	0	90	0	48	0	51	1.00
792102--792130	2	14.5	2	100	0	58	0	51	0	48	1.00
794834--794909	25	3.1	25	94	3	136	43	13	7	35	1.73
795900--796275	166	2.3	164	89	3	556	26	20	17	35	1.94
807383--807443	30	2.0	30	100	0	122	44	9	9	36	1.71
809751--809787	2	18.5	2	94	0	65	48	0	51	0	1.00
810444--812462	17	119.9	17	68	17	763	42	17	8	32	1.79
810770--810828	21	3.0	21	80	9	63	49	8	11	30	1.69
810493--811076	180	3.2	179	87	4	786	42	15	8	33	1.78
810747--810815	21	3.2	21	81	4	75	46	10	8	34	1.69
811051--811996	23	41.1	23	92	0	1534	42	17	10	29	1.83
825141--825607	234	2.0	233	99	0	916	27	22	18	31	1.97
826986--827036	2	25.5	2	100	0	102	0	50	0	49	1.00
827919--827958	21	1.9	21	85	10	55	10	0	17	72	1.11
831336--831377	22	1.9	22	100	0	84	40	19	14	26	1.89
833421--833555	68	2.0	68	94	2	236	29	17	11	41	1.84
840690--840727	2	19.0	2	89	10	60	50	2	47	0	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
841485--841527	11	3.9	11	87	0	68	48	30	11	9	1.71
841486--841532	22	2.1	22	100	0	94	44	29	14	10	1.79
843170--843520	40	9.2	38	81	17	403	33	17	11	37	1.86
843170--843512	35	9.2	35	83	12	402	33	18	11	36	1.86
843170--843520	75	4.7	74	94	2	578	33	17	11	37	1.86
844016--844193	59	2.9	59	82	3	194	20	19	14	44	1.86
845694--845728	2	17.5	2	100	0	70	51	0	48	0	1.00
846463--846534	34	2.1	34	100	0	144	36	5	5	52	1.48
846764--846866	2	51.5	2	94	0	179	0	47	2	49	1.16
847937--847983	2	23.5	2	82	0	58	6	42	0	51	1.27

Tables:   1   2   3   4