oyster.v9_M.fa.s56.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.04

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold241
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  1040028

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 317 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
966--1096	65	2.0	65	98	0	253	32	29	16	22	1.95
1107--1154	25	1.9	25	91	0	78	50	14	0	35	1.44
2965--3086	61	2.0	60	98	1	235	40	24	6	27	1.80
11084--11150	21	3.2	20	70	4	62	40	25	16	17	1.90
13354--13401	2	24.0	2	95	0	78	45	0	50	4	1.21
15740--16071	180	1.8	179	87	3	488	30	13	17	38	1.89
18976--19115	55	2.6	55	93	4	243	20	20	32	26	1.97
20313--20411	21	4.7	21	73	0	81	40	14	24	21	1.90
21400--21441	21	2.0	21	95	0	75	40	9	26	23	1.85
26788--26827	19	2.1	19	90	0	62	22	2	37	37	1.68
35275--35902	337	1.9	334	91	2	1035	31	16	21	30	1.95
51022--51065	2	23.0	2	86	9	65	52	0	0	47	1.00
59206--59231	1	26.0	1	100	0	52	100	0	0	0	0.00
76018--76099	4	20.5	4	95	5	148	50	1	24	24	1.57
80532--80581	18	2.8	18	81	0	64	22	32	18	28	1.97
93602--93671	24	3.0	23	78	10	81	30	21	24	24	1.99
93656--93794	59	2.4	59	90	0	215	27	20	24	28	1.99
97053--97088	11	3.3	11	88	0	54	30	16	22	30	1.96
97043--97087	22	2.0	22	86	0	63	26	17	24	31	1.97
99113--99156	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
99458--99482	11	2.3	11	100	0	50	12	20	28	40	1.87
102539--102601	23	2.7	23	87	0	99	30	26	4	38	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102516--102612	37	2.6	35	79	12	106	28	25	4	41	1.74
103016--103479	230	2.0	227	91	2	750	34	14	17	33	1.90
104865--104897	10	3.0	11	91	8	50	42	9	3	45	1.51
111314--111343	3	10.0	3	100	0	60	33	0	33	33	1.58
114122--114580	115	4.0	113	89	4	681	42	15	13	28	1.84
133081--133114	14	2.5	14	95	4	61	67	5	5	20	1.33
135067--135452	195	2.0	194	93	0	664	37	13	10	38	1.79
135435--135482	2	23.5	2	91	4	78	47	0	0	50	1.01
142004--142113	58	1.9	57	96	3	204	32	16	20	30	1.94
143109--143157	16	3.1	16	81	0	62	34	22	38	4	1.73
144472--144500	5	5.8	5	100	0	58	0	0	17	82	0.66
155927--155959	12	2.9	12	91	8	52	57	15	0	27	1.38
160529--160566	2	19.0	2	100	0	76	0	0	50	50	1.00
160566--160596	2	15.5	2	100	0	62	48	0	51	0	1.00
160951--160981	2	15.5	2	93	0	53	0	51	0	48	1.00
178341--178625	26	10.9	26	80	9	276	31	12	23	32	1.92
178441--178655	26	7.6	31	81	7	128	31	12	22	34	1.91
178497--178656	26	6.0	26	83	7	212	30	12	24	32	1.92
179558--179595	20	1.9	20	94	0	67	15	18	28	36	1.92
181170--181248	21	3.7	21	76	6	70	26	6	32	34	1.82
181219--181287	19	3.6	20	76	9	81	27	7	31	33	1.84
181223--181307	38	2.2	38	83	12	102	27	7	31	34	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
182291--182321	2	15.5	2	93	0	53	45	0	3	51	1.17
187861--188359	250	2.0	249	99	0	980	24	20	20	34	1.97
190931--191002	35	2.1	35	89	0	108	27	19	18	34	1.95
193351--193389	12	3.2	12	96	0	69	51	30	15	2	1.57
195547--197082	28	54.4	28	88	2	2079	26	20	14	38	1.91
197803--197856	23	2.3	23	87	0	81	24	14	27	33	1.94
202493--202769	105	2.6	105	93	0	455	28	27	9	34	1.88
206511--207370	65	13.1	65	81	4	839	29	18	18	33	1.95
206517--207370	264	3.2	262	86	3	1098	29	18	18	33	1.95
206517--207370	199	4.3	196	81	5	848	29	18	18	33	1.95
207363--207619	65	3.8	66	84	3	293	30	17	18	33	1.95
207854--208107	36	7.1	36	81	8	311	25	18	22	33	1.96
209375--209418	23	1.9	23	95	0	79	47	18	20	13	1.82
210284--210428	51	2.7	54	80	12	183	37	4	17	41	1.68
210284--210477	104	1.8	105	84	6	268	37	5	16	41	1.71
210244--210438	53	3.7	52	75	12	168	36	3	15	43	1.65
210411--210561	51	2.9	53	75	12	143	39	8	12	39	1.74
210825--210861	2	18.5	2	100	0	74	48	0	51	0	1.00
213778--213812	3	11.7	3	100	0	70	34	0	31	34	1.58
213919--213955	3	12.3	3	94	0	65	32	2	32	32	1.72
216844--216876	17	1.9	17	100	0	66	24	21	24	30	1.99
222229--222537	166	1.8	164	83	9	401	28	13	17	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
224603--224674	23	3.1	23	89	0	108	48	6	8	36	1.60
226477--226597	4	30.2	4	91	3	199	25	22	0	52	1.48
227972--228792	166	5.0	166	83	6	1036	29	22	15	32	1.94
227972--228796	329	2.6	318	85	5	1081	28	22	15	33	1.94
230238--230299	4	15.8	4	86	3	81	32	25	41	0	1.56
231910--231966	10	5.3	11	78	16	57	52	3	7	36	1.46
231910--231971	32	1.9	32	93	0	106	51	4	6	37	1.49
231925--231966	22	1.9	22	90	0	66	52	2	7	38	1.42
231896--231975	15	5.5	15	71	14	51	48	5	7	38	1.53
231962--232010	15	3.3	15	80	11	64	51	14	4	30	1.61
232274--232312	15	2.6	15	83	0	51	48	10	5	35	1.59
232883--233260	180	2.1	180	97	0	720	37	21	11	29	1.88
244871--244921	19	2.7	19	84	0	66	29	31	13	25	1.94
247089--247634	146	3.7	145	86	5	763	30	21	18	30	1.97
247069--247605	298	1.8	298	88	2	837	29	21	18	30	1.97
248152--248306	43	3.6	42	85	3	193	42	17	12	27	1.86
248438--248589	44	3.4	45	88	3	236	45	20	7	26	1.78
249177--249246	22	3.2	22	79	0	86	25	31	15	27	1.96
253924--253954	15	2.1	15	100	0	62	25	6	12	54	1.62
259958--260007	2	25.0	2	95	0	91	48	2	50	0	1.12
261911--262182	15	19.7	15	72	13	167	24	16	20	38	1.92
261910--261961	26	2.0	27	92	3	88	25	19	21	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
261979--262182	27	7.5	27	80	8	121	24	16	20	39	1.92
261923--262182	137	1.9	137	84	3	353	24	16	20	38	1.92
262131--262186	12	4.4	12	82	12	67	25	12	21	41	1.88
263547--263579	15	2.3	15	94	5	59	48	12	6	33	1.65
279659--279769	5	22.4	5	77	7	66	61	22	11	4	1.48
281344--281397	5	10.8	5	79	0	63	5	14	22	57	1.58
281341--281397	20	2.9	20	97	0	105	5	14	22	57	1.56
291980--292207	21	10.8	21	85	0	276	36	30	14	18	1.91
291980--292207	42	5.4	42	92	2	332	36	30	14	18	1.91
292434--292468	18	1.9	18	94	0	61	42	2	14	40	1.60
292647--292702	2	28.5	2	96	3	105	51	0	48	0	1.00
302744--302835	21	4.4	21	88	1	141	8	7	21	61	1.50
302744--302835	42	2.2	41	98	1	159	8	7	21	61	1.50
312750--312784	17	2.1	16	89	5	52	25	17	37	20	1.94
340312--340373	20	3.1	20	86	9	83	45	22	9	22	1.81
341716--341776	24	2.5	24	91	0	104	39	32	18	9	1.83
343480--343540	21	2.9	22	85	7	90	42	22	8	26	1.81
350653--350690	19	2.0	19	94	0	67	52	28	0	18	1.45
353101--353127	14	1.9	14	100	0	54	33	7	0	59	1.25
355327--355375	2	24.5	2	100	0	98	48	0	51	0	1.00
366252--366453	66	3.1	66	91	1	298	48	13	20	17	1.80
366449--366507	18	3.5	17	88	11	86	66	0	22	11	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
366452--366507	6	9.3	6	78	0	58	66	0	23	10	1.23
366452--366507	15	3.9	15	75	13	64	66	0	23	10	1.23
366449--366501	9	5.9	9	93	0	88	66	0	22	11	1.24
395950--395997	21	2.3	21	85	0	60	18	20	27	33	1.96
395978--397461	42	35.2	41	86	7	947	18	13	28	40	1.88
396053--397461	21	66.9	21	73	15	626	17	13	28	40	1.87
395940--397546	84	19.1	85	83	7	1718	18	13	28	40	1.88
395940--397461	126	12.0	126	85	4	1715	18	13	28	40	1.88
400187--400248	22	2.8	22	80	4	63	32	17	20	29	1.96
422464--422506	19	2.4	17	84	7	50	0	0	25	74	0.82

Tables:   1   2   3