oyster.v9_M.fa.s8.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.04

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold86
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  1697160

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1356--1403	24	2.0	24	87	0	69	27	16	22	33	1.96
1579--1616	2	19.0	2	100	0	76	0	50	0	50	1.00
2353--2387	17	2.1	17	100	0	70	54	17	5	22	1.64
7864--7895	14	2.3	14	100	0	64	25	6	15	53	1.65
9715--10496	179	4.4	179	90	1	1193	29	21	23	25	1.99
9723--10496	359	2.2	357	89	2	1175	28	21	24	25	1.99
13814--14320	168	3.0	168	76	12	570	29	26	13	31	1.94
13618--14315	168	4.1	165	75	11	540	30	24	13	32	1.93
13620--14320	338	2.1	337	85	5	925	30	24	13	31	1.93
19064--19094	14	2.2	14	100	0	62	29	16	19	35	1.93
18897--19145	93	2.8	88	82	6	313	39	13	24	22	1.90
19078--19159	37	2.2	37	86	4	112	39	14	23	23	1.91
28065--28135	15	4.6	14	72	17	52	40	2	12	43	1.57
29151--29201	22	2.3	22	86	6	68	33	11	45	9	1.74
30161--30254	32	2.9	32	91	0	152	25	17	27	29	1.97
32497--32879	168	2.3	169	87	0	563	32	18	17	31	1.94
36152--37584	438	3.3	437	91	1	2302	34	15	18	30	1.93
39132--39623	180	2.7	179	93	0	813	35	17	14	31	1.90
39132--39623	179	2.7	180	93	0	815	35	17	14	31	1.90
40690--41116	170	2.6	163	81	10	533	37	15	17	29	1.91
41148--41178	16	1.9	16	100	0	62	45	29	25	0	1.54
41145--41185	20	2.0	20	90	0	64	39	34	26	0	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42088--42462	194	1.9	195	90	2	603	36	17	23	23	1.95
42546--42571	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
47944--48026	41	2.0	41	97	0	157	31	19	13	36	1.90
54263--54301	18	2.2	18	90	4	62	51	5	15	28	1.64
56335--56530	30	6.0	35	77	18	183	22	10	27	39	1.87
56432--56556	30	4.0	30	82	11	124	22	12	25	39	1.90
56330--56556	66	3.6	60	78	14	240	22	11	27	38	1.89
60680--61233	146	3.8	146	96	0	991	29	22	19	28	1.98
61247--61292	4	11.5	4	82	17	60	45	28	23	2	1.65
61245--61293	12	4.1	12	89	7	73	42	28	26	2	1.66
66818--66848	13	2.4	13	88	0	53	38	51	9	0	1.35
70213--70246	14	2.4	14	95	0	59	35	32	11	20	1.89
70499--70590	45	2.0	45	95	0	166	35	18	17	28	1.93
70754--70803	26	1.9	26	95	0	91	30	14	8	48	1.72
73595--73632	2	19.0	2	100	0	76	0	50	0	50	1.00
75002--75281	20	14.7	20	68	9	109	30	15	16	36	1.91
75029--75244	94	2.3	94	95	0	387	30	16	16	37	1.90
75226--75276	19	2.6	19	78	3	57	35	15	21	27	1.94
76555--76622	2	34.0	2	96	0	127	1	50	0	48	1.10
81020--81068	22	2.2	22	82	13	57	20	10	8	61	1.53
81830--81898	18	3.8	18	98	0	129	47	7	11	33	1.67
93942--94106	30	5.2	30	93	3	204	41	29	13	15	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93941--94106	35	5.0	35	89	7	226	42	28	13	15	1.85
94229--94496	37	7.1	37	93	3	430	42	26	13	16	1.86
94229--94496	113	2.4	113	91	6	443	42	26	13	16	1.86
95339--95501	55	3.0	53	87	7	211	27	26	19	26	1.99
112606--112642	2	18.5	2	100	0	74	51	0	48	0	1.00
116710--116766	9	6.7	9	76	11	57	15	38	0	45	1.47
116704--116766	15	4.6	14	79	15	60	15	38	0	46	1.47
116704--116763	18	3.3	18	78	2	66	15	38	0	46	1.45
122568--122676	17	7.3	17	60	28	59	40	11	11	37	1.76
122562--122678	29	4.0	29	100	0	234	41	10	10	38	1.73
140791--141189	32	12.5	32	81	7	452	35	21	14	28	1.93
140931--140985	25	2.2	25	90	0	83	40	21	16	21	1.91
143854--143976	38	3.4	37	82	6	153	36	17	13	32	1.88
153994--154022	13	2.2	13	100	0	58	93	6	0	0	0.36
158192--158230	2	20.0	2	94	5	71	0	51	0	48	1.00
159785--159973	38	4.6	39	77	16	193	41	11	13	33	1.81
167077--167114	20	1.9	19	89	5	58	15	10	26	47	1.78
167161--167194	18	1.9	17	88	5	50	32	8	14	44	1.76
167210--167258	25	1.9	26	83	4	64	22	12	18	46	1.82
167235--167335	20	5.2	20	71	7	64	17	8	24	48	1.76
167251--167322	37	1.9	37	83	5	92	16	8	27	47	1.75
167408--167831	20	20.9	20	72	10	200	22	13	19	45	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
167412--167587	42	4.3	40	75	14	157	23	11	18	47	1.80
167517--167649	61	2.2	62	89	4	198	25	10	17	46	1.80
167600--167747	40	3.7	40	95	0	260	16	13	22	47	1.81
167863--167940	33	2.3	33	95	2	138	25	10	23	41	1.86
168122--168448	68	4.7	68	79	9	308	24	9	23	42	1.83
168122--168448	36	9.4	36	81	7	370	24	9	23	42	1.83
169935--170099	55	3.0	55	96	0	294	12	20	30	36	1.89
170221--170323	50	2.0	52	88	3	156	49	4	20	25	1.68
174397--174793	200	2.0	200	100	0	794	32	19	13	34	1.90
189297--189686	17	23.0	17	85	0	512	36	30	6	26	1.82
190112--190431	49	6.6	48	83	5	385	16	20	20	41	1.90
213214--213471	127	2.0	127	97	2	493	39	13	15	31	1.85
213356--213661	155	2.0	155	100	0	612	36	15	14	33	1.87
218477--218510	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
221816--221854	12	3.2	12	81	0	51	33	25	41	0	1.56
226478--226523	15	3.1	15	100	0	92	45	6	6	41	1.56
233359--233446	2	45.5	2	93	6	155	0	50	0	50	1.00
236663--237621	166	5.8	166	89	1	1386	38	14	16	29	1.89
237652--237690	4	9.8	4	94	0	51	41	25	33	0	1.56
243773--243981	101	2.1	100	91	0	337	39	12	12	35	1.81
245395--245422	14	2.0	14	100	0	56	64	7	21	7	1.43
245487--245531	2	22.5	2	100	0	90	51	48	0	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
248270--248300	2	15.5	2	93	0	53	0	51	0	48	1.00
248122--248479	179	2.0	178	98	0	698	38	20	6	34	1.78
248449--248496	2	25.0	2	91	8	82	0	50	0	50	1.00
255791--255865	28	2.7	28	85	0	87	41	13	18	26	1.87
256798--256827	13	2.3	13	94	0	51	0	0	13	86	0.57
257128--257236	28	3.9	28	79	7	96	49	13	19	17	1.79
257491--257557	28	2.4	28	80	5	82	43	8	25	22	1.82
257576--257629	28	1.9	28	84	0	72	50	9	16	24	1.74
257739--258037	84	3.6	83	88	3	413	47	16	14	22	1.82
257739--258049	81	3.8	80	83	7	331	46	16	14	21	1.83
258092--258201	31	3.5	31	86	0	139	40	8	24	26	1.83
259885--259912	13	2.2	13	100	0	56	39	17	28	14	1.89
260275--260345	7	11.2	6	82	14	81	16	32	15	35	1.91
260276--260345	13	5.5	13	81	10	90	17	32	15	34	1.91
262305--262413	8	13.6	8	82	0	110	27	38	32	1	1.67
262310--262413	16	6.5	16	90	0	145	27	39	30	1	1.68
264283--264411	67	1.9	67	88	3	197	29	16	17	36	1.92
264351--265402	166	6.4	164	85	6	1272	25	23	16	34	1.95
264351--265365	497	2.0	495	87	5	1442	25	24	16	33	1.95
264351--265365	331	3.1	326	85	5	1355	25	24	16	33	1.95
265561--265591	12	2.6	12	94	0	53	45	22	29	3	1.68
278337--278366	10	3.0	10	100	0	60	40	0	20	40	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
281086--282058	166	5.9	165	90	1	1455	35	15	22	27	1.94
281086--282058	331	2.9	331	90	1	1518	35	15	22	27	1.94
281143--282058	497	1.8	498	92	1	1543	35	14	23	26	1.94
281902--282264	150	2.5	141	73	11	327	35	15	20	28	1.93
285667--285738	33	2.2	33	94	0	126	30	13	11	44	1.79
311709--311985	139	2.0	138	99	0	536	26	17	22	33	1.96
312769--312836	20	3.4	20	91	0	109	42	11	5	39	1.66
316447--316487	20	2.0	20	95	0	73	34	12	14	39	1.84
319833--319862	2	15.0	2	92	0	51	53	0	46	0	1.00
320691--320730	16	2.7	15	88	7	55	25	30	10	35	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6