oyster.v9_M.fa.s8.2.7.7.80.10.50.500.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.04

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold86
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  1697160

Tables:   1   2   3   4   5   6   

This is table  3  of  6  ( 603 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
691320--691368	23	2.2	23	85	3	64	36	14	2	46	1.56
691973--692002	15	2.0	15	100	0	60	26	26	6	40	1.81
702547--702586	12	3.3	12	85	0	53	35	25	40	0	1.56
702547--702595	16	3.1	16	93	0	80	32	24	40	2	1.67
702556--702595	4	10.0	4	88	0	53	30	25	42	2	1.68
707075--707860	43	18.4	43	76	10	587	34	14	15	35	1.88
707647--707860	115	1.8	119	85	7	310	35	16	14	33	1.90
712600--712634	17	2.1	17	94	0	61	37	22	28	11	1.89
725020--725147	39	3.3	38	91	5	195	25	10	21	42	1.85
731540--731657	58	2.0	58	91	0	191	33	12	11	42	1.78
732815--732847	11	3.0	11	90	0	57	48	15	9	27	1.74
732815--732854	22	1.9	20	90	10	62	50	12	10	27	1.72
733620--733651	16	2.0	16	100	0	64	25	18	12	43	1.85
744561--744586	10	2.6	10	100	0	52	50	0	7	42	1.31
751436--751468	17	1.9	17	88	11	50	48	3	0	48	1.17
753771--753837	4	16.8	4	93	0	116	22	0	0	77	0.77
754420--754469	2	25.0	2	100	0	100	0	50	0	50	1.00
760998--761167	4	42.8	4	94	3	227	43	5	25	25	1.77
762217--762268	2	26.0	2	100	0	104	0	50	0	50	1.00
773971--773995	11	2.3	11	100	0	50	0	8	0	92	0.40
774850--774902	2	26.5	2	92	0	52	43	0	0	45	1.04
778772--778821	2	25.0	2	100	0	100	50	0	50	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
787792--787917	5	25.4	5	78	10	134	56	23	15	4	1.58
796843--797272	88	4.9	88	94	0	745	31	20	18	29	1.96
796843--797272	175	2.4	176	93	0	745	31	20	18	29	1.96
799559--799611	26	2.0	26	100	0	106	32	22	11	33	1.90
799607--799733	63	2.0	63	98	0	245	34	16	20	28	1.94
799670--799846	89	2.0	88	98	1	345	32	19	19	28	1.96
800597--800621	12	2.1	12	100	0	50	20	32	8	40	1.81
801175--801223	22	2.2	22	92	0	80	26	18	44	10	1.81
801197--801270	30	2.5	29	86	6	87	32	17	43	6	1.75
801183--801238	22	2.5	22	85	5	69	30	17	42	8	1.80
801173--801297	8	17.1	7	72	21	80	30	16	43	9	1.80
801227--801296	22	3.2	22	87	4	106	32	17	41	8	1.79
801235--801297	21	3.0	21	88	4	90	31	17	42	7	1.78
801235--801303	22	3.2	22	82	10	79	33	17	42	7	1.77
801312--801373	22	2.8	21	83	9	70	12	43	14	29	1.83
823311--823342	15	2.1	15	100	0	64	65	6	6	21	1.38
827957--827981	7	3.6	7	100	0	50	88	0	0	12	0.53
832970--832994	7	3.6	7	100	0	50	88	0	0	12	0.53
836217--836270	18	3.1	17	71	7	54	27	24	29	18	1.98
836215--836308	29	2.8	35	74	22	103	29	23	29	17	1.97
836318--836349	5	6.4	5	92	0	55	18	37	40	3	1.67
843488--843522	17	2.1	17	100	0	70	54	17	5	22	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
843572--843606	17	2.1	17	100	0	70	54	17	5	22	1.64
845517--845559	8	5.5	8	88	5	70	34	25	39	0	1.56
845509--845559	16	3.5	15	87	12	72	35	25	39	0	1.56
845509--845558	4	12.8	4	82	4	57	34	26	40	0	1.56
845506--845551	12	3.8	12	91	0	74	36	26	36	0	1.57
856014--856124	31	3.5	31	71	11	98	44	14	12	28	1.82
857457--857497	21	2.0	21	85	0	55	78	2	7	12	1.06
857532--857774	62	3.9	62	98	0	477	50	16	20	12	1.78
864876--864919	18	2.5	17	85	10	61	22	11	38	27	1.88
865092--865136	3	15.0	3	85	0	63	31	2	33	33	1.70
866123--866190	20	3.4	20	84	8	93	51	10	2	35	1.51
866316--866363	15	3.1	15	81	3	51	50	4	2	43	1.33
866325--866367	15	2.9	15	89	3	61	48	4	0	46	1.22
866397--866547	50	3.1	49	73	7	162	45	10	6	37	1.65
866634--866672	20	1.9	20	94	0	69	43	10	2	43	1.52
866768--866816	20	2.5	20	82	0	53	44	16	6	32	1.72
867522--867563	19	2.2	19	86	0	57	40	33	4	21	1.74
867530--867569	19	2.1	19	90	0	62	37	37	2	22	1.68
867189--867604	175	2.4	174	84	5	516	33	26	16	24	1.96
874280--874340	31	2.0	31	93	0	104	40	13	29	16	1.86
876158--876349	61	3.2	60	82	2	251	29	12	22	34	1.91
878823--882223	141	24.1	141	93	0	4945	30	19	11	37	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
879110--879228	21	5.2	21	64	28	55	30	21	10	37	1.87
878823--882223	188	18.1	188	93	0	4990	30	19	11	37	1.88
878823--882218	329	10.3	329	95	0	5810	30	19	11	37	1.88
879674--879745	21	3.2	21	64	35	51	30	23	8	37	1.84
879815--879933	21	5.2	21	64	28	55	30	21	10	37	1.87
880003--880074	21	3.2	21	67	24	56	29	22	11	37	1.88
880144--880215	21	3.2	21	67	24	56	29	22	11	37	1.88
880614--880732	21	5.2	21	64	28	55	30	21	10	37	1.87
880943--881061	21	5.2	21	64	28	55	30	21	10	37	1.87
881131--881202	21	3.2	21	67	24	56	29	22	11	37	1.88
881742--881860	21	5.2	21	64	28	55	30	21	10	37	1.87
884772--885479	71	10.2	71	77	9	679	30	28	13	27	1.94
884823--885479	135	4.8	135	78	7	635	29	28	13	27	1.94
885177--885296	64	1.9	64	87	0	177	30	32	10	26	1.90
884784--885479	282	2.5	276	85	5	883	30	28	13	27	1.95
884772--885374	206	2.9	210	79	7	525	31	28	13	27	1.94
889779--889857	22	3.6	22	91	1	124	39	18	20	21	1.93
889779--890381	44	13.8	44	80	9	602	38	17	21	22	1.93
889843--889871	14	2.1	14	100	0	58	44	27	13	13	1.82
889821--889893	36	2.0	36	89	5	112	43	20	16	19	1.88
889857--890381	22	23.5	22	78	11	536	38	17	21	22	1.93
889779--889937	80	2.0	79	91	1	255	39	19	20	20	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
889975--890080	28	4.1	27	78	19	118	31	16	27	24	1.97
889791--890378	154	3.8	153	84	10	738	39	17	21	22	1.92
894730--894853	42	3.0	42	100	0	248	27	7	12	53	1.64
897030--897128	30	3.1	30	80	18	126	21	16	35	27	1.94
897057--897194	37	3.7	37	92	0	231	19	15	34	29	1.93
897110--897287	93	1.9	92	91	0	284	19	15	33	30	1.93
897203--897700	37	13.7	37	87	8	718	18	16	35	29	1.93
897073--897324	130	1.9	129	93	0	423	19	15	34	30	1.93
897057--897361	167	1.8	166	95	0	547	18	15	35	29	1.92
897247--897646	219	1.8	222	93	2	698	18	16	36	29	1.92
899347--899483	72	2.0	67	92	7	229	34	19	17	28	1.95
908818--908853	18	2.0	18	94	0	63	22	25	16	36	1.94
912130--912504	76	4.9	76	96	0	687	25	19	23	31	1.98
916203--916263	20	3.0	20	90	4	88	32	21	4	40	1.74
918736--918780	2	22.5	2	100	0	90	51	0	48	0	1.00
920906--921021	34	3.4	34	80	11	139	38	16	13	31	1.88
921271--921536	34	7.8	34	92	2	383	38	16	13	31	1.87
921698--921735	17	2.2	17	95	0	67	42	18	15	23	1.89
923295--923420	66	1.9	64	82	3	153	31	34	6	27	1.82
924316--926105	20	90.5	20	88	1	2466	24	22	20	33	1.97
935773--936125	180	2.0	180	88	1	528	39	15	12	31	1.85
936210--936774	180	3.1	180	93	1	927	36	17	14	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
939027--939066	21	1.9	21	90	10	64	45	20	5	30	1.72
939311--939353	20	2.1	21	91	4	70	25	9	37	27	1.87
944476--944957	31	15.6	31	83	4	528	35	26	13	24	1.93
944482--944957	123	3.9	124	82	4	536	36	26	13	24	1.92
945283--945369	28	2.9	31	75	16	92	35	29	11	22	1.90
945289--945380	31	3.1	31	81	4	100	34	29	13	22	1.92
947855--947922	21	3.2	21	91	0	109	14	17	25	42	1.87
951627--951669	22	1.9	22	85	4	59	41	6	18	32	1.77
956462--956557	39	2.5	39	89	0	138	36	29	10	23	1.88
956500--956630	39	3.3	39	80	10	138	38	24	8	28	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6