Last login: Mon Nov 19 12:44:31 on ttys001 robertsmac:perlpipelinefiles sr320$ perl /Volumes/Bay3/Software/Rad_perl_pipeline/perlpipelinefiles/HashSeqs.pl Died at /Volumes/Bay3/Software/Rad_perl_pipeline/perlpipelinefiles/HashSeqs.pl line 6. robertsmac:perlpipelinefiles sr320$ perl /Volumes/Bay3/Software/Rad_perl_pipeline/perlpipelinefiles/HashSeqs.pl /Volumes/Bay3/Software/Rad_perl_pipeline/data/EM2Atrimmed.txt >;1;18509 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA >;2;10221 GAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCACTCCTGGCACGGGG >;3;8861 GGGGGGGAATCAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCATGAGAAACGGCTACCACATCCAAG >;4;7751 ATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCACTCCTGG >;5;6724 GGGGGGTAACGGGGAATCAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCATGAGAAACGGCTACCAC >;6;3375 GGGGGGAATCAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCATGAGAAACGGCTACCACATCCAAGG >;7;3280 ATCCGCCGGAGTTGCTTCAATGACTCGGCGAGCAGCCCCCC >;8;3039 GGGGGTTCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTTCTGACCATAAACGATGCCAACTAGCA >;9;3012 AAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCACTCCTGGCACGGGGA >;10;3004 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>;369;82 GGGGCCTACCATGGTTGTAACGGGTAACGGGGAATCAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGC >;370;82 GGCGCGCAAATTACCCACTCCTGGCACGGGGAGGTAGTGAT >;371;82 GGGCATGTACGAAAGGACCGTTGAGACTGGAAAGAGTAAATCCAGAAAAAAATTGCAGAA >;372;82 TAAAAAAAAAAAAAAAAAAA >;373;81 CGAAAAAAAAAAAAAAAAAA >;374;81 GGAAAGAGTAAATCCAGAAAAAAATTGCAGAATGATAATTT >;375;80 GGGTTCCGGGGGGAGTATGGTTGCAAAAAAAAAAAAAAAAA >;376;80 GGGTTAAAAGAATAATTTCTAAAAAATGAGGCTTAGCAAATCGTTCACCTGTCTAAGATA >;377;80 GGGGGAGCATAAGTTTTTAATGATGACGCGAAGGAAATCACAACTCAAGTGGGTAGATCT >;378;80 GGGGTGTTCAAAGCAGGCGCTTCGCCTGTACAATGGTGCATGGAATAATGGAATAGGACC >;379;79 GGGTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA >;380;79 GGGAATGACTCGGCGAGCAGCCCCCCGGGAAACCAAAGTCTTTGGGTTCCGGGGGGAGTA >;381;79 CCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCACTC >;382;79 GCAGCCCCCCGGGAAACCAAAGTCTTTGGGTTCCGGGGGGA >;383;79 GGGTGAATCAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCATGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGA >;384;79 GGCGCGCAAATTACCCACTCCTGGCACGGGGAGGTAG >;385;79 GGGAAAGTCAGAGGTTCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTTCTGACCATAAACGATGC >;386;78 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>;1112;24 ATGGCGACCATCCAAAGGATAAACATCATAGGCAGTCGGGAGGGTAGTCGGAACCGAAGA >;1113;24 AGAAACCAACAGCCATATAACTGGTAGCTTTAAGCGGCTCACCTTTAGCATCAACAGGCC >;1114;24 GAAGGCAGCGGGCGCGCAAATTACCCACTCCTGGCACGGGG >;1115;24 GGGGGGAAACCAAAGTCTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTTGCGAAAAAAAAAAAAAAA >;1116;24 GGGGAGCATTAGAAACATTATTTTAGATTTTGTCTGGTAAGATGAAAGCATTGTTTTTAA >;1117;24 AGTTGCTTCGGGTGGCCGAAACTTTTACTTTGAAAAAAAAA >;1118;24 ATCAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCATGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAG >;1119;24 ATTCAGCGAAACCAATCCGCGGCATTTAGTAGCGGTAAAGTTAGACCAAACCATGAAACC >;1120;24 CGGGGGGAGTATGGTTGAAAAAAAAAAAAAAAAAA >;1121;24 GGGCTATCTGCTTTACATAAACTTATCTCGGCATGTACGAAAGGACCGTTGAGACTGGAA >;1122;24 TCTCTTTAATAACCTGATTCAGCGAAACCAATCCGCGGCATTTAGTAGCGGTAAAGTTAG >;1123;24 AAATAACCCTGAAACAAATGCTTAGGGATTTTATTGGTATCAGGGTTAATCGTGCCAAGA >;1124;24 CGAAACCAATCCGCGGCATTTAGTAGCGGTAAAGTTAGACCAAACCATGAAACCAACATA >;1125;24 TCGGCATCAAAAGCAATATCAGCACCAACAGAAACAACCTG >;1126;24 ACGGGGAGGTAGTGACGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA >;1127;24 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>;1194;23 AGGGTCGGCATCAAAAGCAATATCAGCACCAACAGAAACAA >;1195;23 GGCGCGCAAATTACCCACTCCTGGCACGGG >;1196;23 AAAAAAATTAGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTC >;1197;23 AGTCGGAACCGAAGAAGACTCAAAGCGAACCAAACAGGCAA >;1198;23 ACCTGATTCAGCGAAACCAATCCGCGGCATTTAGTAGCGGTAAAGTTAGACCAAACCATG >;1199;23 TGGGGGTAACGGGGAATCAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCATGAGAAACGGCTACCAC >;1200;23 GGGGGGTAACGGGGAATCAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCATGAGAAACGGTTACCAC >;1201;23 ACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAT >;1202;23 GGGCGGGAAACCAAAGTCTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTTGCAAAAAAAAAAAAAAA >;1203;23 AATAACCTGATTCAGCGAAACCAATCCGCGGCATTTAGTAG >;1204;23 GGGGGCATTCGTATGGCGGGGTTAGAGGTGAAATTCTTGGATCCTCGCCAGACGGCCTAC >;1205;23 AAAGGACGGTTGTCAGCGTCATAAGAGGTTTTACCTCCAAA >;1206;23 CGTGTAGCGAACTGCGATGGGCATACTGTAACCATAAGGCC >;1207;23 ATCCGCCGGAGTTGCTTCAATGACTCGGCGAGCAGCC >;1208;23 GGGGGGCTTAGTTTGATAGTAGGTATCTTACGTAATTCTGACTCTGGAGTGTACTCTTTG >;1209;23 AGAAAAAAATTGCAGAATGATAATTTAATGCGTTAATAAAT >;1210;23 GGGGGGGGATCAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCATGAGAAACGGCTACCACATCCAAG >;1211;23 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>;1669;19 AGGTAATGAAAAAAAAAAAAAAAAAAA >;1670;19 ATCAGCGTGACATTCAGAAGGGTAATAAGAACGAACCATAA >;1671;19 GGCATGTACGAAAGGACCGTTGAGACTGGAAAGAGTAAATC >;1672;19 CACCATCATGGCGACCATCCAAAGGATAAACATCATAGGCAGTCGGGAGGGTAGTCGGAA >;1673;19 ACAGAATGTTTATAGGTCTGTTGAACACGACCAGAAAACTG >;1674;19 GAAACCAAAGTCTTTGGGTTCCGGGGGGAG >;1675;19 GCTCAGGAACAAAGAAACGCGGCACAGAATGTTTATAGGTCTGTTGAACACGACCAGAAA >;1676;19 AACTGGACAATCAGAAAGAGATTGCCGAGATGCAAAATGAGACTCAAAAAGAGATTGCTG >;1677;19 AACATTATTGCCCGGCGTACGGGGAAGGACGTCAATAGTCA >;1678;19 AGACCAAACCATGAAACCAACATAAACATTATTGCCCGGCG >;1679;19 GGGTGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA >;1680;19 TGGGGGAATCAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCATGAGAAACGGCTACCACATCCAAGG >;1681;19 GCATCAACAGGCCACAACCAACCAGAACGTGAAAAAGCGTC >;1682;19 GTATCAGGGTTAATCGTGCCAAGAAAAGCGGCATGGTCAAT >;1683;19 CCTAGTTTTGTTTCTGGTGCTATGGCTAAAGCTGGTAAAGGACTTCTTGAAGGTACGTTG >;1684;19 GGGAAGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA >;1685;19 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>;2106;17 TGAGAATCAAAAAGAGCTTACTAAAATGCAACTGGACAATC >;2107;17 TCATCAGGGTTAGGAACATTAGAGCCTTGAATGGCAGATTTAATACCAGCATCACCCATG >;2108;17 GAGAGGGAGCATGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGC >;2109;17 GGGTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCGCTTCGCCTGTACAATGGTGCATG >;2110;17 CAACAGGCCACAACCAACCAGAACGTGAAAAAGCGTCCTGC >;2111;17 CCAGCAATATCGGTATAAGTCAAAGCACCTTTAGCGTTAAG >;2112;17 TATTCTTTGATTGATTATTATGCTGGGATTAGTAATAACAC >;2113;17 GCGTACGGGGAAGGACGTCAATAGTCACACAGTCCTTGACGGTATAATAACCACCATCAT >;2114;17 GTCACTGCCTGTCCTGACCCAACCTCTCGGTTGTAAACCCT >;2115;17 GGGAAATCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA >;2116;17 TAGAAACCAACAGCCATATAACTGGTAGCTTTAAGCGGCTCACCTTTAGCATCAACAGGC >;2117;17 ATCGGTATAAGTCAAAGCACCTTTAGCGTTAAGGTACTGAATCTCTTTAGTCGCAGTAGG >;2118;17 GAGGTAGTGACAAAAAAAAAAAAAAAAAA >;2119;17 CTGGCACGGGGAGGTAGTGACAAAAAAAAAAAAAAAAAAT >;2120;17 TTAATCCACTGTTCACCATAAACGTGACGATGAGGGACATA >;2121;17 TCATAAGAGGTTTTACCTCCAAATGAAGAAATAACATCATG >;2122;17 ATAACCACCATCATGGCGACCATCCAAAGGATAAACATCAT >;2123;17 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>;3111;14 TAACGCTGCATGAAGTAATCACGTTCTTGGTCAGTATGCAA >;3112;14 GAAAAAGCGTCCTGCGTGTAGCGAACTGCGATGGGCATACT >;3113;14 ATTGCTGGCGGTATTGCTTCTGCTCTTGCTGGTGGCGCCATGTCTAAATTGTTTGGAGGC >;3114;14 TTAACACCATCCTTCATGAACTTAATCCACTGTTCACCATAAACGTGACGATGAGGGACA >;3115;14 TAAAGTGCACCGCATGGAAATGAAGACGGCCATTAGCTGTA >;3116;14 CTGAAAAAAAAAAAAAAAAAA >;3117;14 TTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA >;3118;14 TCCAAATGAAGAAATAACATCATGGTAACGCTGCATGAAGT >;3119;14 CAGAACGTGAAAAAGCGTCCTGCGTGTAGCGAACTGCGATGGGCATACTGTAACCATAAG >;3120;14 GGGGGTGAAATTCTTGGATCCTCGCCAGACGGCCTACAGCGAAAGCATTTGCCAAGCATG >;3121;14 AAAATGCTCACAATGACAAATCTGTCCACGGAGTGCTTAAT >;3122;14 ATCAGCACCAACAGAAACAACCTGATTAGCGGCGTTGACAGATGTATCCATCTGAATGCA >;3123;14 GGCACGGGGAGGTAGTGACGAAAAAAAAAAAAAAAAAA >;3124;14 GCCGTCCCTAGTTTTGTTTCTGGTGCTATGGCTAAAGCTGG >;3125;14 AGCAATATCAGCACCAACAGAAACAACCTGATTAGCGGCGT >;3126;14 AATTAGATCGGAA >;3127;14 GGGTAGTCGGGTTGTTTGAGAATGCAGCCCAAAGTGGGTGGTAAACTCCATCTAAGGCTA >;3128;14 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>;3192;14 AGGTGAGCCGCTTAAAGCTACCAGTTATATGGCTGTTGGTTTCTATGTGGCTAAATACGT >;3193;14 GGGGGAACAGCTCAAATTTGAAATCTGCGTCGCCTGCGACGCCGAATTGTAGTTTCTAGA >;3194;14 GCCCTGCATACGAAAAGACAGAATCTCTTCCAAGAGCTTGATGCGGTTATCCATCTGCTT >;3195;14 GGGTAGCAGCCCCCCGGGAAACCAAAGTCTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTTGCAAAA >;3196;14 TTACAGTATGCCCATCGCAGTTCGCTACACGCAGGACGCTTTTTCACGTTCTGGTTGGTT >;3197;14 ACATAAATCACCTCACTTAAGTGGCTGGAGACAAATAATCTCTTTAATAACCTGATTCAG >;3198;13 TAAAGAATGGAACAACTCACTAAAAACCAAGCTGTCGCTACTTCCCAAGAAGCTGTTCAG >;3199;13 CGGTATAAGTCAAAGCACCTTTAGCGTTAAGGTACTGAATCTCTTTAGTCGCAGTAGGCG >;3200;13 AGAAAAGCGGCATGGTCAATATAACCAGTAGTGTTAACAGT >;3201;13 ACAAATAATCTCTTTAATAACCTGATTCAGCGAAACCAATCCGCGGCATTTAGTAGCGGT >;3202;13 GCAATATCGGTATAAGTCAAAGCACCTTTAGCGTTAAGGTA >;3203;13 GTCCAGCGTACCATAAACGCAAGCCTCAACGCAGCGACGAGCACGAGAGCGGTCAGTAGC >;3204;13 CTGCCGCTGATAAAGGAAAGGATACTCGTGATTATCTTGCT >;3205;13 ATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACTCACTCCTGG >;3206;13 AACTTATCAGAAACGGCAGAAGTGCCAGCCTGCAACGTACCTTCAAGAAGTCCTTTACCA >;3207;13 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>;3238;13 AGCTTACTAAAATGCAACTGGACAATCAGAAAGAGATTGCC >;3239;13 TCCACGGCGCTTTAAAATAGTTGTTATAGATATTCAAATAA >;3240;13 AACAAAAAAAAAAAAAAAAAAA >;3241;13 CGTTGAGGCTTGCGTTTATGGTACGCTGGACTTTGTAGGATACCCTCGCTTTCCTGCTCC >;3242;13 GGGGGATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA >;3243;13 TTTGGCGAGAAAGCTCAGTCTCAGGAGGAAGCGGAGCAGTCCAAATGTTTTTGAGATGGC >;3244;13 GTAGAAGTCGTCATTTGGCGAGAAAGCTCAGTCTCAGGAGG >;3245;13 TCACCTTTAGCATCAACAGGCCACAACCAACCAGAACGTGAAAAAGCGTCCTGCGTGTAG >;3246;13 AGGTAAAAAAAAAAAAAAAAAA >;3247;13 GGGGAGTAAATCCAGAAAAAAATTGCAGAATGATAATTTAATGCGTTAATAAATTTCAAA >;3248;13 AGCTACCAGTTATATGGCTGTTGGTTTCTATGTGGCTAAATACGTTAACAAAAAGTCAGA >;3249;13 TATAAGTCAAAGCACCTTTAGCGTTAAGGTACTGAATCTCTTTAGTCGCAGTAGGCGGAA >;3250;13 AAATCTGTCCACGGAGTGCTTAATCCAACTTACCAAGCTGGGTTACGACGCGACGCCGTT >;3251;13 CTGCATACGAAAAGACAGAATCTCTTCCAAGAGCTTGATGCGGTTATCCATCTGCTTATG >;3252;13 GGGGTAGAGGGAGCATGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAAT >;3253;13 TGTTATAGATATTCAAATAACCCTGAAACAAATGCTTAGGG >;3254;13 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>;3272;13 GGTTATCCATCTGCTTATGGAAGCCAAGCATTGGGGATTGAGAAAGAGTAGAAATGCCAC >;3273;13 ACCAACAGCCATATAACTGGTAGCTTTAAGCGGCTCACCTTTAGCATCAACAGGCCACAA >;3274;13 AAACAGGCAAAAAATTTAGGGTCGGCATCAAAAGCAATATCAGCACCAACAGAAACAACC >;3275;13 ATTTAATACCAGCATCACCCATGCCTACAGTATTGTTATCG >;3276;13 GCCCTGCATACGAAAAGACAGAATCTCTTCCAAGAGCTTGA >;3277;13 AATCTGTCCACGGAGTGCTTAATCCAACTTACCAAGCTGGG >;3278;13 TTACCCACTCCTGGCACGGGGAGGTAGTGATAAAAAAAAAA >;3279;13 AAAGACAGAATCTCTTCCAAGAGCTTGATGCGGTTATCCATCTGCTTATGGAAGCCAAGC >;3280;13 GTGCCATGCTCAGGAACAAAGAAACGCGGCACAGAATGTTT >;3281;13 ACATCACCTTGAATGCCACCGGAGGCGGCTTTTTGACCGCCTCCAAACAATTTAGACATG >;3282;13 GGGGAAAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA >;3283;13 TGAAAAAGCGTCCTGCGTGTAGCGAACTGCGATGGGCATAC >;3284;13 CGTGACATTCAGAAGGGTAATAAGAACGAACCATAAAAAAGCCTCCAAGATTTGGAGGCA >;3285;13 GTATAATAACCACCATCATGGCGACCATCCAAAGGATAAACATCATAGGCAGTCGGGAGG >;3286;13 CATAGGCAGTCGGGAGGGTAGTCGGAACCGAAGAAGACTCAAAGCGAACCAAACAGGCAA >;3287;13 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>;3781;12 GAATCAAAAAGAGCTTACTAAAATGCAACTGGACAATCAGAAAGAGATTGCCGAGATGCA >;3782;12 ACTTCTGCCGTTTCTGATAAGTTGCTTGATTTGGTTGGACTTGGTGGCAAGTCTGCCGCT >;3783;12 CAACAGCAGGTTTCCGAGATTATGCGCCAAATGCTTACTCA >;3784;12 TATAAGTCAAAGCACCTTTAGCGTTAAGGTACTGAATCTCT >;3785;12 GTCCGGTTAAAGCCGCTGAATTGTTCGCGTTTACCTTGCGTGTACGCGCAGGAAACACTG >;3786;12 CCTCAATAGCAGGTTTAAGAGCCTCGATACGCTCAAAGTCAAAATAATCAGCGTGACATT >;3787;12 TAGCTTGCAAAATACGTGGCCTTATGGTTACAGTATGCCCATCGCAGTTCGCTACACGCA >;3788;12 CTTTAGTCGCAGTAGGCGGAAAACGAACAAGCGCAAGAGTA >;3789;12 AGCCGCAACTTCGGGATGAAAATGCTCACAATGACAAATCT >;3790;12 GAAAAAAAAAAAAAAAA >;3791;12 AAGCGTCCTGCGTGTAGCGAACTGCGATGGGCATACTGTAA >;3792;12 CGGCATCAAAAGCAATATCAGCACCAACAGAAACAACCTGATTAGCGGCGTTGACAGATG >;3793;12 GGGGTTTCGATTCCGGAGAGGGAGCATGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCA >;3794;12 ACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA >;3795;12 TACTAAATGCCGCGGATTGGTTTCGCTGAATCAGGTTATTAAAGAGATTATTTGTCTCCA >;3796;12 GCAATCGCCGCCAGTTAAATAGCTTGCAAAATACGTGGCCTTATGGTTACAGTATGCCCA >;3797;12 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