oyster.v9_M.fa.s15.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.04

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold591
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  1432801

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8526--8556	16	2.0	16	93	6	55	0	9	0	90	0.46
11662--11708	14	2.9	16	81	12	53	51	0	2	46	1.13
25416--25458	21	2.0	21	90	0	68	34	23	11	30	1.90
28584--28610	12	2.2	12	100	0	54	40	14	7	37	1.74
33050--33090	20	2.0	21	86	9	59	46	12	7	34	1.69
45050--45078	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
45606--45651	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
52869--52903	18	1.9	18	88	0	52	77	17	5	0	0.96
54588--54646	3	19.7	3	100	0	118	0	33	0	66	0.92
71597--71757	81	2.0	80	97	1	304	24	13	19	42	1.87
72352--72403	23	2.3	23	86	0	68	36	26	11	25	1.90
72540--72993	178	2.6	177	90	2	698	39	12	18	29	1.88
73117--73149	14	2.4	14	94	0	57	30	24	24	21	1.99
73203--73235	14	2.4	14	100	0	66	27	21	24	27	1.99
73077--73243	88	1.9	88	93	0	289	23	22	19	35	1.96
74142--74182	2	20.5	2	100	0	82	51	0	48	0	1.00
83515--84060	181	3.0	180	92	1	918	29	15	18	36	1.91
85614--85672	4	14.8	4	78	7	66	25	5	1	67	1.20
87600--87673	2	37.0	2	94	0	121	0	45	0	54	1.00
95824--95893	21	3.3	21	77	15	65	24	30	12	32	1.93
95855--96084	10	21.8	10	70	18	53	23	37	14	23	1.92
95835--95893	22	2.8	21	80	12	66	23	32	11	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95855--96083	42	5.4	42	84	5	221	24	37	14	24	1.92
95992--96064	22	3.4	21	73	21	71	24	38	19	17	1.93
95886--96083	42	4.7	43	87	3	231	24	38	15	22	1.92
100011--100412	202	2.0	201	100	0	795	37	20	12	28	1.90
100523--100736	10	20.1	10	70	18	105	20	14	38	27	1.91
100482--100603	42	2.9	42	90	2	174	18	17	36	27	1.94
100523--100739	43	5.0	43	79	8	167	20	13	37	27	1.91
103630--103674	19	2.3	20	88	3	65	8	33	31	26	1.87
105123--105187	2	32.5	2	100	0	130	50	0	49	0	1.00
106139--106187	2	24.5	2	91	8	82	0	46	2	51	1.12
107223--107262	19	2.1	19	100	0	80	30	10	15	45	1.78
111261--111357	21	4.7	21	87	5	117	36	22	13	27	1.92
111530--111567	5	7.6	5	96	0	58	39	34	5	21	1.76
111587--111665	21	3.8	21	84	3	97	40	21	6	31	1.78
118781--118836	29	1.9	30	92	3	96	39	1	3	55	1.28
118773--118869	49	2.0	48	86	7	135	37	3	5	54	1.38
122465--122538	7	10.6	7	79	0	85	37	14	21	25	1.92
122465--122538	21	3.5	21	83	0	94	37	14	21	25	1.92
122468--122533	14	4.7	14	94	0	105	39	15	22	22	1.91
123034--123074	2	20.5	2	100	0	82	0	51	0	48	1.00
125478--125544	7	9.6	7	83	0	89	26	22	14	35	1.93
125478--125544	21	3.2	21	86	0	98	26	22	14	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126804--126852	24	2.0	24	84	4	62	44	20	14	20	1.86
127536--127570	8	4.4	8	85	0	52	0	34	25	40	1.56
127537--127570	12	2.8	12	95	0	59	0	35	26	38	1.57
132275--132348	2	37.0	2	100	0	148	50	0	50	0	1.00
133632--133672	1	41.0	1	95	0	73	0	97	2	0	0.17
159880--159962	2	41.5	2	100	0	166	50	0	49	0	1.00
164040--164229	63	3.1	62	86	8	259	47	14	20	18	1.82
164117--164237	56	2.2	55	85	8	174	49	15	18	16	1.80
166797--166860	30	2.1	30	85	5	85	40	6	9	43	1.62
170317--170732	166	2.5	165	93	1	706	26	15	18	39	1.91
170902--170947	4	11.8	4	90	4	67	30	26	43	0	1.55
170899--170952	12	4.7	12	84	6	67	33	25	40	0	1.56
177267--178177	170	5.4	169	74	10	656	27	17	18	36	1.94
177219--178177	338	2.8	333	86	6	1252	27	18	18	35	1.94
178587--178611	13	1.9	13	100	0	50	32	16	8	44	1.76
178818--178863	22	2.1	22	84	8	58	50	2	8	39	1.46
181090--181125	18	2.1	17	94	5	63	25	5	47	22	1.73
183374--183416	2	21.5	2	100	0	86	0	51	0	48	1.00
188150--188201	17	3.2	17	78	10	63	19	30	23	26	1.98
188166--188223	15	3.7	15	73	8	62	17	27	25	29	1.97
188150--188223	32	2.3	32	92	0	121	16	29	24	29	1.96
189602--189665	2	32.0	2	90	0	92	50	6	43	0	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189776--189825	2	25.0	2	100	0	100	50	0	50	0	1.00
193022--193063	2	21.0	2	100	0	84	0	50	0	50	1.00
197361--197400	21	2.0	21	85	5	55	20	7	2	70	1.24
201122--201191	32	2.2	32	97	0	131	25	30	17	27	1.97
201122--201212	32	2.8	32	88	1	101	28	25	19	26	1.99
208663--208983	177	1.8	177	84	4	441	23	18	24	32	1.97
209798--209853	17	3.1	18	79	10	60	42	10	5	41	1.62
209841--209875	15	2.3	15	90	0	52	37	5	11	45	1.64
210249--210371	15	8.3	15	63	21	62	39	7	8	44	1.64
210779--210824	16	3.0	15	84	12	58	30	13	28	28	1.94
213657--213701	2	22.5	2	100	0	90	0	48	0	51	1.00
217370--217482	54	2.1	54	98	0	217	23	10	36	29	1.89
219340--219370	1	31.0	1	100	0	62	0	0	0	100	0.00
219290--219417	47	2.8	45	82	7	157	0	2	25	71	1.04
219863--219925	16	3.9	16	93	0	90	0	28	39	31	1.57
219871--219925	8	6.9	8	91	0	92	0	25	41	32	1.56
219950--220770	172	4.8	172	93	0	1365	28	18	16	37	1.92
219946--220770	345	2.4	344	93	0	1400	28	18	16	37	1.92
224260--224304	12	3.8	12	93	0	81	11	40	6	42	1.67
228354--228401	12	4.0	12	86	0	60	25	27	10	37	1.88
229037--229367	34	9.7	34	76	7	287	35	23	15	25	1.94
233674--233710	2	18.5	2	100	0	74	48	0	51	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
234463--234743	135	2.1	136	83	7	349	29	24	19	26	1.98
234946--235283	135	2.5	133	82	3	401	28	26	19	25	1.99
238124--238155	1	32.0	1	100	0	64	0	100	0	0	0.00
244196--244241	2	23.0	2	95	0	74	54	0	45	0	0.99
244633--244673	11	3.7	11	86	0	55	34	12	29	24	1.91
244633--244674	22	1.9	22	90	0	66	35	11	28	23	1.91
244743--244783	11	3.7	11	93	0	73	24	36	9	29	1.87
247013--247047	17	2.1	16	89	5	52	20	37	17	25	1.94
247421--247530	21	5.2	21	82	8	84	18	21	16	43	1.88
249960--250076	21	5.5	22	77	8	118	17	23	18	40	1.91
249942--250060	42	2.8	42	90	0	184	16	22	19	41	1.90
250195--250225	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
252524--252764	119	2.0	119	97	0	455	30	12	21	35	1.91
266063--266268	109	1.9	108	87	3	306	38	14	17	30	1.89
275859--275894	18	2.0	18	100	0	72	33	5	22	38	1.77
281422--281472	22	2.4	22	84	12	63	47	3	7	41	1.51
285691--285720	4	7.5	4	100	0	60	26	23	0	50	1.50
301243--301953	172	4.2	165	87	6	1000	26	26	15	32	1.95
309221--309263	12	3.6	12	87	0	50	34	23	39	2	1.67
312885--312941	21	2.7	21	80	2	69	42	14	14	29	1.84
315778--315848	30	2.4	30	90	4	108	9	21	21	47	1.79
329090--329122	12	2.8	12	95	4	59	0	30	27	42	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
329355--330556	166	7.3	165	87	3	1668	34	15	23	25	1.95
335226--335303	24	3.2	24	87	0	111	24	26	11	37	1.90
335226--335319	48	2.0	48	86	0	134	26	24	10	38	1.88
345573--345610	18	2.1	18	100	0	76	26	15	15	42	1.87
349909--349951	2	22.0	2	95	4	79	48	0	51	0	1.00
350747--350787	4	10.2	4	83	0	55	2	29	24	43	1.67
350742--350784	8	5.4	8	88	0	59	4	32	23	39	1.75
350964--351962	166	6.0	166	88	2	1400	33	15	24	25	1.95
350964--351962	329	3.0	330	87	3	1436	33	15	24	25	1.95
352926--352970	20	2.2	20	80	0	54	37	6	11	44	1.66

Tables:   1   2   3   4