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tgctgtccccagtccacctggccgtgctgctgctccagtttcaactgttctgcctgtggctatggaaccctgacctgttc accagacgtgctacctgtcccagacccgctgttttcaactctctagagacagcaggagcggtagagatactcttaatgat cggctatgaaaagccaactgacatttacttctgaggtgctgacttgctgcaccctcgacaactactgtgattattattat ttgaccatgctggtcattttgaacatttgaacatcttggccatgttctgttataatctccacccggcacagccaaaagag gactggccacccctcatagcctggttcctctctaggtttcttcctaggttttggcctttctagggagtttttcctagcca ccgtgcttctacacctgcattgcttgctgtttggggttttaggctgggtttctgtacagcactttgagatatcagctgat gtaagaagggctatataaatacatttgatttgatttgataaggtcACTAGTTACTTATTAAATATGGATATGTCTGAACG ACTAACCCTGAGACACATCAGAAAGCTGAGTTCACGTCATAATATTGTGATTATAATCACAATCCCTTCTTACACCACTA TAAATGTGTCTCTGTCCTTATCTGAGTCTCTGAATGTAGCCTATGTGTGACCTGAATGTATCTGTTACCTTAATGTAATG TAGCCTACATGTGTTACTTGAAAAATAACCCTAAATTGGTTCTTATTCCCAACACAGCTCTGGGATGTGTAATGGTCATA TTTATTACCATACCTCTCCACTTCTTCCTCTTTCCctttacaatttttattttttttaaataataaagtGATGATTTATT TATTGGTTAAAGAGGAAAATCCTCACATCACAGAATGGTGCTGTCCTCACACTGGGAAGAGCAGGAAGCCACTGAAGGTG TTGTGGTTATCATGGCTATCATGGAGACCCTGGTCTTCAGGGAGACGAAGGTAGACCACATCCTCCTTCTCCAGCTCTAG TGTCAACGCATTAGATATGTACTGCCAACCCCCAACTGTATTTCTTTCTACATTATATAGAACTCTTTGATTATTGTGAA ACATCATGATGCCCATGAGTTGTGGGTGGCGGGATGACATGGCCGTGAATCTGAAGAAGTAGACTCCTTTCACTGATGCT GTGAAGATGCCTGCATCAGAGGAGAAATAGAGTGATATCAGCACTGTCTGTCTCATGTTGCTGTAGCTGGAATGTTTTta acaaataaactcagcaaaaaaagaaatgtcccttttcaggaccctgtctttcaaagataattcgtaaaaatccaaataac ttcacagatcttcattttaaagggtttaaacactgtttcccatgcttcttcaatgaaccataaacaattaatgaacatgc acctgtggaacggtcgttaagacactaacagcttacagacggtaggcagttAGGCcaaagttatgaaaacttaggacact aaagaggcctttctactgacactgaaaaacaccaaaagaaagatgtccagggtccctgctcatctgcaggaacgtgcctt agacatgctgcaaggaggcatgaggactacagatgtggccagggcaataaattgcaatgtccgtactgtgagacacctaa cacagcgctacagggagacaggacggacagctgatcgtcctcgcagtgacagaccacgtgtaacaacacctgcacaggat cggtacatccgaacatcacacctgcgggacaggtaccggatggcaacaacaactgcccgagttacaccaggaacgcacaa tccctccatcagtgctcagactgtctgcaataggctaagagaggttggactgagggcttgtaggcctgttgtcaGGCAGG TCATCACCGGCAActacgtcgcctatgggcacaaacccaccgtcactggaccagacagccgcggttttgtctcaccaggg gtgatggtcggaattgcgtttatcgttgaaggaatgagcgttacactgaggcctgtactctggagcgggatcgatttgga ggtggagggtccgtcatggtctggggcggtgtatcacagcatcatcggactgagcttgttgtctttgcaggaaatctcaa cgctgtgcgttacagggaagacatcctcctccctcatatggtacccttcctgcaggctcatcctgacatgaccctccagc atgacaatgccaccagccatactgctcatgttgtgcgtgatttcctgcaagacaggaatgtcagtgttctgccatggcca gcgaagagcccagatctcaatcccattgagcacgtctgggaccttttggatcggagggtgagagctagggccattcgcca cagaaatgtctgggaacttgcaggtgccttggtggaagagtggggtaacatctcacagcaagaactggcaaatctggtgc agtccatgaggaggagatgcactgcagtacttaatgcagctggtggccacaccagatactgactgttacttttgattttg accccacctttgttcagggacacattattccatttctgttagtcacatgtctgtggaacttgttcagtttatgtctcagt tgttgaatattgttatgttcatacaaatatttacacatgttaagttgactgaaaataaacgcagttgacagtgagaggac gtttcttttaaCAGTGAGAGGAGTTTAGTATAATTAAGTCAGGGACTAGGTAACACAAATTACCACCAAACACAATAAGT ATCAAACTAAACATTGTTATAACTAAAATAAAATCAGGGTGACAGATTAAGTAACATAAAATATGTCATTAAAAAAAATG ACCGTAgacatacagtactagtcaaaagtttggacatacttagaggtgtgggtttttctttatttttactattttctaca ttgtagcataatagtgaagacataaactatgaaataacaaatatggaatcatgtagtaaccaaaatagtatttaaaaaat ctaaatatatttcagatttttcaaagtagccaccctttgcctcgatgacagctttgcactctcttggcattctctcttca cctggaatgcttttccaagagtgtgcaaaactgtcatcaaggcaaagggtgactactttaaagaatgtcaaatataaaat atattttgatttgttttatactttttgggttactacatgattccatatgtgttatttaatagttttgaagtcttcactat tattctacaatgtagaaaatagtaaaataaagaatccctggaataagtaggtgtgtccaaacttttgactggtactgtac gtgttTGGTATCATATAGCTAGTAGTTACAAAAGTAAACTCATTTAAAAGCTTGAAACGTAGAATTTGTCCCTCAGAATT ATGTCCACTCTGAAAATCTAGTGTCTTATCATGATTTTCAAAGTAAAATATAAAACAAGTTAGTGAAGTAAAATTATATA CAGAGATTACTGAGAAACATGCAGCAAAATCATCCCAGAAGAATTACATTAAATTGCATTCATAAAAAATTATGATGAGA TGACTGACTCAATATTTGGCATTGTTGGATGAATGTTATGCAACATTCAAATGGATTTCCCTCTTGTTAGTTAGTACCTG TAATTGGGTTGTAGGCCTTGCCGATGTTGGTGATGACTCTACTGAAGATCAGTGTAGTAGCAGTACTGAATGGACCTACG TTTCCAGAGTCAGTCAAACCAGCAGAGAAGGCCACAGTTGGTCTGCCTGTGAAAAGAAGTTGATTATTTAAAAGGACAAT CTGAGATTGAAATAACAACAAGGCAAATGCTTACTTATCCACCTGTATCAATccaatttacaaatgcctgatATTTCTGA CATGACCTGCTTTCTCTTTCTCCAGCTCTTCCACCTTGCTCTTCTGGAGCTGCAGTTCAGTCTTGGTGACGCTCAGCTCC TGTCTCTGTTCCACCATCATGTCTCTCAGCTCCTCCAGCTTAGACCAGATGTCAGGGGTCTTGTGGGCCGTCTCTGTAGC TTCAGCCCATGCCCCAAACAGAGAAAACAGCAGCAGAGCTACAGCACCTCTCATTCTGAAACGACACATCTTCTGAAATG ATCTAGTCTTTGAGGCTAGAAATTTACAGGATTAAAGTAGGAGCTATATCTGTGTGAAATATATTGTGTCTCTGTGGAAA AAAGAGGGTTCTTAAATATCAGGGAGTATTATTTGATTAGGATTACTGGTAGGATTCTTTATTTGTTTTTACTGGCAATG AGGTGAAGGTTTCTTGCGTCATTCACCAGTTGTTGTTACTGTATTTCGTCATACTTAATTTTGATAGTCCCCTAGATAGG GAgtgggcgtacacatcacagacaaactaaaatggtccacacagacagtgtggtaaagaaggaaggccaaaaagatcatc aaggacaacaaccacccgagccactgcctgttcacactgctatcatccagaaggtgaggtcagtacaggtacatcaagct gggaccgagagattgagaaacagcttctatctcaaggccatcagactgctaaacagcaatcattaACTGAGAGAGTCTGC TGCCCACATTGAGAACCAATCAcaggacactttaataaatggatcactagtcactttaaacaatgccactttaaataatg gcactttaataatgcttaaatatcttacattactcatttcacatgtatatactgtattttataccatctactgcaccttg cctatgccgctcgcattaacatctgctaaccatgtgtatgtgaccaataagatttgatttgatatctgtAAATGATCTAC AGATGATCAAACTAAGAAGAAACTATGAACTGCAACTCTGTTGATATTCAACTGCTTGTTAGGGTTATGGCAAGGTCGAA TTGGCCGTCTGCCAAATGGACTGGACTTTTTTTTTTAGGTGGTTGAGCCGGTCGAAATTgaaaaaaattatattatatac atatatacaaaaTCCATATTGCGATAACAATAAATCGAACAATAAGTTTATTACATTAATGTGCATCACAGTTTTTTTAT TATCATTTAATCTATTACTATTAGTTTGTTTGTAGTTTGTTTGTTAGCAAACTTATTTAATATCAAACTTCACTTTTCTC TAGCATAGGCTACTTATCGTAATGAACGACATAAGCAAAATGCTTGCAATAAGTGATCGGAATGGTTGGTGTAGATAATT TTTGTTTTATCGTCCTAGCTGTAGTTCAAAGTCAAACGCGCCATCAGTGAGCCAGCCTATATTCCTACTAAAGTTGTGAG GGAGAGACAGCTAAATGAGCGGAGTGAATTATGGATGATGAGGACAAAGAACCTGATTCTGTGTGCAAAGACAGTTCAAC TGCAGCCAAAGGAACAGAAGGTAATTCTGTCGAGGTTGAAAACAGAGAGACATACTGACAGAGATCTCTAGTTGGATGTC AAATGTTTttgcatggacattgccattgagggcttccaccattttaaagtagtcaactgggtggggatttcTATGGATTG AGAATGATTAGCCAATGATCAGAGAATTATCTTAATCTTCAATTTGGATTGCTTATGGCTGTACATGGCTTTAAGCTTCA TCACCACCATGAAGTGGCCACAATAATTGAATGACAGGACTCCAGCACTGCgggtggcagtaaatcaccaattTGTTATt taacacgttctcatttacagcaacgacctggggaatagttacaggggagaggagggggatgaattagccaattgtaaact ggggatgattaggtgaccatgatggtatgagggccagattgggaatttagccagggctaaacacccctactcttataata ataataataataataataataataataaatgccatgtgaccacagagtcaggacacccatttaacatcccatccaaaaga cagcaacctacacagggcaatgtccccaatcactgccttggggaattgggatattttttagagcagacgaaagagtgcct cctactggcccgtCCAACACCACtcccagcagcatctggtctcccatccagggcccaaccttgcttagcttcagaagcaa gccagcagtgggatggaGGGTTGTATGCTTCTGGCAAGCTAATGTTTAGTCCTGAACTTAttcaggcttgccataacaaa ggggttgaatactttttgactcaagacatttcagcttttcattgtaaatacatttgtaaaaataaaaaaaatccaactaa attccactttgacattgtagGGTAatatgtgtagatcagtgacacaacatctacatttaatcaactatatattcaggctg tcacacaacaaaatgtggaaaaagtcaaggggagtgaatacttttTTTTATAGCTTTGTTATAAACATTATACTACATTA TAATAACAACTTGCCAAAAAACTTGAAATGGAAACAAATAGAATTttacaacaaaatcaatgtttcTGGGACAAAATAGG ATTAGTGACAGCTGTAATTAAAGGAAGATCTTCTGGCTACAGTAACAATGACagctacataaaaaaaaaaaaaaaaagct agtCAGGTAACTACGTAGTTAATGTTGCAATTGTTTACAGCTTTCAGATTTGCTATCATGAATTTGTTAAGGCCAAGGGT AAGAAGGAAAATGGCATGAATTGGAACCTAATGACtaactcctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg tgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg tgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgcatacatgttCATCTATCACTTTGTGTAGTTAGCTAGCAATTGGCTACTAATGA TTTGCCTGTCTACCCAGACTCCTGTCTACCCAGACGCCAAACGTTATGCCACGCCCACGGACGTTAGTTTATGTAGTGAA CGACGGAGCAGCGAGTGTGAGTCGTCAGGCTAATTAATAGTCCTACTGCAACTGTCTTGATTATGAGTAGATCTACAAAG TATGCCTTCCTGGCAGGATGATATAATtaatattatttgtatcaatTGGGTCGGGATTTGTTTAACAAACTCTGCCATCG TGGTAGTCTGCAGAAACATTGCTAGCCAAACACAGTCCTCTCTCGCTAGGGGGTTTATTCAGACCCAAGTTATACCCACA TAAATATAATTGTATTctctttttatgcacttttctctctatgcgtattctgaccttgaacttactCATGGGGACAAGCC AGTGTCAGCAAGGTACCCTGGGTGAGGGGTGATACGCCagtgtattctgaccttgacttaattccctacTAATTCTACAA CCTTTATCAGGCTAATATTCTGAATATCCTGTTCTCTCGATATAGTCCAGTGAGTTTGTCAACAAAATTCAAATGATAGG TAAACCGTATATTCAAGGATGGAtaaagataaatgtactgaaaatccTATTGAATAAAAACTCCacaagaaaatctgttg gccaacaagtgggagggttttcagcggtTGAATTAAATTTATTCAGAGCACGCCCAGCAGCAAAGCCCCAGCAGCAAAGA CCGTTACACTActgcataaggtaagtctgagtggtccaaacacaccaagaaagttgtg | 19247418 | 1841 | 3097 | These are designed for amplification of bisulfite-converted DNA. | |||||||||||
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18 | 1836 | 18s_V4_REV | ACTTTCGTTCTTGATTAA | 447859615 | eukaryotes | 20230711 | Choi & Soo Park 2020 | 18 | ||||||||||||||||||||
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20 | 1834 | Cg_SACSIN_R | CTCCTGAGAAGGCCTTTAGACA | C. gigas | 2020313 | Laftont et al. 2020 | 22 | SACSIN | CGI_10019897 | Matt George, mngeorge@uw.edu | ||||||||||||||||||
21 | 1833 | Cg_IRF2_F | CGAAACGCAGAAACTGTTC | C. gigas | 2020313 | Laftont et al. 2020 | 19 | IRF-2 | CGI_10021170 | Matt George, mngeorge@uw.edu | ||||||||||||||||||
22 | 1832 | Cg_IRF2_R | ATTTGCCTTCCATCTTTTGG | C. gigas | 2020313 | Laftont et al. 2020 | 20 | IRF-2 | CGI_10021170 | Matt George, mngeorge@uw.edu | ||||||||||||||||||
23 | 1831 | Cg_DICER_F | ACGTCGGTAGCAGAGGAAGG | C. gigas | 2020313 | Laftont et al. 2020 | 20 | DICER | CGI_10020752 | Matt George, mngeorge@uw.edu | ||||||||||||||||||
24 | 1830 | Cg_DICER_R | CTTCCTCCATCTTCTCACTGC | C. gigas | 2020313 | Laftont et al. 2020 | 21 | DICER | CGI_10020752 | Matt George, mngeorge@uw.edu | ||||||||||||||||||
25 | 1829 | Cg_VIPERIN_F | TAAATGCGGCTTCTGTTTCC | https://owl.fish.washington.edu/Athaliana/qPCR_data/sam_2023-07-19%2011-54-14_CFX96-Cg_VIPERIN-melt-plots.png | C. gigas | 2020313 | Laftont et al. 2020 | 20 | VIPERIN | CGI_10018396 | Matt George, mngeorge@uw.edu | |||||||||||||||||
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27 | 1827 | Cg_cGAS_F | TTCAAAGATGGTGCAGGAGGAG | https://owl.fish.washington.edu/Athaliana/qPCR_data/sam_2023-08-17_11-58-46_Connect-Cg_cGAS-melt-plots.png | C. gigas | 2020313 | Laftont et al. 2020 | 22 | cGAS | CGI_10023476 | Matt George, mngeorge@uw.edu | |||||||||||||||||
28 | 1826 | Cg_cGAS_R | AGGGTCTTTCACAAGGTTCCTC | https://owl.fish.washington.edu/Athaliana/qPCR_data/sam_2023-08-17_11-58-46_Connect-Cg_cGAS-melt-plots.png | C. gigas | 2020313 | Laftont et al. 2020 | 22 | cGAS | CGI_10023476 | Matt George, mngeorge@uw.edu | |||||||||||||||||
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30 | 1824 | Mq_Act_R | CTCTCTTGCTCTGGGCTTCATC | 434985989 | M.galloprovincialis | 20230309 | Salatiello et al. 2022 | 22 | beta-Actin | |||||||||||||||||||
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32 | 1822 | Cg_DDX4_R | AATTTTATTGTGCCCAGATGACAGG | 420083510 | C. gigas | 20221003 | https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0006291X04002074?via%3Dihub | 25 | probable ATP-dependent RNA helicase DDX4 | NC_047568.1 | ||||||||||||||||||
33 | 1821 | Mg_MT10_F | AGGTTGTCGCTGTGGTGAATG | 404310720 | M.galloprovincialis | 20220426 | Varotto et al. 2013 | 21 | MT10 | AJ625847 | 1820 | 129 | ||||||||||||||||
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37 | 1817 | Mg_small HSP24.1_F | TGTTGACAGCCCAAGGAGAAC | 404310724 | M.galloprovincialis | 20220426 | Varotto et al. 2013 | 21 | small HSP24.1 | AJ625244 | 1816 | 167 | ||||||||||||||||
38 | 1816 | Mg_small HSP24.1_R | AACATCTTCAGCCATTGGTGC | 404310725 | M.galloprovincialis | 20220426 | Varotto et al. 2013 | 21 | small HSP24.1 | AJ625244 | 1817 | 167 | ||||||||||||||||
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43 | 1811 | Mg_HSP90_F | TCATGGAGGCTCTTCAAGCTG | 404310730 | M.galloprovincialis | 20220426 | Varotto et al. 2013 | 21 | HSP90 | AJ625915 | 1810 | 147 | ||||||||||||||||
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47 | 1807 | Mg_GADD45 gamma_F | TCTGTTTCGGCCATCTCTGGT | 404310734 | M.galloprovincialis | 20220426 | Varotto et al. 2013 | 21 | GADD45 gamma | AJ623737 | 1806 | 110 | ||||||||||||||||
48 | 1806 | Mg_GADD45 gamma_R | GCACAGGAAGACGGCAGAATT | 404310735 | M.galloprovincialis | 20220426 | Varotto et al. 2013 | 21 | GADD45 gamma | AJ623737 | 1807 | 110 | ||||||||||||||||
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| 4428 | 1785 | 108 | ||||||||||||
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| 8112 | 1781 | 111 | ||||||||||||
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