ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZAAABACADAEAFAGAHAIAJ
1
Target or Normalization?
Primer name
Melt Peak-known
Melt Peak-pooled
Known.Performance-Y/N
Pooled.Performance-Y/N
AmplificationMelt PeakPeak height
Melt.temp.avg
product size
Melt.temp.RANK
product size RANK
Primer SequenceIDT #OrganismDesigned By#bpGC%melting tempGeneGene Accession#full sequence
location on reference
pair w/sr_IDproduct sizeother notes
2
TargetAPLP_FWD
http://owl.fish.washington.edu/kaitlyn/qPCR-data/geoduck_hemolymph-melt_curves/pooled/APLP.png
http://owl.fish.washington.edu/kaitlyn/qPCR-data/geoduck_hemolymph-melt_curves/known/APLP.png
MixedYGood
Good, Slight bell at bottom but narrows well at peak
Good, Highest80.511098
AGGTAGAGGGCGCAGGAA
P.generosaKRM1861.11159.961
Apolipophorins [Cleaved into: Apolipophorin-2
PGEN_.00g070040-vv0.74.a
ATGAAGCTACCGTTATTCATATTGTTAACCCTGACTGCGGGTACACTAGCAGGTAAGTGCATTTCGTCAAAACAGCTATTTAATGTAGTATACATCTTGAAGCTGGTTCAAAATGAAATACATGTCGTATGTAAGACACTTTTTTTTATACAATTTCTCCTTACATTTATTTGATCTATAAGATGTATTATTTAATTTGTTCATGTTACTTTACCTCAGTGTTATTTCCGGTCTTTGGGTATTATTTGGGATCATTGAACTCATTTAATGTATAGTCTGTAGTAAGGATTCTTCCGAATGGATCCGTTAACTAGCAATGTTGGGAAAGCCGCTTTTGAGCCCGTTGATTGGCCAGTTGTTTTAACTGAAAGTTTGATGACAGTTTAGTAAGCGTTCAACTGCTATGAATTGTGGGACTGGCATATAATTCAATGTTTTTTTCATTGGTGGTGAATATACCGGATTCGGGAGATATCAGGTTCTTGGATAGACTATTTAATGTAGCTCAAAAATGGATTTCTACTTATGTCGAATCTACGGGACGTGTGGGGTCTTGTGTTTAACTTTGTCCCTAATAAACAGATTCAATATTTATTTTAAAATAGAAGTAGAAATAACAAACATTTTTATATCATGACTTTATCATATGTCTAAGTATGTCCATGATAAAATAGTAGGTTTCATGTTATTTCAAATATATACGTTACGGTCCAAGGGGGCAGTGACATAGCAGTAACATACCAGCACGCTGATAGGTCAGTTTCTGAACTAGGTCATACAGGGAATTCCATGATTTTACATAAGGGTATAAGGGTACTTGTTCTGGGAGTTGTCCGTTACTGGGGTAAACTTATCTAATTGTTGTAACATTGGCGGGAAATGAAAACGCTGCATTGTAAACGGACATTCACTACATAAACACACGTTACAACGTCTGACCATCTAATTTTAGAAAGGTTATATATTTTGAAAATATTCTTTTTTGTACATAGTGATGTTTTTATCCATACAGTAAGTTTGGTTATATTGTTTCTATATTCGGAAAAGGTCATTTGTTAATAATGTATATGCTATTTACTTTGATTATAAAAATAGAATCTGAAAAAATAAAACAACAAAACGATAAAGAAACACGATTGAAATAAGAAAAGATATAAACAGGGGATATTTCGGTATGTGAAAGCTATGCGTTAATACAACATGGGATACTAGCTTATGATATGGGGATGTTTCCACAAGGTCAGTGGTTACTTGAGCCGGTAGTTAGATAAACTCAGGTCTTTGGACGATTCACTTCTCTATATGATTAAATGAAGTGTTTATTAGTATAAGTGTATGCTACTTTTTTCTATTTTTACGTGAGAGAATACTATGAACTGTGCATATGTAGTATTCTATCTTTCAAATATTGATTGGACACGCACATGCAAATGCTTTTTATCATATATTATCGATTGTAGTATCTATCTAATATTCATTTTTATTAATTGTAAACATTGGCGTTTTTCTTTGTCGTTAGTTAGTTAGTATGTATTACGATTAACTAACATATTTATTTTTTCCAGGTCCTATACACGAGAAAAACGGTGATTCATGTGCCAGACAATGCACGGGTAGGTAACCTAACACAATTATTAGATTCATACTTCAATCAGCAATGGTCCATATCCTACTTAATGATATAAAATCCCCAGGGAGTATTACTATTTGACACAATTCGACTTAATCTTAATTATCAATTCATAATGAACATGGTGAAAATAATTAAAATTTAATAATTTATTCAAATCTTACAATGTAGTCTCTAAGAGTATTGCAATCCTAATTACAGACAAGAAACTACAGTGCATTGATAAAATGTTAATCATTTAAATACTGCGTTATTCAAACATGTTCTTAAAAGGCTTCTTCAAATGCATCAGAACAAGGGAGATTACTCGCCAGAAACAAGAAGGATTGTTCCAAGACATTCAAATAACATGAAACCACATCATGATTAATTACAACAATAGTATTTACTTTATGTGTATTTGTTTATGAATGCAACTTCTAATCACAATGCTTTGTAAATATTTTCAGTATCCAACCAATTTAATTACGAACCAGGAACGACCTATCAATTCCAATACAATAATGAAATCCGCACATCTCTACAAGGTGCCTCAGAGGAGCATGCCGGACTAGAAATGTCAGCTACAGTCCACATAGACGTCATCACCAAGTGTGAATTAGTGATGAGGGTAAGTTATAGTCTGCTACAGTATACATCGACGTCGTCTCTTAGTGTTACTCAGTGATAGGAATGACTTGTTATATACTACAGACGTCGTCTGTAAGTGCAACTTATTGATGAGAGTTTGCTATGGTCTGCCGCGAGCTTCGTTGACGTATTTGCTAAGTGTAACTAGTGCAATAAAAATCGAGTAACAGTCTGCTACTTTCAACATTGAAGTTACATTCTACATTGACGTCGTCACCAAACTACAGCTCATACAATATAATGTATGTCGCTTTGTTTAGTTTAGTCATTTCAATTTCAGACAATAGCGTTAGAATAATGTTATGCATATACTTTTTTTCAATGTAAATATAATTGAAAGTGCACAAAGACACACATTTACATTGTTTCGTTTCAATATCAGCTGAGCGACGTAACATTGAAGGAGCATGACCCCGAAACCGCTAGGATGAAGATTGTTACATCAGACCTCAACGATAACTTGGAAAAGAACCCACTGAGAGTTTCATTCCAAGATGGAAGCATCGATGACGTGTGCTTAACAGCACCAGAGTCTCCAAAGGTGTTGAATATCAAGCGTGGTATACTTTCGGTCTTCCAAAACAAGATGGACGACATCACCATGGATCAAACCGTCTCTGAGGTGAGATATTTGTATCCAATCAATTAAACAGATGTATTATATTTCAAATTAAGAGTCTGATAACTACAAACAACACAATGCACCACTGATTAAAATCTAATTACTAATATGTCATTTTTTTTACCTTTCTAACAGAGCGATGTTGCTGGAAACTGTGAAGCCAGTTACTCTTCAACTGAAAAAGGCTGGTACAACGTGCTCATCAAAAAGTCAAAGAATCTTTTGGGATGCACTGGTCGCCATAGTTCTAGATCGGCTGTACAGGGAATCCCTTACGATTCAAAGTCTGTAAGTATGCCGGTAAAAATAAATAAAAGTCATGCATTTTTTAAGTCGGTTCTTGTGTGTTGATAATTATAATGTAAATATTGTTTAAATGTTATTTCCTCTACTTTAGAATATCCAATCATTGCCACTGGTAAAAAGTACTCATGAGTGTGAACAAGATGTTGTCAGGGCAACAGGTCGTCTGAACAGCGCCGTCTGCCGAGAAAGACATATATTTGCACCTTTTTCCAGACTAGAAAGTGGTGCCATCACTCACAACACACAGACTTTGACATTCGTGAAGGAAATGAAATCCAAATCTACACCAGGTATATACATTCTTTGATATAGTTATGAAATATGATAATGGTGTTTTTGTCTATATTAATTTTCAGCCGTATCACTATTGCATTAATTCATTTCATTTCTCATTTCTTATTTAACGTTTCAGCCCCTGTTATGACAAGAGCAACACTTCAGTTTGACCATTCATACAATGCTGAGGAGAAGAATGACAACAAAAAGGATCTTGAACGTTTGTTGATGGATATCTGTCTAACAACCCAAAATGGAGTCAGACCCGAAACTCCACGTCTGTTTACAGCACTTGTAGAGAGCATGCGAACAATGGAAGCATCCGATTTGTCCAAAGTGTATCAAAAGATCAAAACACAGGCCATTTGCTCTGAAAACAACAAAAGAGTAAGGTAAGTCAGTAAATGAGTCTGATACACTGAATGTAAATGTAAATATAACAATATATATGCACCACTGTTTATTGTCAATTGCTAACGCGCGAAAAACATTAGAAATAAAGTATAAGTTAGTTCATAAATGTTGGTTTCTTCTCATTCACAGCAAATTCTTCCTTGATGCAATCCCCATGATAGGAAACTCTGCAAGTTTAAACATAATGACCAAACTGATCACAAGTAATGAAGTAACCGGCATTGAAGCTGATATGTGGCTTACGACATTGGCCTTCATCCAAAACCCAACAGTAGATATGCTGAAAGAAGTAAAGGTTAGTTTATAAATATTTGATAACAATCAATTTGTTTTATAATTGTATGTAGATTTCGAATGTGTGTTTGTGTGTGAATGTTTTTGTTGTTTTATATGACAGCTAAATTGATGATTTTATAATAAATTGATGATTTTATAATTTGTATTCGACAGTACTGAAAAATAATTACAATGTCTTCTATCTATGTAACTAACCAAGCGCATATCATTATATTACAGCCCCTTCTTTCCATGAAGAAAAACGAAGAAAAAGCAATGCTGTCTGTTAGTTCTCTTGTCCATAGCCTTTGCAGGAACAATATCGAGTGTGATAATATTCTTGAAGTGAGAAAGATTATTTCTTTGCTGGAAAGCAAAATTGGAACTTGCAAAGTCAAAGACTCCAATTTTAAGACAGTAAGTTAATAATAATCCAATGTTGTTCAAACAAAATATTTGTACAATCGCGAAAAATTTGTTTAGACGTAAAGACTGAATTCTGGAATTAACAAAAAAATATAGTTTACGTAACTGCACAAAGAAATATATTTTGCTTTAATGTCAGTCGATACTTGATTTAACAGCTACATGCAACATTTTATTCATTCTTTGAAATAGGTTGTATCCAAGTATAATTTAACATTTCAGACTTTGTTTGCTATCAGAGCAATCGGAAACGCTGGTTTTGGAACGGGAGCTATACCAACTTTAACAAAATGTATCCAACAATCTGCAAACCCAATTGAAATAAGATTGTCAGCAATTGAGGCTTTCCGCAGAATGCCATGCAAAACAGATGTAAGTTAGTTTATTCAGTACTTGTGTTGCTTAACTATCGTAATCAAA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Apolipophorins [Cleaved into: Apolipophorin-2
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25877110
4
TargetECHD3_FWD
http://owl.fish.washington.edu/kaitlyn/qPCR-data/geoduck_hemolymph-melt_curves/pooled/ECHD3.png
Y
Lower, slightly later cycle compared to others
Early, odd step up but good, narrow peak
Good77.1131135
AGTGCATGCTGACGCCTT
P.generosaKRM1855.55659.967
Enoyl-CoA hydratase domain-containing protein 3, mitochondrial
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Enoyl-CoA hydratase domain-containing protein 3, mitochondrial
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7454131
6
TargetFEN1_FWD
http://owl.fish.washington.edu/kaitlyn/qPCR-data/geoduck_hemolymph-melt_curves/pooled/FEN1.png
N
Only amplified in 1 sample & lower and later than other primers
In sample that amplified, good peak shape
Low80126106
AAGGCCCGTTCTGGAAGC
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15092126
8
TargetGLYG_FWD
http://owl.fish.washington.edu/kaitlyn/qPCR-data/geoduck_hemolymph-melt_curves/pooled/GLYG.png
N
Later amplification but increases suddenly
Bad, multiple low peaks across target size
Bad, below threshold
NA14403
CCAGTGTGACAGCGCTCA
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NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAAAAAAAATGAAGAGCTTTTGTCATGACCCTGGCGTCGTCGGCGTTGTCATCGTTGTCCGCTGGTTAAAGTTTTATGTTTAACTCAGCTTTTTCTTTGTTTCTGAACAAACAAGTCATGTAACGGTGACTTCACTTCATAAACACATTTATATCCTGTTATACAAATAATGTATATAGCTTACTTAAAGACTAAATTTACATACATTGGGCTCTAAAACCATTGGTTTAAGTTTTTTTGTTTAGCTCGGGTTTGGTTAATTAAAGTTTTATGTATAGCTCAGCATTTTCTCTGTTTCCGAACAAACTACTCTTGTTTTGGTGACTAAACTTCATAAACACCTTTATATTGTGTTTTAGAAACAATGAATATAGCTTAAATAAATTTCCATACTTTACCAGTTTGGGCTTTAAAACCTTAGGTTTAAAGTTTTTTGTTTAGCTCATGTTTGAATTTTTTATTTTTTTTTAAATCAATGTTATTTTTCAGTAATACTATTAATTCTGTAAGCTGATCACCATCAACAAAAATAAAGTTAACATCACTGACCTTTACCAATTTGATGGACTTTCCTGCTTGAACCCAACCAAGACCCCCACCCTGCTGTTCTTATTTGTTTATAATTTTTTTTTTAGAATTTGTTTTGCATTAGATAAAATACTCTGCCCCATTTCAACTTTGTTACCGACCCAAATATCCTCACCCCAAACCACTTCCCTGCCCATTTTTTTATTTTTTATTTTTTTTTTGCATTAAATCAAATACTCTGCACCATTTCAACTTTCTTACCTACCCAAAGACCCTCACCCCCCTCCCCCCCTCCAACCCACACCCATCCCCATCCCCACCCACCAATTTTTTTTTATATATAATTTTTGTTTTGTATTAAATCAAATTCTTTGCCCCATTTCAACTTTGTTACCGACCAAAAGACCCTCATTACAGGTGTAGATGGCTTGTGATAACAGGTGTACCAGCCCTGGTTGCAAAATGGTAGATGGCTTGTGATAACAGGTCCANNNNNNNNNNAAATGGTAGATGGCTTGTGATAACAGGTCCACCAGCCCTGGTTGCAACATGGGCAGAGAGAAATGTTTATCTCACAGTTATATGTTTAAACATTATGAAACAAAGGAGACAGCAATGTTAGAGACCTTTTCTAGATAGGAAAACAAGTCTTTATTTGTTTTCGTTATGAATATGTGAAACATAACTGATAAGTCATGATTCTGTAACATCTCTTAATTAACAACCACTATTTTTTAACAAAAAGTTAAATGTATGCATAGATGTACATTAAGTTTTGTGTATTTTTTACCTACCATTCCTTGTGATATTCATACCACTATGTCCATGTACTACTGCCCAAAGCATTACATTACCCTCCCCTTGATTGTCTTCAAAATAAAGACATGTTTAATTCGTTTTGGTTGTTTTGTCCATGTAGACCTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTAACTCCATTTTTCAACACATGACAGGTTATATACAACATGTCAAGTTTTATCGGTGGAGAAGCTGAGCAAATAACTGGCAAACTTTCTCACAGTTGTGTTTTAACCAATCTGGACTTCAACCCATAGCCTGAGCGGTGATATGTAAAATGTCAGCCTGGCCACTGTTATTAAAAAAAAAACAAAACAAAAAAACAAGGGAAAAAAAGCTCCTGAGAAAACAAAACAAAGCTGTAGAGTGATGAGTTGATTCCTAATTACACAACACTCAAGCTTAAATTGGCAACAGAAGAGTTACAAAGGCGGAAAATAGCACTGAATAACCACGGAAACCAGACAATAGTATTGATGTTCTACTCTGTGGTCATTCTCCACAAAAAGAAAAAAAACATGACTTACTGTTAATAATAAACCCAAAATACCTTCTGGAGAGGTTTTTAAAAACCTTGGATATGAAAAGAACATTGTAAAAAAGCATATTAAAATCTGTCTAAAGGAGACCCAAAATATCGGAAAATTCCAAAGTTGTTGGTTAAACACTTCACATCTAAGAACTAAGCACTTGGAAGACTGTGAATGGATGAGTCTGAGAATTATGGCAGCTTGATCGTTATGCTTAATACATGTACTCATATGTGCTTTTATGTGTCTGTCCGTCTGCCATATTTTCTCGATTCATTTTCAGACACTTTTTCAATTTGAGGAAACAGTTGAAAAACAATCACCAGAGAATGTTCACACGCCATTAGATGACACTATACAAACTATTTTCCCATTTAAACCACCAAAAGTGGACGAAGTGTTCTACGAGGTGGAGGAAGTAAAACATAATGAAACTGAAGGCACAGATGGATTGCACGATGAACCTAAAGTAGTTGATTTGCCTTTTGTTCCTAGAAGTTACACAGAATTAGAATCCCACTATGCAGAAGAACCAATATCGAGTATCAATCCCGACTCCCCACCCACAAGTTTATATACTGTTACAAAGACAACTGAAGGGTGGGAAAAAGGGAAATCATCCCCTGAAAGAGAAAAACTTTTAAGTTTAGACCACAAAGTAAAAGAAGAACACATTCCAGATAGCAGTATTAATGATGGAACAAAAACATTCGAAACTCCACTATATAAAAATGATAAAGAAAAGAAAGAACCATCAAGTCCAACTAAAGTGGATGGCGACACTACTACCAGTATTAACAAGACTCTCACTACTTCTAATGATACTGCAGATATAGAGGTATACATAGCATACAATTCTAAATGTAACCAGAGGTATATTTGAGTTGTATAAAGAAATTCATGTTCTATAGATTTGGGTGAACATGATCATTTATAAAAATTATGTAAATGAGATAATAATGTAATGTATAACTGTGCGTGAAATGAAGTGTAGACTGTTTACTATTTGATGCTACTAAGGAAAAGGAAGGTAGGAAAAGGGGACATTCTAACTTCTCTGGAGGGAGATCAGTTTCAATACAGAAACACACATTTTATTCCCATTTAATGGACAGGCAAATAGAGTCAAAGGTTGTTATATTATTTCTAGAGGGATTTGTGTTAGCATAAAAACCCAGTATCACAAACGGTCTCCATGGATGCAATATTCCCATACTTCTGCTTTACCCATGAGCACAAAATGGGCTTCATGCATAACATTTAATTCCTTGGGCATCAGTTCTACCCATAAACACAAAATGGGCTTTGTGCATACTCCTTGAGCTTCTGGTTTTTCCAATCAACACAAAAACGAACACGCTTTCCAATACCTTATTTATTTAGCCAATTGTTTTAATTTGTAATATTTTTAATACTTGCTCACTAATATAATGTATTGTTAATAAATCTATTTTTTTGTGCATGCTTAATTTACATGTTTATTTTCCTGTTAACCTGATTTTTTTTTTTACTTTAAGTCATAACAACTAAATCCACGTTCACTCTTCTTGGAATCATGTCTCTGATGCTGAATGTCTTTTTTGCAAACAAATATTTCTTCTTAGTAAAAATGCATCAGAGAGAAATAATAATGATGCATAAACAGTAAGATTAAGTTGGTAATATATTTATACAACTTTTGAAATACCACTACAACTATGCGCATAAAAAGTTATTTGCACTTGATGCACACATTTAGTTTACCTATGACAGGTGTTCTTGAAACATGGTGGTGACTCTGTATCTTGTCATATGACTTTATTAAATTTTGTGGGTTTGGAAAGACCAAGACTTCTTGTATTTATAGATAAAACATTAGAAATGCGCAGTCACTACTCTTTAATATGTAGTTACATCCCTAGAAACCCCAAACACATATTTTAAACATTTGAAAACTATCATATATTAAGATCTTTATTATTAAGTAAGATAAGTGTTAAAAAGTTATTTCAAAGTCTGATCAATCTCTGCAAAACAATATCGAAAATAAATACTTGCCGAAATATAATTTATATTGCCACAGCTGACATAATAAATATATAGCGTTTTCCCTTTTGAAGAAAATGTTCAATATTTATACTATTCAACATGCTAGTAACAATGCGCCATATATTTCTAATTTTATTATTACATAATGTTCATGGGCCATGTTTGGCTTAATTTAAAAGTGTCTGTCTATAATAATTGTAGCACCATTTTAATGTGTACATTTTCTTACTAAAAATGAAAATCTCTCGTTTCACTAATCATCTCATATATCTAAATGATCTGCTGGACCCAGTTAGTTCAGTCTTTAGCACTTCTGACTATTAAACCTTCCTGGTGATTTTCTCTGTGATGATTGATATTCGTCTCTCACCACTGATTCAAGTAGGATAGTTATCAGTTACTGTGCTTCTGGTTCTTCTAACAAAACATAAAACAAAAATATGTTGTATTGCTTATGTTTCTTTTACTTTCTTTATTTGGGCTAATTTGTGTTATTTCATGTACCGCGCTGAAAGTTAAGTCACAAAATGTGTGTAAATGAAACAAGTTGACATTATTGCTATTATTTCTTGATGCTTGAGATTTCATACTAACTCTTGGTGAGTATTGTGCGTGAAGGTTGATCGATGTTTTACATATAATAATTTCACTACCGTTTTATAGGTTGGCTTAATAACAGA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15958144
10
TargetGSK3B_FWD
http://owl.fish.washington.edu/kaitlyn/qPCR-data/geoduck_hemolymph-melt_curves/pooled/GSK3B.png
http://owl.fish.washington.edu/kaitlyn/qPCR-data/geoduck_hemolymph-melt_curves/known/GSK3B-1.png
NN
Early amplification approaching plateau
Very wide peak- likely non-specific annealing (changing annealing temp. may improve)
Good8194513
TCCAGGTCTAGTCGGCCC
P.generosaKRM1866.66760.043
Glycogen synthase kinase-3 beta
PGEN_.00g114060-vv0.74.a
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Glycogen synthase kinase-3 beta
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2147194
12
TargetNFIP1_FWD
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Good, approaches plateau
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NEDD4 family-interacting protein 1
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201878
13
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209578
14
TargetNSF_FWD
http://owl.fish.washington.edu/kaitlyn/qPCR-data/geoduck_hemolymph-melt_curves/pooled/NSF.png
YLater in cycles
Good, a little wide
Moderate79.4135124
CCAGAACCACACGGGCTT
P.generosaKRM1861.11159.887
Vesicle-fusing ATPase (EC 3.6.4.6) (N-ethylmaleimide-sensitive fusion protein)
PGEN_.00g338640-vv0.74.a
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2706135
15
TargetNSF_REV135
CGGGGCATGCTCTTCCAA
P.generosaKRM1861.11160.045
Vesicle-fusing ATPase (EC 3.6.4.6) (N-ethylmaleimide-sensitive fusion protein)
PGEN_.00g338640-vv0.74.a
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2840135
16
NormalizationRPL5_FWD
http://owl.fish.washington.edu/kaitlyn/qPCR-data/geoduck_hemolymph-melt_curves/pooled/RPL5.png
http://owl.fish.washington.edu/kaitlyn/qPCR-data/geoduck_hemolymph-melt_curves/known/RPL5.png
NN
Good and reaches a clear plateau
Bad, very wide w/ poor peak
Bad, below threshold
80.878715
GTTAAGCCGGGCCCGATT
P.generosaKRM1861.11160.12460S Ribosomal Protein L5
PGEN_.00g287540-vv0.74.a
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723378
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NormalizationRPL5_REV78
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CGAGAGTGGCGAATTCTCTGCGGAGGTTCACCGTGATCACATATTTGGTAAACACGTGGGTGAATACATGAGGAGGTTGCAAGAGGAAGATGAGGATCTTTTCAAGAAACAGTTCAACCAGTTCTCCAAGAATGGAATCACTGCTGACAATGTAAGAATTTCGAAACAGTTAAGCTTGATTAAAAAAACCTATAACAATCTTATATAAAAGAACAGGGGGTGGGGGTCATCCATGGCCAAATGTTCACACGATCATTTACCGCTTGCTGTCGAGGTTTGAAACCAGTTTTAAAAAAAAGTTCCTGTTACTTTAAGAGAGGCAGCAGGTTCCACTGAGGTTTAATCTAATGTTTACTCAGTCAGCAGAACTAGGTGGCATTTTTAATCTGTATTGTGCAGGAAATGGCATTAAATTACTTTTAAAACTGAAACTGGTGTATACAATAAGGGCTATTCAATTTAAACATACAACCCACCCATGGAAGGCACTTTGAAATTGGACCCTCCCCCTTTATATTTTTAATTCATTTTATCAGGCCCCCAATTTTGAAAAATCTCTCAGCTTAGAAGTTTCTTAATTTGCCGTCCATGGGTGGGATGTATGTTTAAATGGAACAGCCCTAAGTATAAGTTGACTGTCCTGGAATGTTTTATTACATCATAAACCATTTGGTGTCCATTTTTGTAAGGCTCAATTTGCTTGCTAAATAATGTATTAATCAGGACTATAATTCAACTTGCCAGGATAAAGTATAAAACATAGAAAAGTTTGCAGCAGTGATTTTGACATTCAAGCATTTTTATGCCCAATATTCAAAGGTCTGAGCACATACTGGGGTATATATTTTTTTAATTTTCCTATTGTCAGCATGTAGATTAATATTTCTCAAAAATGTTAAACAAAAATTTGTGAAAATTGCTGTGTTCCTTTAAGAACCCAAGGTTCGCATGGATTTGAGTATTGCTTGATTTTGAGTCCTTGAAAGGTGCTTTTATCAGTCCTTATCTGTATGAACCCCGGAATCACTTGCCAGGATCAATATATTAAAACAATGAAATGTTTATTCGTTATTTCAGATTGAAGGCACATATAAGAAGGTTCATGCTGCCATCCGAGCAGATCCAGAACCAAAATCTCGTGGTCCACGAGAGGTGAAGGTCAAGAGGTAAGTTGACTATCTGATGCCATTCGCTAATAAACAAATGGCTATGCCAATTGCTGAGAACATTGTGGCAAGTCATGTTGGATAATTCTTGACCTGAATCCTGTGTACTTTTTGATAAGGCCAAATGAAAAAATATTTTTTTGTTTCCTGTGACATGCTGTCTGTAGGTAGGAAATCCTTTTTTTTTTCCATTCATGGATCGAAATGGAGAGAAAGGCAAAAAAATCAATAAGATTTTGACTTGGTGTGGGGGTTAAAATATTGACTCGGTCGATCACAGGAAATAAAACAGTTTTTTCATTTGGCCTAAGAAAAGGATCATTGTATTTCTGTATATGGGTATTACTGTCATGTAATTTTTGGCACAATTGTGTTTATTATTGTGATTAAATAATCTGTATGTACATGTGGAATTAATTAAAAAAGACTAGAAAATATTCCCAAGTTGAAACCTGAAACTGAACCACAAATATGGCGCATCGATTCTGTACCTTACAAAACATTTTGTAATCAAAATTTTCCCAGATAGAACTCCTAACATAACCAAGATTACTCTAAAAGTTGTTGGTTATGAAGAATGTTCATGGTGAATTTACAAACGATTATTGATATTTACGGCTTGCAAGGATTAACTTTCGTAAGGTTTTGGATACAACAGTCATTTCCTTTGGACAGTATTTAATGAATATTGTTTATTTTTCGCAAGGCAATCCACTCGCAAGTGTTTAAATTCAATTTTCAAACCCCGGGATCCGATAATGTGGTAGTTACTGAATGCACTATGTGACGGATGTGTGCACTTTAGTACCAGTATATGTTATTGGTTTTTTTAATCAAACAAGCACAGTAGTTATATCGCCTTAAAATCATGTAAAAGTTCTTGTTTTGGCCAATAATAGATATTTATGGTCAACGATTCATCAAAAAATATATATTTCACCTCGTCTTCAATACCTTGTATTTAATTGGATCTTTGCCAAACTTACACAGCATTTACAACTTTAGCTATATTGTTTTCCTTGTAAGGCCTTAGGGTCCTCTGTGGTTACAGGTGCCTTCTCAAGGTCACTTGCCTCACCTCTGTGGTGACAGGTGCCTTCTCAAGGTCACTTGCCTTACCTCTGTGGTGACAGGTGCCTTCTCAAGGTCACTTGCCTTACCTCTGTGATTACAGTTGCCATCTCAAGATCACTTGCCTCATCTCTGTGGTTACAGGTGCCTTCTCAAAATCACCATGCCTCACCTCTGTGGTTGTGGGTTTGAGTCGCGCTCAATTCGAAAACATCATGTGAGATAGTTTGCCAGTTATTTGCAGAAGGGTGGTTTTTCTACTCCGATTCATTCTGAGCTCTTCTTCCACCATAATTGATTGATTGATTGATTGAATATTTAGCGTCATTTTTATGCCACCGAGGGCTAACAGACGATCAGTTAACCTAACCACTGTTTCCTGGGATTAACCAGTACTCGAGCACACCCTGTCTCCGTAAGTAACTGATAACTTTCCCACTTGAATCAGTGGTGAGAGACGAATGATAATTAGACATGATGTCATATATCAATCATCACGGAGACTGTTGCCGGGCGGGGGATTCGAACTCACGACCCCTGGATTGATAGTCAGACTCGTAACCGACTGAGCTAATCGGGCCCGGCTCTTCCACCATAAAAACTGGTTATAAGGAGATATGTTTAAAACAGCGAACCCATTCAACAGTCCATATTAGATAATGATGTACGAGTTGTGTCTTGTTATTTTTAATGCCCAAAACTGCTGACTATGTCATAGTTTACAATATATCTATATTTTACAGATGGAACCGTGCCAAATTAACAAAGGCCCAGCGTGAGGACTACGTGAAACAGAAGAAGGCTTCTTACATGAAGAAATTTGAGGAAGACTAA
731078
18
TargetSPTN1_FWD
http://owl.fish.washington.edu/kaitlyn/qPCR-data/geoduck_hemolymph-melt_curves/pooled/SPTN1.png
http://owl.fish.washington.edu/kaitlyn/qPCR-data/geoduck_hemolymph-melt_curves/known/SPTN1.png
NN
Good, approaches plateau
Bad, multiple peaks across large temperature gradient
Multiple, very variable peaks
82.4101212
ACCACTTGACTCGCACCG
P.generosaKRM1861.11159.971
Spectrin alpha chain, non-erythrocytic 1 (Alpha-II spectrin) (Fodrin alpha chain)
PGEN_.00g280110-vv0.74.a
http://owl.fish.washington.edu/kaitlyn/202001-geoduck_reproductive_dev_primers/PGEN_.00g280110_primer3_primers.txt
47771101
full sequence length >68,000 bp; full sequence on OWL linked
19
TargetSPTN1_REV101
AAACCCACGACCTCAGCG
P.generosaKRM1861.11159.969
Spectrin alpha chain, non-erythrocytic 1 (Alpha-II spectrin) (Fodrin alpha chain)
PGEN_.00g280110-vv0.74.a
http://owl.fish.washington.edu/kaitlyn/202001-geoduck_reproductive_dev_primers/PGEN_.00g280110_primer3_primers.txt
47871101
full sequence length >68,000 bp; full sequence on OWL linked
20
NormalizationTIF3s10_FWD
http://owl.fish.washington.edu/kaitlyn/qPCR-data/geoduck_hemolymph-melt_curves/pooled/TIF3s10.png
N
Very low, late cycles
Bad, very wavy
Bad, very low and below threshold
NA10909
TATGGGCGGTGGTCGAGA
P.generosaKRM1861.11160.044
Translation initiation factor 3 subunit 10
PGEN_.00g245080-vv0.74.a
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21939109
22
NormalizationTIF3s12_FWD
http://owl.fish.washington.edu/kaitlyn/qPCR-data/geoduck_hemolymph-melt_curves/pooled/TIF3s12.png
Y
Good but later cycles
Early, odd step up but good, narrow peak
Good76.9150141
TCCCACAGCCTCAGCAGA
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23
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3283103
26
NormalizationTIF3s5_FWD
http://owl.fish.washington.edu/kaitlyn/qPCR-data/geoduck_hemolymph-melt_curves/pooled/TIF3sF.png
N
Good, approahces plateau
Wide distribution but nice, narrow peak (likely non-specific annealing that could be fixed w/ a change in annealing temp.)
80.6108810
CACGCCTCCGATGTGTGA
P.generosaKRM1861.11159.739
Translation initiation factor 3 subunit 5
PGEN_.00g082590-vv0.74.a
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2166108
27
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P.generosaKRM1861.11159.57
Translation initiation factor 3 subunit 5
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TGAATTATTTGGTGAATTATGTTTACCGGTATTTCAACTGACAGAGTGGAAAACAGTGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTCGTTCCTTGCACTGTTTTCAAAGGTCTTCTGTGATTGGTATAGAAAAACGCGTATCTATGGAGTAAAGGGTTAAAGACGATTGCTATTGTTTTTGTCACTTTTTTCCTATGGGTAGAAATTTATGAAACTTCCCAGTATTTAAGTTTAATGTAAGTCATGCAATATCAGAAATAAAAAACACATGATACCGTACTGATTTTTTGGTTTTATCTCCTCATAAACATACCCGTCTTTGAATGTTAGCAAAATAATGTAGATTTAACAAGCACTACGAAAAAAATATTTAAAATTGTGTACATCTAGTATTTAATTAAAACTATCACATATGCACATGCAAATACTATCAATTTTCATGGAAATGGTAGTTATAAGCATGAATGTAACTGTTTAGTGTTTTTTAAAACAAAATCATTTCGACAGAGTGTCAATTTTGTAATAAAAATATAGTAATTTTTTTAATATTTTGATAACCTGTATGGATAAATTTTCGTTAAAGCCTTACAGAATAATCTCTGATATCCATTTTGATGACTATAAAAATACATTTTAACACATAATTTGAGAAAAAATAGCTCATAAAGTATGCCATTGTTAGATAAACTGCATTTGCAAAATTAACGTTTTGAGCTCTACTGGCCAAAGGCCAGAAGTGCTTATGCGATGGCGCGTTGTCTGTCGTCTGATGTCTGTCGTCTGTAGTCTGTTAGCAGCACTTTCTCTGAAACCACTAGGCCAATTAAACTGAAACTTCACATGGGTGTTTTTATTGCATAGGAGACTATACAGAAGAATTTTTTTTTTTCGATCTGAAATTCAAGATGGCCGCTGTTACTAAAAATAGTCCAAAACTTAAAAAATCTTCTTCTCATGAACGGCCCAACAGATTTTCAAAATGTTCATGTAGTAATGATGACTAACTATAGTTTTGTTAGATTTGTTTAAATGGTGTCCCTAGGATTAAATATGACCCCGCCTCGAGGGTTCAATTAGGGGACCCATGTCATTATAATATTTTATTTATTTTTTTTAAAATGGAAATGATTTTGCCTCTTTATCTTCACAGAAGTATTGTTTAGTGAAGGAGGTTCAGATTTGTAAAAATCACTGGGTTCCACTGTCTTAAGGGGTCAGGAGGGGCCCCAAAAGGGTAAAAATTAGGAATTACTAAATTCGTTTTCTTAACAACCGTTACGTCAGATTTGTTCATATTTTGCATAAATTATCCCTATGTGTAGGGGTTTGATTGCAGATATGAATTTAGGGGCTTAAATTTATAGGGGCCCTGTAAGGGGACTTATAATTTTACATAGGGATACTATGGGAAAACAGATAATTCTCTTTTCTTTCATCTGTTCTTAAACCACTAGTCCAATTAGACTGAAACTTCACATGGGTGTTTCTATTGCATAGGACACTATACAGAAGATTTTTTTTTTATCTGGAATTCAAGATGGCCGCCATTACTAAAAATAGTCCAAAACTTAAAAAATCTTCTTCTCATAAATGTCCCAACAGATTTTCAAAATGTTTATGTAGTAATGATGACCAACTATAGTTCTGTTAGATTTGTTCGAATGGTGTCCCTAGGGTAAAAAATGACCCTGCCCCGAGAATTCAATAAGGGGACACATGTCAATATAATATAATATTTTTTTCTTTTTTTTTAAATGGAAATAATTTTGCCTATATCTTCACTAAAGCATTGTTAGGTAAACGAGGTTAAGATTTGTAAAAATGACTGGTTTCCTATGTCTTAAGGGGTCAGGAGGGGCCCCAAAAGGGTACAAATTGGGAATTAGTAAAATTGTTTTCTTAAGAACCGGTATGTCAACTTTGTACATATTTGATATAAATTATCCGTAAGTGTAGGGGTTTGATTGCAGATAAGAATTTAGGGGTTAAAATATATAGGGGCCCTGTAAGGGGACTTAGAATTTTACATAGGGATACTATGGGAAAACAGAAAATTCTCTCTTTTTTTTCATTTATTCTGAAACCACTAGTCCAATTAAACTGAAACTTCACATGGATGTTTCTATTGCATAGGAGACTGTACAAAAGATTTATTTTTTCTATCTAAAATTCAAGATGGCCAATGTTACTAAAAATAGTCCAAATCTTAAAAATTCTTCTTCTCATGAACGGTCCAACAGATTTTCAAAATGTTTATGTAGTAATGATGACCAACTATAGTTTTGTTACATTTGTTCAAATGGTGTCCCTACAGTTAAAAATGACCTGCCCCAATGTTTATATTGCATGGTAGAATTTCAAAAAGTGCTATGGCCACTATGAGTCAGTAGAGCGTCCTCAGACCCTCTTGGGCCTCTTGTTATACTAAATGAGCACATTTGTAAACATATTTAGATTTCTTTTATACTTCATATTTAGGTGAAATTACTATAAACAATTATTTTAAAACAGTATGCATATTTCATATATTGAACATAATAAAAGAGACCAATTTTTAGGGTATCCGTAAATGAGTGTGCAATCTGAAATAGGGTCAGCTGTAGTATAGTAGTATGTAGTGTCTCTGGCAGGTCTGGACAAAATTGCTTCCTTTTGTGTGTGGAGTTGGTGAGTATAAAAATCTATAGCAATCGTCCTTAACAGTGAATCGAGCCGATGAGCCAAAATTGTCGGATTTATGTTTAATGTGTAGTCATATCATAACAGTTTAATGGAGTGTGCTACAAGTCCTGAACTACTAAATGCAGCCCTGAATCACTATTCAACAAATTTACCATTTTTCTACTTTTACACACAGTTTTGCACATATATTTTTATATTTATGAACAAATATTTGATATGATGTTATTTGTGTGATTACAGTGGATGTCATTCAGGGAGGTAAATTCAATCCCAAGAGGAGTGTCAGTCTGGTGAAAGACTTGACACAGGTGGAGCGTGCATGTGGTATGTTGCAACAGAAACTATCCATGGTCCTCGAGTATGTTGAAGATGTCCTCGTAAGTGATAAGAAATAGATTTGTTCATTATGAGCTACCTTTTTAACAGGTTAATCAGCAGCTATCATATTTGTTGTAACAATATATCATGTGAGTTTGCATTCCACATTACAATGTTTCTTCTCAATCTTTGAGGAATGGCCGATGCAATTAATTATTTTTGCATTGTGATACTCAAAGTTGGGAATCAAATCTACTTTTTATAATTCACGAGTAAACAAATGTTTATTGGATGAAATATTTGTTCTATCACTACTAGAGTTTCATGATTGGATGATTCTATCACTAAACTAATCATCTTATTATAGATTTATTCCTTTAATTCCCCTACAACTCATTCATGTTAAAAATATTTGAATGTTTTAAAATGAATTAACCAAACCAGACCAGAAGTAACTGCAGAGCAATGCAGGGCTTATTTTAAAACTAGCATAACAGTATTTGACTTTACAAAGCAAAAATTACTAAAAGTATATAAAGTTTCAGAGATGTGATTTTTTGGTATCGAGATCTCTAAATGGTTATATATTCTAGGTTTAAGATTACTCTACTGGACAAATGGTTATACATTTTAGGTTTCAGATTAGTTATATATTCTAGGTTTAAGATTACTCTACTGTACAAATGGTTATATATTCTAGGTTTAAGATTAGTTATATATTCTAGGCTTAAGATTTCTCTACTGTACAAATGGTTATACATTCTAGGTTTAAGATTACTCTACTGTACAAATGGTTATACATTCTAGGTTTAAGATTAGTTATATATTCTAGGTTTAAGATTACTCTACTCTACAAATGGTTATACATTCTAGGTTTAAGATTACTCTACTCTACAAATGGTTATACATTCTAGGTTTAAGATTACTCTACTCTACAAATGGTTATATATTCTAGGTTTAAGATTACTCTTCTGTACAGATACTTGTCAAATTGCCCTGTACATAGAATACATGTAAAAAGTGAAGAAAATCTAACATGTAAGTCAATATGTGTTTATTTACTTAAACAAAACAGAAAAAACAGTCAGCTATTCAATATATATGTATGTAAATATTTGCCATTGGTATACAACAGAATGGTAGAATACAGGCAGACAATGTGATGGGTCGTTTCCTCATGGATCTGGTTATGAAGGTGCCTCAGATTGAACCAGAAGAATTTGAACAGATGTTGAACTCTAATATGAAGGTAAAGAAATGCATCCAATTCAGAAGTATTGGTCATCAGTATCACTGAATGATCCTAAAAATTCAAATTGGAATGCAGCAATAGGCCTAAAAGTGCAGTGCAATACAGTTACAAAACAAATTACTGCAGTGCAATATAAAAATTACAGGACAGGTTACTGCATTGCAATAATTTACAAAATAAAGTTACTGCATTGTAATATATACTGAATGAAACAGCCAACCTGCCACAATCAGGCTGTACATAATCAATACAAAATATTCTGTTTATGTTGTATTCAAATTTTAATAATGCTACTCAATATTTTGAAAATATTGGAAATACAAAAGTGGCAGGTTAGTTGCTTCGTTCAGTACATTTATCATTGAACATAATAAGTAGAATATTTTCTTCAATTTGATATAAATATCAAGTGTTCCAGACCAGTAACACCTTGATTTAGTTAAAAAATAATTAAATTAATTTAAAAATAAGTTTGTATATTTTGAAGGGAGTGTATCAGGATTTTTCAAAATTTTAAAATTGGCCAAAACATTTTTTCCCAATATGTGCCTATAATATATAGTCGATCCCATATTGTAAAAAGAATATCTATTAAAACATGCCAAAATAATACATTAAAAGGATTTTCCAACTTGGGTTACGCGCCTAGGTTAGACTTATTAAATAGATTTCCTGCTTATATTACATATTTTGTGACATTAAATGAGTCGCGTGATTTAATTGTTGTTACTTTTTTTCAATTTAATCCATCATACAGAGTGTCATGTAATGTTTGTTTTGTCATAGAAAGAGTGAATAACAGTGTGAATGTCATCAGGCAATTTTTAAGTAATGTCTATGTTTAGAATGAGGATTTAATTTCAAGTTTACCACTTCTATTGAAATATCGATTCACGTTTGATGGATTTAATATACCAAACCATTTGGATTTGATTTACTTTTAATATAAATGAGATGCTTTTTATTCATTTTAAAATTTATTTTATCTTAAGAGATTTAAAATATTTTTATCCTGATATACTCCCTTTATTAATAGAATGAACGTGATTCTAAACTATGTTGCTCCCAATAAACACTAAATACAGTGCAAAATATTAAAATATCACAATACATTGTATGTTGGAAAATCAAAACTGTTGCAATTTATTAGTTTATTGTTGCAAAACTAGTGATTAAGTTGGTTTTGTAACTATAACATTGTCTTATTATGACAAGGTCCCTGAAATCAAATTGCTAAACAATATATGACAGCATTACAGAAATTACTGTCATTATGATAGTACATTGGTATAAGATGATGTCTTCAGATCAACAAACCTCTCATAGCTGCTTCAAGCCCTGCTTAGTCTAAATATTCTGTGTAAGTTTGCTGGTTACTTGTAGAAGGATTGTTGTTCTATTCAGGTTCATGTTTATATGCATCTGATATTTTCCTATACCAACAAAACTGGTTGTCATATATAACCTGTGTTATGTTGAAAATGGTGTCAAACCTTTTTCAAAATGAAAATCGGACTGATTTTCAAGGTCGAGAATTTTACATATAGTCTCGACAGTAACTAATGTAAACAAGACAGTACAGCTGTATAGTATTTCAGCATTTTCATTAAGTCATAGAGTGGGTGCAGTTATTTTGTGGATGGCACTATATGGCATCAAGGTCGGTTTCAGCAATCTGAAACATGGTTTTGATAATATAATCTGCCTGTGATTATAAAGATAAATTTCAATATTCAAATCTCTTTTTATGCCCTAGCCATTCAATGAGTGGTGAAGGTACATGAAGTGTTGCCTCCGTTTGCCAAATCTGTTTTGGATGAATAAACCATGAAAGGATCTATTAAAAGTATTTAATTCAATATAGTGTTTTGTGTGTACCGGTAGTTGTATATTATTTATAAGATAATAGTGTTTAATAATTGTCAAGGTTGGTCAATATTTACAGGAGTTGTGGCCCCTTTTCAGCTTAGTTTTTTGGTAAAATATACAAACATATAGCAGAGGCATATGAACACATTTCTAGTTTAACCCTTAACTCCATAGATACGTGTTTTCCCACACCAATCACAGAAGGCCTTTGAAAACAGTGCAGGAAGTGTTCAGATTGCTCGTTACGAGCAATCTGAACACTTCCTGCACTGTTTTCCACTCTGTCAGTTAATATAAACATTATTCACCCAATAATTCAAAAGCCTTCTATATAAGGTGTCCAAAGGCGTCTATATTAGAGGTGTCCAAAGGCGACTATATGAAGTAAAGGGTTAATAATGTGGTGGTACATTTAGTTAAAGACAGAAAAAGATTACACATTTCAGTTTAATTTTCAAGACCAATATATCTATTCAAAACCCATACTGTACTGTATTATTTTCTTCTTTTATTTCAGGATCTATTGATGGTTGTATATTTGGCCAACTTGACAAGAACACAGCTTGCTTTGAATGAGAAGCTCAATATCGCCGTGTAA
2273108
28
NormalizationTIF3s6b_FWD
http://owl.fish.washington.edu/kaitlyn/qPCR-data/geoduck_hemolymph-melt_curves/pooled/TIF3s6B.png
http://owl.fish.washington.edu/kaitlyn/qPCR-data/geoduck_hemolymph-melt_curves/known/TIF3s6B.png
Y (slightly wide but good peaks on all)
N
Good, approaches plateau
Wide distribution w/ unclear peak
Low, below/at threshold
81.614542
TCCCAGGGGTCGTGAGTT
P.generosaKRM1861.11159.797
Translation initiation factor 3 subunit 6-B
PGEN_.00g000750-vv0.74.a
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10894145
29
NormalizationTIF3s6b_REV145
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11038145
30
NormalizationTIF3s7_FWD
http://owl.fish.washington.edu/kaitlyn/qPCR-data/geoduck_hemolymph-melt_curves/pooled/TIF3s7.png
N
Good, but later cycles
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Y
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11879135
33
NormalizationTIF3s8_FWD-2
http://owl.fish.washington.edu/kaitlyn/qPCR-data/geoduck_hemolymph-melt_curves/pooled/TIF3s8-2.png
N
Good, approaches plateau
Broad distribution across target size
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2660124
34
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36
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2760112
37
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2872112
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NormalizationRPL5_v3_FWD108
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4321108
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NormalizationRPL5_v3_REV108
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40
Normalization
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42
Normalization
TIF3s6b_v3_FWD
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8002111
43
Normalization
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