oyster.v9_M.fa.s23.2.7.7.80.10.50.500.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.04

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold471
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  1282308

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
693747--693780	17	2.1	16	94	5	59	5	0	29	64	1.17
693750--693787	17	2.2	17	86	9	51	5	0	34	60	1.19
697865--698523	168	3.9	168	88	0	969	33	18	18	29	1.95
697865--698523	337	2.0	336	90	1	1052	33	18	18	29	1.95
701745--701842	49	2.0	49	100	0	196	36	16	8	38	1.78
704220--704271	2	26.0	2	100	0	104	50	50	0	0	1.00
709846--710587	34	21.5	34	80	5	684	22	27	19	30	1.98
710313--710549	110	2.2	110	84	4	315	21	28	18	31	1.97
712559--712600	21	1.9	22	85	9	59	47	4	11	35	1.61
716049--716078	8	3.9	8	91	8	53	36	10	0	53	1.35
716049--716077	15	1.9	15	100	0	58	37	6	0	55	1.27
723021--723503	239	2.0	239	99	0	957	33	12	14	38	1.84
725277--725319	21	2.0	21	90	0	68	27	11	6	53	1.63
725319--725482	21	8.2	21	76	13	166	58	7	9	23	1.56
726670--726697	14	2.0	14	100	0	56	21	71	0	7	1.09
741908--741985	38	2.1	35	83	6	93	19	7	25	47	1.76
744025--744207	84	2.2	84	95	1	330	31	22	10	36	1.88
767451--767476	5	5.2	5	100	0	52	38	0	23	38	1.55
772637--772670	16	2.1	16	94	0	59	38	5	17	38	1.74
773443--773508	22	3.0	21	76	8	60	21	30	19	28	1.98
804228--804406	56	3.1	59	84	7	249	45	15	21	17	1.86
805640--805696	18	3.1	18	80	14	62	52	8	1	36	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
805906--806047	15	8.9	15	70	19	83	47	12	3	35	1.59
805908--806062	50	3.1	48	72	17	131	45	12	4	37	1.62
806011--806045	18	1.9	18	94	0	61	51	8	0	40	1.33
805906--806133	98	2.4	98	85	4	295	45	11	4	37	1.62
806083--806133	15	3.3	15	80	5	57	47	9	3	39	1.55
806359--806411	20	2.6	20	84	0	70	41	15	3	39	1.65
807060--807581	177	2.9	176	86	4	712	33	26	16	23	1.95
807355--807394	19	2.1	19	90	0	62	37	37	2	22	1.68
807719--807750	6	5.3	6	92	0	55	15	50	34	0	1.45
815799--815903	48	2.1	49	85	7	140	35	20	10	34	1.87
818803--818854	11	4.7	11	95	0	95	30	9	32	26	1.89
818886--818914	11	2.6	11	100	0	58	31	10	31	27	1.90
818980--819011	11	2.9	11	95	0	55	34	9	28	28	1.88
819017--819055	11	3.6	11	82	6	53	30	23	7	38	1.83
819481--819549	19	3.6	19	84	0	75	33	23	13	30	1.92
819426--819615	97	2.0	97	97	0	362	31	19	15	34	1.93
820219--820303	21	4.0	22	96	3	149	37	37	9	15	1.80
820219--820303	11	8.0	11	92	7	149	37	37	9	15	1.80
820219--820305	32	2.8	32	94	5	135	37	37	9	14	1.79
821018--821154	11	13.0	11	79	11	162	19	8	33	37	1.83
821018--821154	21	6.5	22	83	9	162	19	8	33	37	1.83
821018--821154	32	4.3	32	81	9	149	19	8	33	37	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
821016--821141	52	2.4	53	81	9	150	19	8	33	38	1.83
822119--822216	4	24.5	4	100	0	196	50	0	24	25	1.50
838631--838665	12	2.9	12	86	0	52	0	0	11	88	0.51
840011--840104	5	18.8	5	75	19	72	2	1	17	79	0.88
840016--840106	8	11.2	8	69	16	55	2	1	16	80	0.88
840050--840106	24	2.2	24	84	9	69	0	0	17	82	0.67
842223--842404	89	2.0	89	97	0	346	33	18	19	28	1.95
847641--847686	12	3.9	12	80	5	58	21	2	36	39	1.66
847640--847684	23	2.0	23	90	0	72	22	2	35	40	1.66
848738--848762	13	1.9	13	100	0	50	16	0	0	84	0.63
852455--852500	23	2.0	23	91	0	74	36	32	2	28	1.69
853037--853066	2	15.0	2	92	0	51	0	53	0	46	1.00
874560--874624	33	2.0	33	100	0	130	40	6	7	46	1.58
875173--875579	202	2.0	202	99	0	796	36	12	18	33	1.88
877459--877498	18	2.3	18	91	4	64	55	0	0	45	0.99
891285--891755	159	3.0	158	81	5	538	30	13	17	38	1.89
893038--893108	21	3.4	21	94	1	117	8	22	11	57	1.60
894471--894519	2	24.5	2	91	0	80	0	44	4	51	1.20
895584--895608	13	1.9	13	100	0	50	32	4	16	48	1.64
903317--903356	21	1.9	21	84	0	53	7	17	25	50	1.72
906027--906075	25	2.0	25	100	0	98	44	14	12	28	1.81
913119--913465	166	2.1	165	95	0	622	31	14	21	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
914301--914365	4	16.0	4	87	9	55	0	1	20	78	0.83
914303--914365	5	13.2	5	84	14	64	0	1	19	79	0.82
916259--916318	31	1.9	32	93	3	104	38	10	20	31	1.85
917326--917358	2	16.5	2	100	0	66	0	48	0	51	1.00
919030--919615	168	3.5	168	89	1	838	31	19	19	29	1.97
926919--926948	2	15.0	2	92	0	51	0	46	0	53	1.00
942406--942596	31	6.2	31	83	2	213	26	8	24	40	1.84
944375--944418	18	2.4	18	81	7	54	63	11	4	20	1.44
944509--945496	64	15.3	66	84	8	1057	43	17	17	21	1.88
944492--945496	33	31.2	33	89	5	1298	43	17	17	21	1.88
944492--945492	128	7.8	128	88	4	1360	43	17	17	21	1.88
944509--945492	225	4.4	221	87	6	1276	43	17	17	21	1.88
952985--953447	167	2.8	165	87	4	621	29	17	14	38	1.89
960483--960879	215	1.9	214	98	0	767	32	14	16	36	1.89
963974--963998	12	2.1	12	100	0	50	40	8	20	32	1.81
966867--966917	24	2.1	24	100	0	102	29	15	15	39	1.89
972197--972240	2	22.0	2	100	0	88	0	50	0	50	1.00
973746--973805	2	30.0	2	90	6	86	5	46	0	48	1.24
975553--975614	2	31.0	2	100	0	124	0	50	0	50	1.00
981311--981344	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
982977--983001	4	6.2	4	100	0	50	0	24	28	48	1.52
985247--985280	16	2.0	18	88	11	54	50	17	0	32	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
989811--990531	180	4.0	180	94	0	1244	29	15	17	37	1.91
995932--997068	433	2.6	438	89	4	1625	27	15	23	33	1.95
999686--999725	15	2.7	15	84	3	55	7	27	0	65	1.20
1001876--1001964	2	45.0	2	90	2	144	1	48	0	50	1.08
1011643--1011668	12	2.2	12	100	0	52	7	34	7	50	1.60
1011898--1011943	2	23.0	2	100	0	92	0	50	0	50	1.00
1012665--1012742	24	3.5	22	79	8	86	32	32	6	29	1.83
1012860--1012954	21	4.4	21	84	6	118	31	33	6	28	1.82
1012849--1012954	44	2.4	43	87	6	151	31	33	7	28	1.85
1012877--1012968	21	4.2	21	84	8	73	32	31	6	29	1.83
1015278--1015348	2	35.5	2	100	0	142	0	50	0	49	1.00
1016479--1016507	2	14.5	2	100	0	58	0	51	0	48	1.00
1016933--1016961	13	2.1	14	93	6	51	51	6	27	13	1.66
1024056--1024116	2	28.5	2	81	3	59	4	45	3	45	1.41
1027655--1027679	13	1.9	13	100	0	50	8	20	0	72	1.10
1033565--1033667	21	4.8	21	75	16	86	26	11	23	38	1.89
1040038--1040094	18	3.1	18	80	14	62	52	8	1	36	1.43
1041844--1041875	6	5.3	6	100	0	64	18	46	34	0	1.49
1046160--1046257	48	2.0	48	100	0	196	30	20	9	39	1.84
1057611--1057723	55	2.1	55	96	0	208	35	15	20	29	1.93
1070302--1070336	12	2.9	12	95	0	61	31	25	42	0	1.55
1070306--1070336	4	7.8	4	92	0	53	29	25	45	0	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1073618--1073655	4	9.8	4	88	5	60	28	26	44	0	1.54
1077704--1078661	167	5.8	166	88	2	1363	38	15	16	29	1.90
1085684--1085737	20	2.5	20	79	8	54	0	7	12	79	0.92
1086935--1086976	20	2.2	19	91	4	66	73	0	0	26	0.83
1086944--1086976	14	2.2	15	89	10	50	75	0	0	24	0.80
1087205--1087242	4	9.8	4	85	5	51	0	2	18	78	0.86
1087214--1087249	11	3.2	11	92	4	54	0	0	13	86	0.58
1087214--1087251	12	3.2	12	85	7	51	0	0	15	84	0.63
1102272--1102367	42	2.3	42	80	8	97	35	21	14	28	1.93
1109541--1109566	11	2.4	11	100	0	52	34	19	15	30	1.93

Tables:   1   2   3   4