oyster.v9_M.fa.s32.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.04

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold156
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  1175753

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 333 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
430--683	4	66.0	4	75	10	127	0	33	15	50	1.48
449--495	14	3.4	14	81	0	67	0	25	19	55	1.43
447--723	28	9.4	28	76	10	176	0	34	14	50	1.45
424--725	8	37.8	8	76	10	206	0	34	14	50	1.46
501--727	4	56.8	4	79	0	157	0	36	12	50	1.44
3961--4033	35	2.1	35	89	0	110	31	5	28	34	1.80
3996--4057	24	2.6	24	89	5	99	32	4	29	33	1.78
4020--4090	35	2.0	35	86	5	99	32	2	26	38	1.71
4055--4242	24	7.8	24	76	12	127	33	4	26	35	1.77
4055--4592	48	11.5	47	76	14	365	33	5	27	33	1.80
4162--4263	11	8.5	12	72	12	50	28	5	33	32	1.81
4244--4592	24	14.5	24	85	7	440	33	5	28	32	1.80
3959--4301	59	5.8	59	71	16	217	33	4	27	34	1.78
3998--4528	155	3.5	155	78	11	372	33	5	27	33	1.79
4365--4458	13	7.8	12	69	14	50	28	5	31	34	1.80
5732--6190	24	18.5	24	81	5	427	29	6	28	35	1.82
5791--6181	74	5.2	76	82	6	435	29	6	28	35	1.82
5971--6015	13	3.5	13	76	11	56	24	6	31	37	1.81
5843--6190	100	3.5	100	95	2	592	29	6	29	34	1.83
5791--6190	24	16.0	26	82	5	431	29	6	29	35	1.82
7497--7652	35	4.5	35	78	3	163	28	12	16	42	1.84
7505--7652	70	2.1	69	88	1	215	28	12	16	43	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9365--9632	92	3.0	92	93	2	445	30	16	17	36	1.91
11101--11527	37	11.5	37	95	0	755	31	12	25	29	1.93
16359--16387	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
20539--20668	34	3.8	34	93	2	199	33	8	10	47	1.67
21737--21781	2	22.5	2	90	0	72	55	0	44	0	0.99
21737--21781	18	2.5	18	100	0	90	55	0	44	0	0.99
27561--27604	22	2.0	22	100	0	88	36	9	40	13	1.76
28521--28560	19	2.1	19	85	0	53	27	10	32	30	1.89
30616--30648	17	1.9	17	93	0	57	30	6	12	51	1.63
32852--32883	2	16.5	2	93	6	57	0	53	0	46	1.00
35541--35573	17	1.9	17	100	0	66	69	12	12	6	1.35
42216--42248	16	2.1	16	94	0	57	27	15	12	45	1.81
45616--45664	15	3.0	16	85	8	64	87	4	0	8	0.65
45616--45660	18	2.4	19	88	7	65	91	2	0	6	0.50
45616--45660	1	45.0	1	81	0	54	91	2	0	6	0.50
52775--53590	166	4.9	166	92	0	1310	27	23	16	32	1.96
54823--54867	21	2.2	20	84	4	54	55	20	8	15	1.66
55055--55120	22	3.0	22	90	0	105	22	28	13	34	1.92
58597--58854	45	5.8	44	89	3	358	12	14	32	39	1.84
61771--61808	2	19.0	2	88	0	58	47	0	47	5	1.24
84686--84897	105	2.0	105	99	0	415	32	15	15	36	1.89
99337--99374	20	1.9	20	94	0	67	44	10	2	42	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100368--100401	18	1.9	18	88	5	52	32	11	2	52	1.53
100588--100715	63	2.0	63	95	0	229	35	13	10	40	1.78
100749--100811	2	31.5	2	100	0	126	49	0	50	0	1.00
113170--113315	54	2.7	54	81	0	184	19	21	17	41	1.90
115307--116600	166	7.8	166	89	1	1903	38	15	17	28	1.90
115307--116600	500	2.6	500	93	1	2143	38	15	17	28	1.90
116624--116677	4	13.5	4	88	0	54	37	25	37	0	1.57
116627--116685	12	5.2	12	80	15	63	40	25	33	0	1.56
116624--116677	16	3.4	16	92	0	90	37	25	37	0	1.57
116906--116952	21	2.4	20	75	7	51	46	14	23	14	1.82
124331--124381	11	4.7	11	80	2	59	27	25	11	35	1.91
124331--124381	22	2.4	22	90	3	77	27	25	11	35	1.91
124752--124797	2	23.0	2	100	0	92	0	50	0	50	1.00
125066--125515	172	2.6	171	91	2	708	28	20	15	36	1.92
125620--125667	4	12.0	4	77	0	51	27	33	39	0	1.57
125620--125662	16	2.7	16	81	0	59	27	34	37	0	1.57
127107--127149	11	3.9	11	84	0	59	32	9	30	27	1.88
134515--134563	24	2.2	22	82	17	57	40	8	4	46	1.52
135058--135083	5	5.2	5	100	0	52	38	23	38	0	1.55
142170--142195	5	5.2	5	100	0	52	0	38	23	38	1.55
144314--144375	2	31.0	2	100	0	124	50	0	50	0	1.00
152043--152069	13	2.1	13	100	0	54	22	29	11	37	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152725--152764	20	2.0	20	90	9	64	45	15	5	35	1.68
153468--153521	20	2.7	20	85	0	63	44	12	5	37	1.66
153757--154181	177	2.4	177	88	1	638	34	24	16	24	1.95
154020--154067	19	2.5	19	82	0	60	33	39	4	22	1.74
164047--164090	18	2.4	18	96	0	79	34	25	13	27	1.93
166713--166792	41	2.0	41	97	0	151	35	21	12	31	1.90
166756--166924	55	3.1	55	98	0	320	33	18	15	31	1.93
170798--170844	23	2.0	24	83	4	60	44	10	10	34	1.74
171090--171130	17	2.6	16	88	7	57	21	17	19	41	1.90
173578--173924	174	2.0	171	88	5	520	31	13	20	34	1.91
179790--179824	18	1.9	18	88	0	52	65	17	0	17	1.27
199576--199645	2	35.0	2	97	0	131	48	0	51	0	1.00
200623--200651	2	14.5	2	100	0	58	48	0	51	0	1.00
206494--206531	17	2.4	16	91	8	60	31	23	26	18	1.97
222939--222968	15	2.0	15	100	0	60	20	40	13	26	1.89
222952--223231	51	5.5	50	78	6	305	42	24	14	18	1.87
222954--223226	102	2.7	102	93	2	451	42	24	14	18	1.88
224660--224694	15	2.3	15	95	0	61	25	25	17	31	1.97
232019--232052	16	2.1	16	88	0	50	47	23	0	29	1.52
239842--239920	32	2.4	32	93	2	140	27	29	17	25	1.98
245627--247233	32	50.1	32	91	0	2586	26	6	29	36	1.83
248429--248554	60	2.1	60	95	0	225	46	14	13	25	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
258754--258811	28	2.1	28	96	0	107	24	29	22	24	1.99
261145--261246	36	2.8	36	86	1	123	30	21	23	24	1.99
261543--261578	16	2.2	16	100	0	72	41	19	11	27	1.85
264617--264667	2	25.5	2	100	0	102	50	0	49	0	1.00
265518--265558	10	4.4	10	82	14	52	29	46	0	24	1.53
265518--265559	14	3.1	13	83	10	57	28	45	0	26	1.54
269300--269513	19	11.3	19	91	0	329	43	29	10	16	1.81
269300--269510	57	3.7	57	96	1	379	43	29	10	17	1.82
280435--280503	27	2.7	25	84	10	86	31	0	0	68	0.90
280435--280509	24	3.0	24	75	12	71	30	1	0	68	0.98
295089--296171	166	6.5	165	85	4	1384	26	23	15	34	1.95
295089--296171	327	3.3	326	88	3	1503	26	23	15	34	1.95
296294--296326	9	3.8	9	96	4	59	30	0	9	60	1.27
298115--298148	8	4.4	8	88	7	52	35	26	38	0	1.57
321121--321197	30	2.6	30	91	0	118	11	37	7	42	1.70
321592--321630	18	2.2	17	86	9	51	7	23	0	69	1.14
329008--329044	18	2.0	18	89	5	56	32	32	29	5	1.80
331580--331609	2	15.0	2	92	0	51	50	0	46	3	1.18
333924--333962	13	3.2	13	82	14	55	43	7	10	38	1.67
346503--346530	14	2.0	14	100	0	56	14	42	0	42	1.45
355819--355857	10	3.9	10	86	0	60	41	0	30	28	1.57
356261--356359	48	2.1	48	98	0	189	40	21	6	32	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
359139--359183	18	2.5	19	89	7	67	37	13	13	35	1.84
361540--361582	19	2.3	19	84	11	54	34	2	6	55	1.39
365973--365998	13	2.0	13	100	0	52	46	7	15	30	1.74
374374--374832	180	2.6	180	92	0	776	38	17	14	30	1.89
384695--384802	45	2.4	45	84	0	144	37	19	12	29	1.89
393200--393274	21	3.6	21	96	0	132	25	8	26	40	1.83
393298--393331	10	3.4	10	100	0	68	20	8	29	41	1.82
393527--393581	21	2.6	21	100	0	110	27	18	20	34	1.95
394928--395141	107	2.0	107	96	0	392	42	8	16	33	1.78
408882--408966	2	42.5	2	95	0	152	49	2	48	0	1.14

Tables:   1   2   3