oyster.v9_M.fa.s38.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.04

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold204
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  1152859

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 357 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3078--3108	4	8.0	4	92	7	55	77	0	0	22	0.77
3082--3145	7	8.7	7	80	11	58	78	0	4	17	0.92
17351--17381	12	2.7	12	95	5	55	48	6	25	19	1.72
18938--18974	19	1.9	19	89	10	58	32	10	18	37	1.86
23420--23491	21	3.4	21	80	0	81	43	15	16	25	1.87
23561--23731	21	8.1	21	82	2	164	33	14	14	38	1.86
23561--23731	42	4.1	42	81	3	200	33	14	14	38	1.86
23561--23722	63	2.6	63	86	2	209	32	14	14	38	1.87
23764--23946	21	8.7	21	77	7	174	37	14	16	31	1.89
23730--23883	42	3.5	45	78	12	115	38	16	14	30	1.89
24031--24117	21	4.2	21	82	1	95	27	14	11	45	1.80
34944--36331	166	8.4	166	92	1	2077	27	22	16	33	1.96
34962--36331	499	2.7	498	89	2	2070	27	22	16	33	1.96
38035--38078	2	22.0	2	100	0	88	0	50	0	50	1.00
55060--55114	20	2.7	20	91	2	92	47	21	0	30	1.51
68726--69151	161	2.7	161	87	1	615	37	20	12	28	1.90
72021--72274	38	6.7	38	82	1	276	27	17	16	38	1.91
72052--72274	114	2.0	114	86	3	315	27	17	16	39	1.90
72188--72373	99	1.9	100	85	3	259	30	18	13	37	1.89
72288--72411	38	3.3	38	78	3	126	30	21	12	35	1.90
72150--72464	137	2.3	138	81	3	364	29	20	13	37	1.91
72676--72719	19	2.3	19	96	0	79	43	13	0	43	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74039--74232	97	2.0	95	94	4	336	32	15	9	42	1.79
75989--76932	39	24.0	39	96	0	1656	28	20	19	31	1.97
77763--77987	55	4.1	55	91	0	369	21	18	27	32	1.96
83782--83833	26	2.0	26	96	0	95	48	7	7	36	1.61
83845--83883	16	2.6	16	88	11	57	38	23	0	38	1.55
87612--88197	56	10.3	56	91	2	947	38	14	29	17	1.90
92202--92281	33	2.4	32	79	8	88	16	32	18	32	1.93
112169--112223	2	28.0	2	96	3	103	0	50	0	49	1.00
116485--116821	167	2.0	167	100	0	674	22	27	24	25	2.00
121296--121334	2	20.0	2	94	5	71	0	51	0	48	1.00
138972--139017	2	23.0	2	100	0	92	50	0	50	0	1.00
142487--142612	21	6.0	21	82	3	146	36	12	16	34	1.87
142487--142612	42	3.0	41	84	4	171	36	12	16	34	1.87
142512--142630	63	1.9	63	82	3	150	36	14	15	32	1.88
142697--142778	21	4.0	20	79	6	92	28	17	13	41	1.87
142692--142776	42	2.0	42	86	4	118	29	16	12	41	1.86
143637--143773	57	2.4	57	92	2	222	29	21	16	33	1.95
150095--150166	21	3.4	21	77	11	85	23	15	19	41	1.89
150264--150403	42	3.4	42	80	4	140	39	18	13	28	1.89
150262--150403	21	6.8	21	74	1	106	38	19	13	28	1.89
150452--150612	21	7.7	21	76	2	135	28	12	16	42	1.84
150456--150620	42	3.9	42	90	1	242	28	12	15	43	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150470--150620	21	7.2	21	75	5	144	26	13	15	43	1.85
150712--150805	21	4.5	21	77	5	91	41	15	13	28	1.86
152361--152411	2	25.5	2	100	0	102	0	50	0	49	1.00
155370--155394	13	1.9	13	100	0	50	8	16	36	40	1.77
156712--156757	23	2.0	23	86	0	65	36	32	6	23	1.81
162658--162753	5	19.4	5	85	8	126	58	21	16	3	1.52
162935--163036	5	20.2	5	82	6	125	3	15	24	55	1.57
162935--163036	20	5.0	20	87	1	141	3	15	24	55	1.57
167675--167715	2	20.5	2	100	0	82	0	51	0	48	1.00
170948--170974	1	27.0	1	100	0	54	100	0	0	0	0.00
171033--171057	2	12.5	2	100	0	50	0	52	0	48	1.00
174091--175041	161	6.0	161	88	3	1350	34	19	14	31	1.92
174089--175041	311	3.0	317	88	4	1375	34	19	14	31	1.92
175056--175085	8	3.8	8	95	0	51	33	40	26	0	1.57
179137--179165	10	2.9	10	100	0	58	82	0	0	17	0.66
184477--185082	37	17.2	37	71	14	408	14	26	14	44	1.83
184658--184726	33	2.1	33	86	5	95	15	24	13	46	1.82
184851--185082	102	2.3	102	92	1	376	13	28	14	43	1.84
189773--189835	2	31.5	2	100	0	126	49	0	50	0	1.00
221391--221431	17	2.6	16	88	7	57	21	17	19	41	1.90
224464--224507	21	2.1	21	100	0	88	29	11	9	50	1.69
231311--231340	12	2.5	12	100	0	60	46	0	6	46	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
236801--236859	8	7.4	8	82	0	64	1	35	25	37	1.66
236813--236863	4	12.8	4	91	0	66	0	33	25	41	1.56
236800--236864	16	4.1	16	87	0	94	1	36	24	36	1.65
236809--236859	12	4.2	12	87	0	75	0	35	25	39	1.56
239301--239339	12	3.2	12	100	0	78	33	10	7	48	1.66
239301--239356	24	2.3	24	87	6	78	33	12	7	46	1.69
244077--244114	2	19.0	2	100	0	76	0	50	0	50	1.00
249933--249963	15	2.1	15	93	0	53	29	16	12	41	1.85
251598--251999	186	2.2	181	89	3	608	30	16	16	36	1.91
253252--253301	21	2.4	21	83	6	57	32	40	16	12	1.84
258788--258812	11	2.3	11	100	0	50	40	16	20	24	1.91
261499--261523	12	2.1	12	100	0	50	92	8	0	0	0.40
264199--264238	16	2.5	15	88	12	53	20	0	12	67	1.22
265550--265580	2	15.5	2	100	0	62	0	51	0	48	1.00
265847--265895	16	3.2	16	66	16	50	42	20	10	26	1.84
266137--266170	10	3.4	10	87	0	50	41	29	8	20	1.82
266137--266170	15	2.3	15	94	0	59	41	29	8	20	1.82
269522--269600	4	19.8	4	100	0	158	25	24	0	50	1.49
272282--272313	14	2.4	14	94	5	57	0	6	9	84	0.78
277046--277082	19	2.0	19	89	5	58	48	5	0	45	1.25
280790--280869	41	2.0	41	89	0	124	47	12	18	21	1.81
283700--284043	166	2.1	166	89	1	519	28	23	15	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
284217--284257	6	7.0	6	81	13	50	46	31	21	0	1.52
288547--288598	2	26.0	2	96	0	95	0	48	0	51	1.00
289513--289551	19	2.1	19	100	0	78	28	10	5	56	1.54
289624--289743	60	2.0	60	98	0	231	40	8	13	37	1.74
292143--292196	2	27.0	2	100	0	108	0	50	0	50	1.00
294173--294235	32	1.9	33	90	3	101	34	17	0	47	1.48
294211--294263	4	13.2	4	95	0	97	22	24	1	50	1.59
294211--294285	16	4.7	16	88	0	87	25	20	4	50	1.65
297976--298039	32	2.0	32	100	0	128	37	15	12	34	1.85
306427--306972	180	3.0	180	94	2	936	31	14	17	36	1.90
313460--313484	13	1.9	13	100	0	50	60	8	8	24	1.52
317440--317486	2	23.5	2	100	0	94	0	51	0	48	1.00
319197--319224	14	2.0	14	100	0	56	42	7	14	35	1.73
330159--330215	30	1.9	30	88	0	87	29	17	15	36	1.91
333216--333273	4	14.8	4	85	3	73	32	25	41	0	1.56
333216--333267	16	3.2	16	91	0	86	32	25	42	0	1.55
333580--333608	11	2.6	11	100	0	58	27	31	10	31	1.90
333640--333693	11	4.9	11	90	0	90	27	31	9	31	1.88
334933--334972	11	3.7	11	90	3	55	25	30	10	35	1.88
335408--335468	22	2.8	22	78	9	70	42	14	24	18	1.88
335461--335499	11	3.6	11	86	3	53	33	10	25	30	1.89
335569--335608	11	3.8	10	87	9	53	27	27	10	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
337392--337680	21	13.8	21	76	11	227	32	18	20	28	1.96
337399--337669	105	2.6	105	84	5	363	32	18	20	29	1.96
338535--338625	42	2.2	42	91	0	146	29	17	23	29	1.97
338556--338691	63	2.2	62	77	5	148	28	18	21	31	1.97
338528--338690	21	7.8	21	70	5	105	27	17	21	33	1.96
344153--344183	2	16.0	2	93	6	55	48	0	51	0	1.00
348917--348990	36	2.1	36	94	0	130	18	20	18	41	1.90
348948--349062	54	2.1	54	93	0	194	15	15	14	53	1.73
350634--351575	426	2.2	430	82	4	1120	32	19	15	32	1.93
350634--351759	426	2.6	427	79	7	966	33	19	15	32	1.93

Tables:   1   2   3