oyster.v9_M.fa.s50.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.04

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold1423
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  1072665

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 360 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10559--10583	13	1.9	13	100	0	50	40	0	8	52	1.31
14838--15190	180	2.0	180	89	1	537	39	15	12	31	1.85
15275--16018	179	4.1	180	93	1	1215	37	17	14	31	1.89
15276--16014	359	2.1	358	93	2	1257	36	17	14	31	1.90
18565--18756	42	4.6	42	76	11	160	20	15	29	35	1.93
18608--18751	63	2.3	63	81	4	175	20	16	29	34	1.94
18570--18758	21	9.0	21	83	6	145	20	15	29	34	1.93
24067--24384	168	1.9	168	81	2	388	29	20	19	30	1.97
26616--26972	37	9.7	37	85	1	430	38	6	24	29	1.81
26616--26961	147	2.3	148	86	1	453	39	6	25	28	1.82
27187--27470	37	7.6	37	78	8	261	36	8	24	30	1.85
27216--27425	111	1.9	111	88	0	321	33	8	25	32	1.85
31914--31989	31	2.4	32	91	2	118	34	25	25	15	1.95
47529--47632	47	2.1	48	85	5	138	36	16	2	44	1.63
50896--50956	18	3.4	18	88	0	77	18	3	59	19	1.52
50907--50992	36	2.4	36	86	0	118	16	2	58	23	1.50
50925--50989	18	3.6	18	93	0	112	18	1	55	24	1.51
50931--51005	36	2.1	36	82	5	89	16	4	60	20	1.52
51009--51038	3	10.0	3	100	0	60	33	0	66	0	0.92
51275--51319	15	3.0	15	83	6	56	20	0	62	17	1.33
51298--51322	12	2.1	12	100	0	50	24	0	48	28	1.52
52245--52271	3	9.0	3	100	0	54	33	0	66	0	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52408--52669	18	14.6	18	76	1	157	11	11	55	21	1.67
53492--53559	2	34.0	2	100	0	136	50	0	50	0	1.00
54723--54780	15	3.9	15	84	8	73	13	32	36	17	1.89
54769--54847	30	2.7	28	77	11	86	25	21	32	20	1.97
56353--56472	57	2.1	57	93	0	204	13	34	28	24	1.93
64980--65503	54	9.7	54	84	3	565	20	23	25	30	1.98
65863--66007	21	6.9	21	83	6	186	60	8	6	23	1.51
65867--66007	63	2.2	63	89	2	221	60	8	7	23	1.50
66963--67056	2	47.0	2	91	4	154	1	48	0	48	1.08
69606--69641	3	12.0	3	100	0	72	33	0	66	0	0.92
70023--70083	3	20.3	3	84	0	59	21	3	67	8	1.32
70031--70093	15	4.2	15	87	0	81	19	1	69	9	1.24
78662--78978	158	2.0	158	100	0	634	37	16	15	30	1.89
79232--79701	34	13.8	34	95	0	823	23	27	28	19	1.98
80319--80434	31	3.5	33	82	9	105	26	17	25	31	1.97
80345--80437	31	3.0	31	91	0	150	29	17	25	27	1.97
80440--80508	31	2.2	31	89	0	102	28	18	26	26	1.98
80469--80556	44	2.0	44	88	0	131	27	15	28	28	1.96
80516--80740	31	7.1	31	73	7	164	27	19	22	31	1.98
80366--80581	75	2.9	75	89	0	315	27	17	26	27	1.98
80625--80760	62	2.2	62	81	0	146	28	18	22	30	1.97
80625--80760	31	4.4	30	77	5	119	28	18	22	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81076--81111	1	36.0	1	100	0	72	100	0	0	0	0.00
81178--81221	14	3.1	14	86	3	61	84	15	0	0	0.63
82464--82533	2	35.0	2	100	0	140	50	0	50	0	1.00
82569--82603	2	17.5	2	93	0	61	48	0	48	2	1.16
84639--84697	15	3.9	15	84	0	82	37	27	22	13	1.91
87098--87137	2	20.0	2	100	0	80	50	0	50	0	1.00
88708--88790	26	3.2	26	81	10	82	31	22	10	34	1.89
88741--88789	25	2.0	25	88	8	73	32	24	12	30	1.92
92798--92845	2	24.0	2	100	0	96	0	50	0	50	1.00
95544--96000	77	5.9	77	99	0	905	31	20	22	25	1.98
98164--98207	1	44.0	1	81	0	52	0	0	90	6	0.39
98743--98866	62	2.0	62	93	3	214	33	27	23	16	1.95
106016--106053	12	3.2	12	84	0	58	18	60	18	2	1.48
108572--108623	14	3.5	15	71	7	52	80	9	5	3	0.99
108809--108864	2	28.0	2	100	0	112	0	50	0	50	1.00
111102--111148	12	3.9	12	75	10	51	0	34	23	42	1.54
111093--111140	24	2.0	24	91	0	78	2	35	22	39	1.66
112154--112187	17	1.9	18	88	5	52	0	5	14	79	0.91
112166--112190	12	2.1	12	100	0	50	0	0	20	80	0.72
114414--114463	12	4.2	12	82	10	66	22	60	16	2	1.46
119359--119391	17	2.0	17	94	5	59	30	6	9	54	1.56
123253--123279	2	13.5	2	100	0	54	48	0	51	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125844--125870	2	13.5	2	100	0	54	48	0	51	0	1.00
143478--143517	1	40.0	1	100	0	80	0	0	100	0	0.00
143517--143560	2	22.0	2	100	0	88	50	0	50	0	1.00
151386--151757	180	2.0	183	91	2	597	30	14	17	37	1.90
155134--155194	18	3.4	18	88	8	97	45	22	9	21	1.81
155134--155202	18	3.8	18	86	0	93	49	23	8	18	1.75
155134--155202	36	1.9	36	90	0	111	49	23	8	18	1.75
155186--155712	34	15.4	34	87	1	615	40	15	16	26	1.88
160499--160648	35	4.4	34	94	0	246	39	16	18	26	1.91
160528--160715	69	2.7	69	82	2	207	43	15	13	27	1.85
161376--161467	34	2.7	34	87	0	139	39	16	13	31	1.86
163455--163550	2	48.5	2	83	10	90	47	3	43	5	1.41
165828--165887	2	30.0	2	100	0	120	50	0	50	0	1.00
170369--170409	18	2.3	18	95	0	73	43	7	7	41	1.60
174091--174253	65	2.5	64	85	9	195	43	23	17	15	1.87
174385--174684	42	7.1	42	89	6	421	34	10	15	39	1.82
174385--174684	126	2.4	125	90	3	467	34	10	15	39	1.82
174584--174650	21	3.2	21	65	23	59	32	8	16	41	1.79
174385--174684	84	3.6	84	92	2	480	34	10	15	39	1.82
174983--175133	54	2.8	54	97	0	284	32	23	4	39	1.75
177537--177565	15	1.9	15	100	0	58	41	13	0	44	1.44
178157--178253	46	2.1	46	94	1	169	27	13	16	42	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
182050--182123	22	3.4	22	82	0	94	17	28	25	28	1.98
212440--212485	18	2.6	18	82	0	65	19	30	17	32	1.95
212440--212530	18	5.2	18	71	7	62	16	27	18	37	1.92
215165--216166	436	2.3	436	87	2	1411	29	15	16	38	1.91
217360--217474	59	1.9	59	96	0	212	45	16	18	20	1.86
218351--218387	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00
221876--221911	18	2.0	18	94	0	63	22	25	22	30	1.99
225647--225690	23	1.9	23	90	0	70	40	13	25	20	1.89
226017--226057	21	2.0	21	90	0	64	43	21	19	14	1.87
226813--226839	13	2.1	13	100	0	54	55	14	14	14	1.70
231509--231579	32	2.2	33	92	5	126	32	16	16	33	1.92
235770--235799	15	1.9	16	93	6	53	36	6	3	53	1.44
242910--242947	20	1.9	20	94	0	67	34	18	34	13	1.89
243090--243133	21	2.1	21	86	0	61	29	22	31	15	1.95
260550--260700	59	2.7	56	90	8	245	46	19	15	18	1.84
269369--269732	49	6.9	56	80	15	440	46	20	16	16	1.83
269427--269731	49	6.0	50	90	7	492	46	20	16	16	1.84
269369--269732	100	3.5	101	91	5	561	46	20	16	16	1.83
273070--273129	31	1.9	31	93	0	102	35	26	16	21	1.95
274709--274760	2	26.0	2	100	0	104	0	50	0	50	1.00
289693--290041	49	7.0	49	95	4	621	46	20	16	16	1.84
289703--290041	99	3.4	99	97	2	637	46	20	16	16	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
294894--294922	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
294923--295020	48	2.0	48	100	0	196	46	20	16	16	1.83
296011--296054	2	22.0	2	100	0	88	0	50	0	50	1.00
306181--306206	5	5.2	5	100	0	52	38	23	38	0	1.55
307368--307398	16	1.9	16	93	0	53	25	19	12	41	1.87
321552--321614	31	2.0	31	96	0	117	39	20	11	28	1.87
331194--331231	2	19.0	2	94	0	67	0	47	0	52	1.00
340852--340881	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
341193--341317	49	2.5	51	80	10	134	43	16	15	25	1.86
342393--342432	1	40.0	1	89	0	62	95	2	2	0	0.34

Tables:   1   2   3