oyster.v9_M.fa.s58.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.04

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold1017
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  1024007

Tables:   1   2   3   4   

This is table  1  of  4  ( 364 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1402--1437	11	3.3	11	88	0	54	30	19	19	30	1.96
1392--1436	22	2.0	22	86	0	63	26	20	22	31	1.98
6287--6586	165	1.8	166	83	3	408	31	22	13	33	1.92
10390--10566	43	4.1	43	100	0	354	42	15	14	27	1.86
11243--11283	2	20.5	2	84	0	55	2	4	46	46	1.37
12164--12611	165	2.7	162	82	6	499	29	23	13	33	1.93
16240--16289	16	3.1	16	85	5	64	22	32	12	34	1.90
16243--16289	17	2.8	17	87	3	60	21	31	12	34	1.91
16994--17029	16	2.2	16	95	0	63	36	27	13	22	1.92
17163--17561	164	2.4	165	82	6	462	27	22	16	34	1.95
22446--22472	12	2.2	12	100	0	54	55	14	18	11	1.68
30046--30092	1	47.0	1	89	0	58	0	0	91	6	0.37
30049--30091	15	2.9	15	96	0	77	0	0	90	6	0.40
31153--31185	13	2.6	13	85	4	50	3	0	12	84	0.72
31928--31972	23	2.0	22	86	4	63	37	17	4	40	1.70
36062--36143	21	3.9	20	76	10	74	36	12	10	40	1.78
37780--37805	12	2.2	12	100	0	52	50	15	0	34	1.45
40033--40780	165	4.5	164	84	5	937	32	21	16	29	1.95
40778--40802	7	3.6	7	100	0	50	24	28	32	16	1.96
45818--46107	144	2.0	143	99	0	571	34	18	12	34	1.88
56325--56970	165	4.0	163	75	10	597	28	25	14	31	1.95
56356--56935	320	1.8	320	83	5	787	27	25	14	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58213--58247	18	1.9	18	94	0	61	51	17	14	17	1.77
69927--69961	13	2.7	13	91	8	54	42	5	0	51	1.25
71408--72274	23	37.7	23	85	1	1040	40	21	16	21	1.91
73935--73993	2	29.5	2	100	0	118	0	50	0	49	1.00
75889--76296	52	7.8	52	84	4	433	33	15	13	37	1.87
80897--80946	2	25.0	2	92	8	84	48	0	50	2	1.12
84891--85040	30	5.0	30	98	0	291	23	19	17	40	1.92
88027--88086	30	2.0	30	100	0	120	23	20	16	40	1.91
91355--91430	36	2.1	36	100	0	152	31	13	7	47	1.71
95667--96480	19	42.8	19	94	0	1385	30	5	33	31	1.80
97225--97929	20	35.2	20	85	4	911	15	21	18	43	1.88
97221--97929	100	7.1	100	94	1	1149	15	21	18	43	1.87
100972--101031	29	2.1	29	93	0	102	35	11	11	41	1.78
102648--102757	45	2.4	45	86	0	157	39	20	9	31	1.83
103130--103175	24	1.9	24	81	0	56	19	8	21	50	1.75
106287--106349	12	5.5	12	70	22	55	55	3	36	4	1.37
111598--111855	48	5.4	48	88	1	394	26	16	22	34	1.95
114815--114846	2	16.0	2	93	0	55	53	0	46	0	1.00
116458--116528	30	2.4	30	83	4	90	35	25	16	22	1.95
118753--118794	11	3.8	11	90	0	66	45	28	14	11	1.80
118746--118804	22	2.7	22	78	0	73	42	23	23	10	1.85
118960--118995	11	3.3	11	88	0	54	44	27	16	11	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118957--119004	22	2.2	22	88	0	69	45	29	16	8	1.76
121699--121749	2	25.5	2	100	0	102	0	50	0	49	1.00
123178--123214	2	18.5	2	100	0	74	0	51	0	48	1.00
126920--126957	20	1.9	20	100	0	76	21	15	21	42	1.89
129967--131082	38	29.3	38	93	0	1739	26	21	19	32	1.97
137717--138651	33	28.6	33	81	5	943	37	11	25	26	1.90
137744--139515	99	18.1	99	80	6	1594	36	11	25	26	1.90
138738--139515	33	23.6	33	80	4	753	37	12	24	25	1.91
139969--140125	49	3.2	48	92	1	260	34	25	14	26	1.94
141099--141347	49	5.1	49	91	1	392	30	27	14	28	1.95
141271--141426	79	2.0	79	91	2	251	32	26	14	26	1.95
141350--142323	49	19.7	48	80	9	800	32	26	13	26	1.94
141222--141475	128	2.0	128	92	1	420	31	26	14	27	1.95
141173--141524	177	2.0	177	91	1	571	31	26	14	28	1.95
141596--141657	30	2.1	30	96	0	115	35	22	14	27	1.93
141547--141706	79	2.0	79	93	2	277	33	24	14	28	1.94
141497--141881	128	3.0	129	83	6	437	32	25	13	27	1.94
141449--141981	177	3.0	177	92	1	897	32	25	14	27	1.94
141775--141834	30	2.0	30	96	0	111	35	23	13	28	1.92
141724--141881	79	2.0	78	91	4	255	33	25	13	27	1.93
141547--141932	128	3.0	127	86	6	487	32	25	13	27	1.94
142294--142353	30	2.0	30	96	0	111	38	23	8	30	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142245--142407	79	2.0	80	89	1	247	35	25	11	27	1.90
142324--142499	49	3.6	49	85	0	253	34	26	12	26	1.92
142203--142579	128	2.9	128	82	6	410	35	26	12	25	1.92
142147--142674	177	3.0	175	89	2	808	33	26	12	26	1.93
142471--142529	30	2.0	30	100	0	118	33	23	11	30	1.91
142498--142715	49	4.4	49	94	0	382	33	27	14	24	1.94
142419--142578	79	2.0	79	95	0	284	35	26	13	24	1.93
142242--142627	128	3.0	128	83	6	455	34	26	13	25	1.93
143211--143244	16	2.1	16	100	0	68	17	17	32	32	1.94
143373--143488	48	2.4	48	98	0	223	12	18	28	40	1.87
143713--143916	49	4.1	49	93	1	345	22	12	22	43	1.86
148235--148499	93	2.9	92	84	2	325	33	14	21	30	1.93
148235--148499	31	8.6	31	82	2	291	33	14	21	30	1.93
149318--149454	31	4.5	31	81	5	172	32	13	25	28	1.93
149318--149446	59	2.1	62	87	5	192	31	12	27	29	1.93
165766--165864	51	1.9	51	100	0	198	28	14	13	44	1.82
172251--172284	14	2.4	14	95	0	59	32	14	47	5	1.69
172261--172310	22	2.3	22	83	13	59	34	12	44	10	1.75
172327--172377	21	2.4	21	93	3	84	11	41	17	29	1.85
172343--172425	22	3.8	22	78	13	91	9	43	16	30	1.80
187626--187809	36	5.1	36	92	2	282	32	22	7	38	1.81
194427--194582	31	4.8	31	80	12	145	37	16	27	17	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
194427--194588	62	2.5	64	78	11	170	37	17	26	18	1.93
196991--197038	17	2.9	17	73	20	57	12	29	27	31	1.93
197009--197065	15	3.7	15	77	9	69	15	29	26	28	1.96
196992--197065	32	2.3	32	92	0	121	14	29	25	29	1.95
197291--197741	184	2.5	180	90	2	681	30	16	17	35	1.92
203153--203708	173	3.2	172	87	6	756	25	25	15	34	1.95
205582--205709	30	4.3	30	74	9	109	17	20	28	33	1.95
207054--207102	15	3.0	17	82	11	66	30	20	12	36	1.89
207054--207094	17	2.6	16	88	7	57	26	19	12	41	1.87
207244--207311	30	2.3	30	92	0	109	14	17	38	29	1.90
218193--219370	360	3.2	357	83	9	1471	31	13	16	38	1.87
218189--218933	180	4.1	180	93	1	1224	31	14	17	37	1.89
218906--218986	39	2.1	38	88	9	119	37	4	13	44	1.66
219018--219370	180	2.0	180	89	1	546	31	12	15	40	1.85
227372--227418	22	2.2	22	85	7	62	44	0	55	0	0.99
241759--241797	2	19.5	2	100	0	78	0	51	0	48	1.00
245450--245507	2	29.0	2	100	0	116	0	50	0	50	1.00
250732--250761	11	2.6	11	94	5	51	90	0	10	0	0.47
250731--250761	14	2.2	14	94	0	53	90	0	9	0	0.46
255341--255369	14	2.1	14	100	0	58	41	20	6	31	1.79
259785--260298	180	2.9	179	93	2	854	35	17	15	30	1.91
274979--275012	4	8.8	4	87	6	52	0	44	26	29	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
276681--276751	19	3.7	19	90	0	115	35	30	11	22	1.89
279273--279316	2	22.0	2	95	0	79	0	52	0	47	1.00
284406--284636	75	3.2	73	84	7	292	33	19	19	27	1.96
285562--285622	2	30.5	2	100	0	122	0	50	0	49	1.00
289077--289114	4	9.5	4	88	0	58	2	26	26	44	1.67
289069--289111	8	5.4	8	88	0	50	2	32	25	39	1.69
289069--289111	16	2.7	16	85	0	59	2	32	25	39	1.69
289119--289665	146	3.7	145	93	2	898	29	19	21	28	1.98
304885--304923	11	3.4	11	92	7	60	43	28	7	20	1.79
317222--317255	13	2.6	13	86	13	52	0	58	0	41	0.98

Tables:   1   2   3   4