oyster.v9_M.fa.s6.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.04

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold419
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  1725835

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4642--4679	15	2.5	15	87	12	51	42	0	5	52	1.24
35431--35488	21	2.8	21	92	2	100	50	6	12	31	1.66
36994--37051	21	2.8	21	97	2	109	31	8	6	53	1.58
37878--37911	2	17.5	2	87	6	52	52	47	0	0	1.00
45553--45609	2	28.5	2	100	0	114	50	0	49	0	1.00
46775--46820	2	23.0	2	100	0	92	50	0	50	0	1.00
51288--51640	177	2.0	176	100	0	697	28	17	21	32	1.96
65012--65220	104	2.0	104	100	0	418	28	22	20	28	1.98
72090--72156	20	3.5	18	78	15	64	53	10	1	34	1.44
74495--74581	43	2.0	43	90	0	138	45	13	8	32	1.73
74539--74711	60	2.9	55	83	14	172	44	13	7	34	1.72
74568--74728	60	2.6	60	91	1	250	44	14	6	34	1.71
76526--76557	16	2.0	16	93	0	55	12	21	18	46	1.82
83331--83463	53	2.6	50	80	5	124	40	18	12	27	1.87
91741--91773	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
98922--98992	19	3.2	24	64	24	64	40	14	11	33	1.81
98922--99017	43	2.3	43	98	1	185	42	14	12	30	1.83
100616--100659	2	22.0	2	100	0	88	0	50	0	50	1.00
110855--111215	180	2.0	180	95	1	643	30	15	17	36	1.91
112168--112237	37	2.1	34	84	15	92	42	12	2	41	1.58
116564--116616	27	2.0	27	88	0	79	41	11	9	37	1.73
116619--116761	42	3.1	42	65	24	99	42	13	11	32	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116641--116713	27	2.7	27	86	0	92	41	13	10	34	1.80
116569--116795	96	2.4	97	93	1	386	42	12	11	33	1.78
116737--116795	27	2.2	27	100	0	118	44	15	6	33	1.73
120308--120345	17	2.4	16	86	8	51	21	28	15	34	1.94
120395--120443	17	3.0	17	82	8	66	18	28	16	36	1.92
123239--125089	437	4.2	437	90	2	2695	35	16	17	31	1.92
139600--139665	2	33.0	2	96	0	123	51	0	48	0	1.00
144369--144413	2	22.5	2	100	0	90	0	51	0	48	1.00
148567--149380	24	33.8	24	80	6	828	31	21	16	30	1.95
149123--149156	17	2.0	17	100	0	68	29	23	11	35	1.90
149287--149328	13	3.4	13	77	12	52	33	21	11	33	1.90
155674--155699	11	2.4	11	100	0	52	30	0	0	69	0.89
157336--158135	438	1.8	436	82	4	1022	35	14	18	32	1.90
172955--173028	26	2.8	26	95	0	130	39	22	18	18	1.93
173703--173747	2	22.5	2	100	0	90	51	48	0	0	1.00
204588--204617	15	2.0	15	93	0	51	43	0	53	3	1.17
209450--209480	4	7.8	4	92	0	53	77	0	0	22	0.77
209764--209824	31	2.0	31	93	0	104	26	22	24	26	2.00
209833--209864	16	2.0	16	100	0	64	6	25	25	43	1.77
216348--216664	176	1.8	173	82	8	408	30	16	20	32	1.95
218588--218626	17	2.2	17	86	4	51	33	2	10	53	1.48
220385--220414	14	2.1	14	93	0	51	23	16	23	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
220446--220501	20	2.7	21	80	5	69	46	8	16	28	1.77
220446--220509	21	3.1	21	79	4	76	48	10	14	26	1.76
220600--220807	21	10.0	21	75	8	156	31	16	14	37	1.89
220616--220780	42	3.9	42	86	0	213	29	16	13	39	1.88
220597--220780	63	2.9	62	79	10	203	29	16	14	39	1.88
220616--220807	84	2.3	84	84	0	231	31	16	14	38	1.88
220621--220807	42	4.5	41	86	2	203	31	16	14	36	1.90
220807--221048	21	11.5	21	75	1	216	37	15	16	30	1.90
220812--221040	63	3.6	62	81	5	282	37	15	16	30	1.90
221122--221208	21	4.2	21	86	1	122	27	16	10	45	1.79
222521--222552	2	16.0	2	93	0	55	46	50	0	3	1.17
223983--224036	2	27.0	2	100	0	108	50	0	50	0	1.00
230759--230822	31	2.1	31	100	0	128	29	6	20	43	1.76
230790--231000	38	5.6	38	82	5	248	27	20	19	33	1.97
230791--230999	113	1.8	114	87	4	314	27	20	19	33	1.96
230821--231011	75	2.5	75	92	3	312	27	23	19	29	1.98
236137--236361	111	2.0	111	98	0	432	41	14	12	31	1.83
240646--240820	24	7.3	24	94	0	305	30	28	15	25	1.96
243820--243855	15	2.3	16	90	4	56	30	27	16	25	1.97
243820--243861	15	2.9	14	86	10	50	28	30	14	26	1.95
245381--245418	13	2.9	13	100	0	76	47	13	7	31	1.71
246236--246804	177	3.2	177	88	2	788	33	25	17	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
246729--246768	19	2.1	19	85	0	53	37	35	5	22	1.76
246236--246882	177	3.7	174	86	3	584	33	24	17	24	1.96
248728--249063	166	2.0	166	93	1	575	25	25	15	33	1.95
249264--249306	12	3.6	12	87	0	59	32	13	41	11	1.81
252152--252176	11	2.3	11	100	0	50	44	8	20	28	1.79
252491--252521	16	1.9	16	100	0	62	32	0	41	25	1.56
267735--267771	2	18.5	2	100	0	74	51	0	48	0	1.00
269160--269204	2	22.5	2	100	0	90	51	0	48	0	1.00
275598--275936	187	1.8	186	100	0	669	30	25	17	27	1.97
285248--285273	12	2.2	12	100	0	52	7	7	7	76	1.15
287444--287984	146	3.7	145	89	2	752	29	20	20	29	1.98
287987--288021	12	2.9	12	86	0	52	42	25	31	0	1.55
287990--288020	16	1.9	16	100	0	62	38	25	35	0	1.56
299272--299322	22	2.3	22	89	0	75	33	13	41	11	1.81
299351--299420	22	3.2	22	87	4	97	5	44	18	31	1.73
299350--299412	21	3.0	21	88	4	90	6	44	19	30	1.75
301608--301645	12	3.2	12	84	0	58	36	0	15	47	1.46
301531--301692	62	2.6	62	97	0	297	36	10	19	33	1.86
303909--303957	21	2.3	21	86	6	64	51	2	42	4	1.32
305096--305133	20	1.9	20	94	0	67	71	0	26	2	1.00
305093--305169	33	2.4	33	86	6	104	67	1	29	1	1.07
308531--308618	21	4.2	21	82	0	95	51	0	39	9	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
308531--308618	18	4.6	18	72	15	68	51	0	39	9	1.34
308611--308654	18	2.4	18	92	0	79	45	4	36	13	1.64
310401--311230	146	5.7	146	90	2	1307	29	19	21	29	1.98
310401--311230	286	2.9	287	93	2	1367	29	19	21	29	1.98
310410--311230	432	1.9	433	92	1	1387	29	19	21	29	1.98
319021--319069	15	3.0	17	76	11	57	34	20	8	36	1.82
343101--343150	2	25.0	2	87	0	73	4	48	0	48	1.20
346817--346860	22	2.0	22	100	0	88	13	4	59	22	1.53
359056--359091	16	2.2	16	90	0	54	41	11	19	27	1.85
364002--364032	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
368984--369077	36	2.6	36	93	0	152	21	10	26	41	1.85
373634--373712	39	2.0	39	100	0	158	25	10	10	54	1.65
375789--375846	2	29.0	2	100	0	116	0	50	0	50	1.00
377662--377706	2	22.5	2	100	0	90	51	0	48	0	1.00
384676--384710	2	17.5	2	100	0	70	0	48	0	51	1.00
393728--394096	123	3.0	123	94	0	657	43	15	10	30	1.81
396629--396735	21	5.1	21	80	0	124	17	21	28	32	1.96
396731--396764	11	3.1	11	91	0	59	17	20	44	17	1.87
396634--396764	63	2.1	63	83	8	160	18	21	32	28	1.97
399837--399903	7	9.6	7	83	0	89	35	14	22	26	1.93
402599--402651	7	7.6	7	86	0	79	28	22	15	33	1.94
402599--402651	21	2.5	21	93	0	97	28	22	15	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
407546--407587	11	3.8	11	81	12	59	45	28	14	11	1.80
407764--407798	11	3.3	11	84	8	54	40	31	17	11	1.85
407751--407807	21	2.6	22	83	5	80	42	28	17	12	1.85
407753--407794	11	3.9	11	81	6	50	45	30	11	11	1.77
407814--407849	11	3.0	12	88	12	56	55	25	11	8	1.62
410844--410890	2	23.5	2	100	0	94	0	51	0	48	1.00
412169--412208	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
417621--417697	21	3.7	20	79	6	82	23	16	23	36	1.94
417774--417907	21	6.4	21	81	0	117	38	17	16	27	1.92
418099--418215	21	5.6	21	73	4	92	27	13	17	41	1.88

Tables:   1   2   3   4   5