oyster.v9_M.fa.s11.2.7.7.80.10.50.500.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.04

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold257
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  1615106

Tables:   1   2   3   4   5   

This is table  3  of  5  ( 556 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
582304--582351	24	2.0	24	95	0	87	43	12	2	41	1.54
582288--582367	40	2.0	40	97	0	151	43	12	2	41	1.56
582272--582383	56	2.0	56	94	0	197	43	12	1	41	1.53
592016--592064	2	24.5	2	100	0	98	0	51	0	48	1.00
592064--592105	2	21.0	2	90	0	66	52	45	0	2	1.13
593297--593365	2	34.5	2	100	0	138	0	49	0	50	1.00
595989--596028	2	20.0	2	100	0	80	0	50	0	50	1.00
597933--597959	2	13.5	2	100	0	54	0	51	0	48	1.00
597963--598108	3	49.3	3	97	2	278	0	33	0	66	0.92
615085--615157	24	3.0	24	93	0	128	2	41	24	31	1.69
615085--615148	4	16.0	4	86	0	83	3	42	25	29	1.70
620986--621028	21	2.0	21	95	0	77	11	27	6	53	1.63
628051--628110	21	2.9	21	92	0	75	33	16	10	40	1.82
628153--628223	21	3.4	21	78	0	79	39	8	16	35	1.79
637899--637946	2	24.0	2	100	0	96	0	50	0	50	1.00
638368--638400	1	33.0	1	100	0	66	0	0	100	0	0.00
643943--643981	1	39.0	1	100	0	78	100	0	0	0	0.00
655761--655786	13	2.0	13	100	0	52	38	0	7	53	1.30
661766--661790	13	1.9	13	100	0	50	32	0	24	44	1.54
662866--662937	32	2.2	33	87	5	110	43	5	9	41	1.61
663767--663796	1	30.0	1	100	0	60	0	0	100	0	0.00
671102--671133	14	2.3	14	94	0	55	34	21	18	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
671440--671464	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
674342--674759	183	2.3	180	78	10	440	37	13	19	28	1.91
704391--704747	54	6.3	58	76	18	333	45	17	15	21	1.86
704391--704745	109	3.1	112	81	13	415	44	18	16	21	1.86
704418--704619	50	3.7	53	89	9	302	40	20	16	22	1.91
712795--712846	8	6.5	8	86	0	68	1	36	25	36	1.67
712794--712846	12	4.4	12	85	0	70	1	37	24	35	1.67
712811--712845	4	8.8	4	87	0	52	0	31	25	42	1.55
715365--715389	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
717551--717603	2	26.5	2	100	0	106	0	49	0	50	1.00
719548--719574	2	13.5	2	100	0	54	48	0	51	0	1.00
720671--720710	16	2.7	15	88	11	57	0	0	17	82	0.67
722978--723316	47	7.2	47	89	2	425	23	16	25	34	1.95
725799--726180	32	11.9	32	90	0	541	32	14	23	28	1.95
726004--726058	19	3.2	19	66	28	59	29	12	25	32	1.93
728114--728151	19	2.0	19	94	0	67	28	15	23	31	1.96
728160--728257	17	5.4	17	68	20	63	40	16	14	28	1.87
728139--728278	38	3.7	38	94	1	237	40	17	14	27	1.89
728139--728278	75	1.9	76	92	1	237	40	17	14	27	1.89
728172--728275	17	5.7	17	69	18	66	39	17	13	29	1.88
728117--728285	21	8.8	21	68	17	107	39	18	14	27	1.90
728354--728732	21	18.0	21	73	5	226	38	17	13	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
729823--730191	19	19.1	19	91	3	567	43	17	5	33	1.73
729982--730191	12	16.6	12	65	27	64	44	16	5	33	1.72
729982--730191	7	33.2	6	66	27	64	44	16	5	33	1.72
733690--733722	16	2.1	15	94	5	57	0	0	18	81	0.68
738356--738403	2	24.0	2	100	0	96	50	0	50	0	1.00
744127--744167	12	3.4	12	83	10	57	82	14	0	2	0.76
744127--744165	20	1.9	21	89	5	62	82	15	0	2	0.79
744142--744187	16	2.9	16	87	6	58	76	10	2	10	1.12
744238--744277	4	10.2	4	89	5	64	2	0	22	75	0.93
747709--747738	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
752067--752781	166	4.3	166	90	1	1130	24	15	19	40	1.90
752948--752989	8	5.4	8	88	5	68	40	26	33	0	1.56
752948--752982	12	2.9	12	86	0	52	40	25	34	0	1.56
754916--754957	4	10.8	4	84	5	59	0	42	26	30	1.55
761389--761420	12	2.6	13	85	14	50	0	31	50	18	1.48
761745--761784	19	2.1	19	90	0	62	22	2	37	37	1.68
761558--762260	177	3.9	176	89	2	944	24	16	25	33	1.96
762919--762960	20	2.1	20	90	0	66	40	4	14	40	1.67
763204--763349	15	9.3	15	71	14	71	36	5	12	45	1.65
763274--763308	18	1.9	18	94	0	61	40	0	8	51	1.33
763187--763408	97	2.3	97	87	6	312	36	5	11	46	1.64
763265--763413	15	9.4	15	71	16	95	35	4	12	47	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
770229--770269	12	3.4	12	86	0	64	36	12	39	12	1.80
770385--770632	27	9.2	27	91	0	307	29	39	12	18	1.87
773478--773502	13	1.9	13	100	0	50	40	36	16	8	1.77
774518--774678	81	2.0	80	91	2	252	26	19	18	36	1.94
782671--782947	36	7.7	36	78	3	261	34	25	22	17	1.96
782725--782929	54	3.8	54	81	7	272	32	26	22	18	1.97
782653--783307	18	35.9	18	69	11	235	35	23	21	18	1.95
782671--782915	108	2.3	108	98	0	472	32	26	23	17	1.97
783094--783302	90	2.3	90	95	1	375	35	23	22	18	1.96
783368--783487	54	2.2	55	82	4	145	36	23	20	20	1.95
783409--783504	36	2.7	36	85	6	115	36	23	19	19	1.95
783167--783603	207	2.1	207	86	3	603	36	21	20	21	1.95
783391--783507	54	2.2	54	81	3	137	37	24	18	18	1.94
783391--783505	18	6.4	18	71	7	81	37	24	19	19	1.94
783611--783688	18	4.3	18	70	6	68	34	26	20	17	1.95
784019--784331	72	4.3	72	87	4	396	37	26	19	16	1.93
784019--784331	147	2.2	144	86	1	428	37	26	19	16	1.93
784495--785075	292	2.0	291	99	0	1153	32	14	13	39	1.85
788680--788711	12	2.8	12	95	4	57	71	18	0	9	1.12
790426--790490	2	32.5	2	100	0	130	50	0	49	0	1.00
810743--810780	15	2.5	15	76	16	51	78	21	0	0	0.74
812448--812792	173	2.0	172	93	1	593	36	15	11	36	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
814124--814154	16	1.9	16	93	0	53	45	3	9	41	1.53
817466--817517	2	26.0	2	100	0	104	50	0	50	0	1.00
818050--818098	17	3.1	16	80	11	55	26	20	10	42	1.84
819946--819994	17	3.1	16	80	11	55	26	20	10	42	1.84
821842--821890	17	3.1	16	80	11	55	26	20	10	42	1.84
823738--823786	17	3.1	16	80	11	55	26	20	10	42	1.84
825192--825616	213	2.0	211	97	1	789	38	17	10	33	1.84
825650--825685	18	1.9	19	88	5	56	41	8	11	38	1.71
829487--829712	38	5.9	38	78	3	177	31	15	17	35	1.91
830146--830236	38	2.4	38	84	0	119	28	19	14	37	1.91
870856--871030	4	43.8	4	96	0	314	50	0	22	26	1.49
880836--880904	36	1.9	36	100	0	138	30	8	27	33	1.87
881656--881686	15	2.1	15	93	0	53	16	19	32	32	1.94
882350--882638	21	13.8	21	92	0	425	22	8	21	48	1.76
882350--882636	63	4.6	63	92	1	468	22	8	21	48	1.76
896429--896470	18	2.3	18	91	4	66	61	0	35	2	1.09
897721--897745	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
899857--899884	14	2.0	14	100	0	56	28	14	14	42	1.84
899627--899987	179	2.0	179	97	0	686	32	9	13	44	1.75
902019--902220	44	4.6	44	87	2	289	34	8	20	36	1.84
902070--902237	23	7.5	23	79	14	97	35	8	19	37	1.82
902027--902226	67	3.0	67	84	7	273	35	9	20	36	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
902624--902932	30	10.0	30	79	6	339	29	21	23	26	1.99
909158--909319	83	2.0	83	87	2	236	39	7	22	30	1.81
909442--909475	15	2.3	15	100	0	68	67	0	5	26	1.13
910352--910476	44	2.9	44	85	3	173	43	16	10	30	1.81
912501--913051	42	13.1	42	89	3	806	25	33	12	28	1.92
913160--913251	42	2.2	42	80	3	105	33	26	9	30	1.88
916768--916824	21	2.7	21	83	0	69	3	50	12	33	1.57
917619--917675	21	2.7	21	83	0	69	3	50	12	33	1.57
919133--919220	10	8.8	10	92	0	149	3	0	36	60	1.14
923935--923984	21	2.4	21	93	3	84	14	22	14	50	1.77

Tables:   1   2   3   4   5