oyster.v9_M.fa.s13.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.04

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold1301
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  1559340

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
435--463	14	2.1	14	100	0	58	13	34	34	17	1.89
4183--4216	12	2.8	12	90	0	50	0	58	0	41	0.98
6132--6380	124	2.0	121	96	3	471	34	17	10	37	1.84
11669--11816	59	2.5	59	91	2	235	25	19	22	33	1.97
11914--11996	27	3.4	27	66	27	85	21	36	16	25	1.94
11930--12063	18	7.1	18	75	21	114	20	37	17	25	1.93
11914--12010	45	2.2	45	96	0	176	20	37	16	25	1.93
11975--12061	17	5.0	17	90	6	131	19	39	17	24	1.92
11975--12063	35	2.5	35	90	3	144	19	39	16	24	1.92
13336--13367	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
16831--16881	2	25.5	2	100	0	102	50	0	49	0	1.00
18286--18318	10	3.2	10	91	8	57	48	9	0	42	1.35
18286--18316	11	2.9	11	95	4	55	51	9	0	38	1.35
18868--18936	21	3.3	21	71	4	77	39	26	17	17	1.91
25976--26371	134	3.0	130	84	6	493	26	23	22	27	2.00
32150--32849	350	2.0	350	98	0	1357	35	18	24	21	1.95
41751--41789	2	19.5	2	89	0	60	48	2	46	2	1.29
41796--42028	117	2.0	115	93	1	394	39	13	10	36	1.79
42133--42738	180	3.4	179	86	2	799	37	17	13	32	1.88
42740--42767	11	2.5	11	100	0	56	89	0	0	10	0.49
52787--52814	1	28.0	1	100	0	56	0	0	100	0	0.00
54499--54527	15	1.9	15	100	0	58	55	31	13	0	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56262--56373	61	1.9	59	90	7	176	22	9	36	30	1.86
56663--56691	12	2.4	12	100	0	58	75	17	6	0	1.01
56687--56726	19	2.3	17	80	19	55	67	15	7	10	1.41
58271--58302	16	2.0	16	93	0	55	71	0	6	21	1.07
58234--58322	22	4.3	21	74	18	80	64	3	6	25	1.34
58534--58573	2	20.0	2	89	0	62	0	45	5	50	1.23
59052--59129	39	2.0	39	97	0	147	38	14	15	32	1.87
60067--60103	19	1.9	19	100	0	74	43	13	10	32	1.79
65587--65616	14	2.1	14	93	0	51	40	6	6	46	1.56
71272--71305	2	17.0	2	100	0	68	50	0	50	0	1.00
76466--76527	1	62.0	1	90	0	97	3	95	0	1	0.32
76464--76528	32	2.1	32	94	2	114	6	92	0	1	0.45
78317--78446	22	6.0	22	78	12	78	30	16	45	7	1.75
78332--78444	14	7.9	15	76	16	82	31	16	44	7	1.75
78316--78445	8	18.0	7	73	21	92	30	16	44	8	1.77
78369--78432	21	3.0	22	84	8	80	32	17	43	6	1.74
78325--78451	14	8.8	15	76	13	81	31	16	44	7	1.74
79184--79249	14	4.6	15	76	22	54	34	13	43	7	1.73
79188--79249	22	2.8	22	97	0	115	32	14	45	8	1.74
79188--79249	8	8.6	7	77	22	58	32	14	45	8	1.74
79265--79363	14	6.9	14	71	21	64	7	43	18	31	1.76
79279--79318	21	1.9	21	94	0	71	5	42	20	32	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79299--79356	30	1.9	30	96	0	107	6	44	17	31	1.75
79315--79372	22	2.6	22	88	0	80	10	44	17	27	1.81
79280--79380	30	3.5	28	80	14	82	8	44	17	28	1.79
79330--79378	22	2.2	22	92	0	80	10	44	18	26	1.81
82006--82036	16	2.0	16	93	6	55	12	9	0	77	0.99
84523--84554	14	2.3	14	94	0	55	15	0	6	78	0.95
85739--85782	2	22.0	2	100	0	88	0	50	0	50	1.00
91737--92847	21	53.4	21	84	4	1072	38	15	7	39	1.74
97759--97794	2	18.0	2	100	0	72	50	0	50	0	1.00
130350--130382	17	1.9	17	93	0	57	24	9	15	51	1.72
132312--132342	16	1.9	16	100	0	62	29	19	6	45	1.75
146500--146542	2	21.5	2	100	0	86	0	48	0	51	1.00
147543--148051	165	3.0	165	89	3	734	26	25	15	32	1.96
152226--152347	27	4.3	27	82	11	145	21	34	6	37	1.79
155235--155268	14	2.4	14	95	0	59	20	11	32	35	1.89
156843--156887	17	2.6	17	82	10	56	0	26	4	68	1.08
162729--163118	35	10.3	35	72	18	227	31	12	16	40	1.85
162729--162998	114	2.3	112	81	6	283	31	11	16	41	1.84
162892--163116	72	3.1	71	81	10	247	32	12	14	40	1.84
162899--163119	77	3.0	75	83	9	265	32	12	14	40	1.84
162797--163131	149	2.2	144	79	11	372	31	12	15	40	1.85
170085--170541	228	2.0	227	99	0	896	27	21	15	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
171154--171480	166	2.0	167	88	3	498	27	25	15	31	1.96
210113--210166	2	27.0	2	100	0	108	50	0	50	0	1.00
210970--211369	200	2.0	200	100	0	800	25	13	14	47	1.80
217207--217250	12	3.8	11	85	8	52	0	6	6	86	0.71
217203--217251	17	2.9	16	79	8	53	0	8	6	85	0.73
224126--224161	17	2.1	17	89	0	54	25	16	22	36	1.94
233682--233743	25	2.5	25	89	0	97	17	12	20	48	1.80
242007--242088	2	41.0	2	100	0	164	50	0	50	0	1.00
243421--243447	13	2.1	13	100	0	54	74	7	0	18	1.05
252052--252146	39	2.4	40	89	1	138	34	20	11	33	1.88
252294--252376	40	2.1	40	82	8	98	30	18	13	38	1.88
257395--257433	18	2.1	18	85	9	51	25	7	12	53	1.65
258417--258444	14	2.0	14	100	0	56	50	21	0	28	1.49
258636--258694	15	3.9	15	78	8	50	83	13	0	3	0.78
258639--258694	19	2.8	20	86	5	69	82	14	0	3	0.81
258639--258695	20	2.8	21	81	7	64	82	14	0	3	0.80
258634--258694	17	3.4	19	82	8	67	83	13	0	3	0.76
265772--265807	2	18.0	2	100	0	72	0	50	0	50	1.00
267717--268370	167	3.9	167	87	4	946	25	25	17	31	1.97
267713--268370	333	2.0	333	92	1	1106	25	25	17	32	1.97
275086--275164	40	2.0	38	85	4	104	22	36	17	22	1.95
279729--279778	22	2.3	22	78	0	55	28	18	34	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
280554--280580	1	27.0	1	100	0	54	0	0	0	100	0.00
289929--289977	2	24.5	2	100	0	98	51	0	48	0	1.00
293702--293729	10	2.8	10	100	0	56	42	0	0	57	0.99
295144--295287	21	6.9	21	89	0	225	32	18	11	36	1.87
295144--295287	63	2.3	63	96	0	270	32	18	11	36	1.87
297107--297143	20	1.9	20	89	10	60	2	0	10	86	0.67
300156--300191	2	18.0	2	100	0	72	0	50	0	50	1.00
304661--304939	45	6.2	45	94	1	409	29	39	12	18	1.88
304661--305002	135	2.5	135	82	3	436	31	39	11	17	1.86
304730--305093	45	8.1	45	90	1	311	34	37	10	17	1.84
304706--305047	90	3.8	90	88	0	362	33	38	11	17	1.85
304749--305109	135	2.7	135	83	1	384	34	37	10	17	1.85
314725--315040	163	1.9	164	88	1	474	35	10	15	38	1.83
315269--315301	17	1.9	17	93	0	57	60	9	6	24	1.49
320982--321060	4	19.0	4	73	17	63	26	2	18	51	1.59
321018--321055	13	2.8	14	88	4	51	23	5	15	55	1.61
320990--321055	14	4.8	13	75	14	53	27	3	16	53	1.58
321019--321070	26	2.0	27	84	3	70	19	5	19	55	1.62
324523--324559	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
328112--328152	2	20.5	2	100	0	82	0	48	0	51	1.00
332639--332685	11	4.3	11	73	10	51	42	29	19	8	1.80
333130--333188	30	2.0	30	93	0	100	40	8	10	40	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
338780--338811	16	2.0	16	100	0	64	25	6	18	50	1.70
342697--343428	367	2.0	366	99	0	1446	34	20	16	29	1.94
343664--343688	13	1.9	13	100	0	50	16	40	20	24	1.91
351076--351102	4	6.8	4	100	0	54	77	22	0	0	0.76
365609--365643	18	1.9	18	88	0	52	22	14	11	51	1.74
372253--372286	12	2.8	12	86	0	50	5	5	47	41	1.52
376850--376893	23	2.0	22	86	13	63	20	9	9	61	1.53
378747--378773	13	2.1	13	100	0	54	44	33	0	22	1.53
393012--393048	2	18.5	2	100	0	74	0	0	51	48	1.00
396426--396484	2	29.5	2	96	0	109	0	49	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4