oyster.v9_M.fa.s3.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.04

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold150
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  1854615

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2316--2424	21	5.2	21	88	2	148	36	15	13	33	1.87
2326--2485	42	3.8	42	77	0	158	34	15	14	35	1.88
2316--2485	63	2.7	63	80	0	178	35	15	14	35	1.87
2776--3545	21	36.7	21	91	3	984	20	9	21	47	1.78
4545--5055	21	24.4	20	92	2	603	47	21	9	21	1.78
4545--5055	63	8.1	62	90	5	671	47	21	9	21	1.78
5310--5363	11	4.9	11	90	0	90	31	9	33	25	1.88
5395--5423	11	2.6	11	100	0	58	31	10	31	27	1.90
5440--5480	11	3.7	11	80	0	55	21	26	9	41	1.84
5489--5520	11	2.9	11	95	0	55	34	9	28	28	1.88
5525--5564	21	1.9	21	94	0	71	27	20	10	42	1.83
5525--5564	11	3.7	11	86	6	64	27	20	10	42	1.83
8777--8823	4	11.8	4	100	0	94	51	0	23	25	1.49
8821--8852	4	8.0	4	100	0	64	50	0	0	50	1.00
8768--8851	8	10.5	8	94	0	87	50	0	13	36	1.41
8773--8851	12	6.6	12	94	0	95	50	0	13	35	1.42
10608--10639	2	16.0	2	93	0	55	46	0	0	53	1.00
16130--16158	1	29.0	1	100	0	58	0	0	0	100	0.00
26073--26098	11	2.4	11	100	0	52	50	19	0	30	1.48
39398--41968	4	643.0	4	99	0	5101	25	0	49	25	1.50
42088--42124	17	2.1	18	85	14	51	54	18	10	16	1.71
45186--45306	3	40.7	3	94	1	217	67	0	32	0	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58998--59041	1	44.0	1	95	0	79	0	97	2	0	0.16
59000--59053	16	3.2	16	92	5	81	0	92	3	3	0.46
61564--61625	21	2.8	22	78	11	65	22	29	19	29	1.98
61619--61667	21	2.3	21	85	0	62	36	28	18	16	1.92
67628--67680	2	26.5	2	100	0	106	49	0	50	0	1.00
79769--79885	58	2.0	57	96	1	216	30	11	11	45	1.76
83231--84355	166	6.8	166	87	0	1563	37	15	17	28	1.91
83231--84355	330	3.4	330	87	3	1587	37	15	17	28	1.91
84382--84424	20	2.1	20	91	0	68	39	25	34	0	1.56
84379--84425	24	2.0	24	95	0	85	40	25	34	0	1.56
84386--84425	4	10.0	4	94	0	53	42	25	32	0	1.55
88386--89321	168	5.6	168	83	4	1175	31	20	18	30	1.96
89592--89682	46	1.9	47	95	4	166	40	8	24	26	1.84
90060--90101	22	1.9	22	85	0	57	19	4	9	66	1.38
92596--92642	2	23.5	2	100	0	94	51	0	48	0	1.00
93278--93774	249	2.0	249	99	0	976	36	15	17	30	1.91
94296--94325	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
98569--98616	18	2.7	18	75	12	53	35	12	47	4	1.60
113264--113308	21	2.1	21	91	0	72	68	13	13	4	1.35
115414--115443	2	15.0	2	100	0	60	0	0	50	50	1.00
115265--115639	188	2.0	187	100	0	741	28	12	24	34	1.92
115602--115631	2	15.0	2	100	0	60	0	0	50	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125457--125502	2	23.0	2	95	0	83	47	0	52	0	1.00
125962--126021	2	30.0	2	100	0	120	0	50	0	50	1.00
130728--130765	1	38.0	1	100	0	76	100	0	0	0	0.00
134391--134438	2	24.0	2	100	0	96	50	0	50	0	1.00
137639--137685	18	2.6	18	96	0	85	53	10	4	31	1.55
137756--137789	2	17.0	2	100	0	68	50	0	50	0	1.00
139085--139131	24	2.0	24	87	8	69	38	6	34	21	1.79
139890--139948	2	29.5	2	96	0	109	52	0	47	0	1.00
152608--152636	11	2.6	11	100	0	58	93	0	0	6	0.36
153030--153127	41	2.4	41	91	0	160	42	28	1	27	1.62
153193--153634	42	10.6	42	91	1	649	47	18	8	25	1.77
153945--154171	32	7.1	32	88	0	310	30	10	22	35	1.88
157773--157809	2	18.5	2	100	0	74	48	0	51	0	1.00
157867--157891	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
160477--160513	2	18.5	2	100	0	74	48	0	51	0	1.00
160571--160595	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
175117--175208	32	2.8	32	88	4	114	26	19	26	28	1.99
175130--175208	32	2.4	32	93	2	140	25	17	29	27	1.98
179231--179335	52	2.0	52	94	0	183	41	19	15	23	1.89
181314--181339	12	2.2	12	100	0	52	42	30	0	26	1.56
182032--182056	12	2.1	12	100	0	50	32	24	16	28	1.96
183508--183553	2	23.5	2	93	4	76	54	0	45	0	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
190028--190088	2	30.5	2	100	0	122	49	0	50	0	1.00
191009--191072	2	32.0	2	100	0	128	50	0	50	0	1.00
192382--192430	2	24.5	2	100	0	98	0	51	0	48	1.00
193588--193631	21	2.1	21	87	4	63	36	18	6	38	1.77
193815--193949	42	3.2	41	71	13	121	30	20	10	39	1.86
194755--194800	21	2.1	22	96	4	85	50	0	15	34	1.44
196077--196145	21	3.3	21	73	18	63	44	4	18	31	1.69
196075--196269	84	2.3	84	76	0	201	40	10	20	29	1.85
196436--196479	21	2.1	21	91	4	72	36	6	20	36	1.79
197727--197769	21	2.0	21	95	0	77	25	18	13	41	1.88
197750--197776	14	1.9	14	100	0	54	22	18	14	44	1.86
202275--202677	21	19.1	21	82	2	407	36	14	5	43	1.69
203734--203777	21	2.1	21	100	0	88	25	13	22	38	1.91
205879--206393	228	2.3	228	97	0	967	37	14	13	35	1.85
211217--211251	17	2.1	16	89	5	52	22	37	14	25	1.92
219664--219743	2	40.0	2	100	0	160	0	50	0	50	1.00
222349--222385	18	2.0	19	89	5	58	37	5	18	37	1.74
225583--225642	21	2.9	21	92	0	102	41	38	16	3	1.65
225583--225642	10	5.8	10	88	7	93	41	38	16	3	1.65
225706--225748	11	4.0	11	90	6	70	30	37	25	6	1.82
225706--225748	21	2.0	21	90	4	68	30	37	25	6	1.82
225708--225774	11	6.4	10	81	11	55	34	38	20	5	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
225708--225754	11	4.4	11	89	5	60	34	40	21	4	1.73
225708--225771	21	3.0	21	81	6	58	35	35	21	6	1.79
225913--225947	11	3.3	11	88	8	54	37	37	14	11	1.82
231163--231856	173	4.1	170	90	3	1003	22	14	26	36	1.93
232019--232091	21	3.5	21	96	3	139	0	19	38	42	1.51
232019--232091	10	7.1	10	95	4	128	0	19	38	42	1.51
235600--235783	1	184.0	1	98	0	359	99	0	0	0	0.05
240118--240149	16	2.0	16	100	0	64	37	12	18	31	1.88
254704--254896	99	1.9	99	100	0	386	39	7	19	34	1.79
257130--257160	16	1.9	16	100	0	62	32	22	19	25	1.97
262521--262797	149	1.9	149	80	4	335	34	19	15	30	1.93
272995--273054	2	30.0	2	83	6	68	1	41	3	53	1.27
274685--274715	15	2.1	15	100	0	62	67	19	0	12	1.22
275494--275564	25	3.2	25	62	29	68	40	15	8	35	1.78
275494--275590	42	2.3	42	96	0	176	38	14	10	37	1.80
283750--284153	184	2.2	184	99	0	790	26	22	26	24	2.00
310400--310449	18	3.1	15	79	20	57	58	12	6	24	1.56
316101--316157	26	2.1	27	96	3	107	49	19	7	24	1.73
340536--340701	57	2.9	57	98	0	314	38	10	17	33	1.84
358481--358591	44	2.5	45	88	2	179	22	19	18	38	1.93
358986--359054	2	34.5	2	100	0	138	50	0	49	0	1.00
363726--363792	7	9.6	7	75	0	62	37	16	17	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
364304--364347	2	22.0	2	100	0	88	50	0	50	0	1.00
364977--365001	1	25.0	1	100	0	50	0	0	100	0	0.00
370612--370648	4	9.2	4	93	0	65	27	21	24	27	1.99
376992--377083	42	2.2	42	86	0	121	44	22	8	23	1.81
377673--377706	16	2.1	16	94	0	59	50	14	0	35	1.44
378677--378720	23	1.9	23	90	9	72	15	20	36	27	1.93
391173--391212	17	2.4	17	91	0	62	17	15	10	57	1.64
393572--393604	2	16.5	2	100	0	66	0	0	51	48	1.00
393604--393641	2	19.0	2	100	0	76	50	0	50	0	1.00
398101--398135	17	2.1	17	94	0	61	31	17	11	40	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6