oyster.v9_M.fa.s36.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.04

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold867
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  1160077

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2720--2749	13	2.4	13	94	5	53	30	10	13	46	1.75
6485--6791	167	1.8	166	81	7	386	39	17	16	26	1.91
12098--12221	63	2.0	63	90	6	198	31	21	12	34	1.90
19473--19537	2	34.0	2	87	9	100	52	0	47	0	1.00
19599--19679	15	5.1	16	85	13	87	56	0	43	0	0.99
19598--19678	2	43.0	2	84	11	109	55	0	44	0	0.99
22370--22424	16	3.1	18	74	12	60	74	25	0	0	0.82
22375--22414	16	2.5	16	87	0	62	80	20	0	0	0.72
23370--23404	16	2.3	15	90	5	52	85	14	0	0	0.59
23450--23864	162	2.6	157	85	5	543	39	19	13	27	1.90
25074--25105	16	2.0	16	100	0	64	31	43	25	0	1.55
33376--33417	18	2.3	18	91	0	66	35	9	0	54	1.33
33376--33435	6	10.0	6	79	0	57	35	10	0	55	1.34
44719--44747	14	2.1	14	100	0	58	48	20	24	6	1.74
54415--55204	396	2.0	398	86	3	1110	35	13	17	33	1.89
55817--55895	38	2.1	38	97	0	149	30	11	17	40	1.85
58020--58063	17	2.5	18	85	10	56	31	22	22	22	1.98
61725--61774	8	6.4	8	86	4	57	38	26	36	0	1.57
61725--61767	12	3.6	12	96	0	68	37	25	37	0	1.56
64267--64293	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
64295--64334	2	20.0	2	100	0	80	50	0	50	0	1.00
66098--66162	2	32.5	2	84	0	85	1	44	3	50	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76666--76726	31	1.9	32	83	3	79	29	13	19	37	1.90
76833--76873	17	2.4	17	100	0	82	14	29	21	34	1.93
78945--79013	2	34.5	2	94	0	120	52	0	47	0	1.00
80516--80553	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
80735--80768	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
83675--84196	207	2.5	209	91	4	832	35	11	13	39	1.81
87421--87687	35	7.6	35	87	3	369	43	12	6	37	1.69
90502--90533	11	2.9	11	95	0	55	28	28	9	34	1.88
90542--90594	22	2.4	22	83	0	70	39	11	28	20	1.87
90599--90627	11	2.6	11	100	0	58	27	31	10	31	1.90
90659--90708	11	4.6	11	95	2	84	28	30	10	32	1.89
90701--90761	22	2.8	22	78	9	70	18	24	14	42	1.88
91088--91117	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
91332--91554	112	2.0	112	97	0	419	33	18	18	29	1.95
98499--99053	30	18.8	30	90	3	770	37	27	10	24	1.89
98803--98844	20	2.1	20	90	0	66	26	33	7	33	1.83
98814--98854	20	2.0	20	85	0	55	31	29	9	29	1.89
98653--98993	170	2.0	170	94	0	601	36	28	10	24	1.88
102480--102524	24	2.0	23	86	8	65	15	4	28	51	1.63
102906--102967	30	2.1	30	100	0	124	29	9	12	48	1.73
103793--104208	208	2.0	207	99	0	814	31	18	19	30	1.96
107273--107383	31	3.5	31	87	2	141	26	18	25	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108182--108210	2	14.5	2	100	0	58	48	0	51	0	1.00
108399--108435	4	9.2	4	87	0	56	0	27	24	48	1.51
108391--108457	12	5.6	12	79	10	57	0	34	16	49	1.46
108393--108465	8	8.9	8	82	5	65	0	35	15	49	1.44
108425--108466	2	21.0	2	90	0	66	0	45	4	50	1.23
108961--109027	7	9.6	7	75	6	64	28	19	13	38	1.89
108961--109027	21	3.2	21	79	8	73	28	19	13	38	1.89
117492--117517	13	2.0	13	100	0	52	46	23	15	15	1.83
119430--119489	12	5.0	12	81	0	66	3	10	16	70	1.29
119430--119489	24	2.5	24	91	0	93	3	10	16	70	1.29
119579--119612	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
119612--119691	2	40.0	2	94	0	115	50	1	43	3	1.28
123680--123710	15	2.1	15	93	0	53	35	0	22	41	1.54
132759--132814	2	28.0	2	100	0	112	50	0	50	0	1.00
139272--139368	8	12.8	8	73	17	64	30	24	0	44	1.54
139272--139338	15	4.5	14	78	12	62	29	23	0	46	1.53
139306--139368	23	2.7	23	97	0	117	34	23	0	41	1.55
139272--139375	14	7.5	14	76	17	101	30	25	0	44	1.54
151293--151348	3	18.7	3	100	0	112	66	0	33	0	0.92
151930--151957	11	2.5	11	100	0	56	42	10	14	32	1.80
152632--152663	11	2.9	11	95	0	55	28	28	9	34	1.88
152672--152724	22	2.4	22	83	0	70	39	11	28	20	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152789--152842	11	4.9	11	90	0	90	29	31	9	29	1.88
159655--159696	17	2.4	17	88	8	57	42	0	9	47	1.36
159667--159701	17	2.1	16	94	5	61	37	0	8	54	1.31
159670--159709	17	2.4	17	87	8	55	35	2	12	50	1.54
163724--163770	4	11.8	4	86	8	60	44	23	31	0	1.54
163723--163782	8	7.5	8	82	0	66	40	23	35	1	1.65
170235--170630	140	2.8	140	91	2	621	21	18	18	40	1.91
171122--171151	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
172979--173005	12	2.2	12	100	0	54	14	7	0	77	0.97
181975--182019	2	22.5	2	100	0	90	0	48	0	51	1.00
185372--185410	2	19.5	2	94	0	69	48	0	48	2	1.15
193676--193754	24	3.3	24	92	0	131	1	12	15	70	1.22
193676--193762	12	7.2	12	84	0	111	1	14	14	68	1.26
193927--194764	433	1.9	432	90	2	1324	33	16	19	30	1.94
195225--196216	433	2.3	432	87	4	1408	34	16	18	30	1.93
196354--196517	54	3.1	54	89	8	266	49	14	17	18	1.80
199259--199292	2	17.0	2	93	0	59	47	0	52	0	1.00
203547--203880	182	1.8	179	87	6	503	38	17	12	32	1.87
206809--206856	24	2.0	24	91	0	78	37	0	14	47	1.44
207132--207170	16	2.4	16	83	8	53	48	38	2	10	1.51
217804--217839	17	2.1	17	100	0	72	11	5	30	52	1.59
217810--217848	17	2.3	17	90	0	60	10	10	28	51	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
231743--232265	261	2.0	261	96	0	965	35	12	20	30	1.91
250087--250139	18	2.9	18	80	0	61	24	16	16	41	1.89
252784--252841	8	7.4	8	84	3	73	37	25	36	0	1.57
252784--252841	12	4.9	12	87	2	73	37	25	36	0	1.57
252787--252840	4	13.8	4	84	3	56	35	25	38	0	1.57
260020--260069	20	2.5	20	83	6	66	38	18	10	34	1.84
260940--261967	166	6.1	165	79	7	977	28	23	14	33	1.94
260941--261967	331	3.1	332	78	8	951	28	23	14	33	1.94
262318--262632	153	2.1	152	82	5	374	33	23	16	26	1.96
267022--267065	22	2.0	22	86	4	61	54	0	4	40	1.21
270853--270912	2	30.5	2	93	3	104	53	0	46	0	1.00
271317--271364	20	2.4	20	86	6	62	52	25	14	8	1.69
271809--271962	21	7.3	21	80	2	175	35	14	14	35	1.87
271792--271899	42	2.6	42	89	2	146	34	14	16	34	1.90
271770--271902	63	2.1	63	83	2	160	33	13	15	36	1.87
272203--272245	21	2.0	21	86	8	61	32	9	20	37	1.85
281001--281335	165	2.0	165	93	5	570	25	25	16	32	1.96
281741--281889	31	4.7	31	77	4	120	28	22	24	24	1.99
286202--286334	46	2.8	46	82	2	167	21	18	30	29	1.97
289950--289994	3	15.0	3	100	0	90	0	33	0	66	0.92
290724--290770	18	2.6	17	86	6	58	31	17	14	36	1.90
290912--290944	16	2.1	16	94	0	57	21	12	18	48	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
293633--293919	29	9.9	29	80	4	249	28	22	17	30	1.97
293633--293931	87	3.5	86	77	3	289	28	22	17	31	1.96
305833--305893	2	30.5	2	100	0	122	50	0	49	0	1.00
312132--312531	21	19.0	20	80	7	363	40	7	9	42	1.64
312128--312520	42	9.3	41	81	5	403	39	7	9	43	1.64
312128--312531	63	6.4	63	84	5	467	40	7	9	43	1.64
312397--312450	24	2.2	24	86	0	72	51	5	5	37	1.49
312544--312589	21	2.2	21	88	0	65	36	17	15	30	1.91
315102--315173	21	3.4	21	86	7	110	48	8	5	37	1.57
316213--316256	2	22.0	2	100	0	88	0	50	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4