oyster.v9_M.fa.s41.2.7.7.80.10.50.500.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.04

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold334
Parameters: 2 7 7 80 10 50 500
Length:  1116604

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6648--6913	66	3.9	69	82	9	312	16	21	14	47	1.82
6648--6854	66	3.1	66	92	3	326	16	21	14	47	1.81
6648--6923	135	2.0	134	82	9	330	17	21	14	47	1.82
9652--10636	436	2.3	435	89	0	1475	34	14	18	31	1.91
11827--13331	435	3.5	436	89	2	2220	33	15	19	31	1.93
16987--17248	143	1.8	144	87	0	391	37	13	27	21	1.91
18120--18959	22	38.5	22	82	4	896	40	19	5	34	1.75
18719--18775	17	3.1	17	80	16	60	42	22	1	33	1.64
19474--19993	35	14.9	35	85	2	562	31	19	24	25	1.98
20129--20231	39	2.6	39	89	4	154	14	19	26	39	1.90
20149--20330	99	1.8	99	85	2	258	17	21	23	37	1.94
20259--20378	39	3.1	39	79	4	134	17	20	25	35	1.95
49883--49909	7	3.9	7	100	0	54	0	0	11	88	0.50
49879--49912	16	2.1	16	89	10	52	0	0	14	85	0.60
49879--49927	23	2.1	23	85	7	64	0	0	18	81	0.69
54270--54317	21	2.3	21	89	7	71	18	16	25	39	1.91
56062--56117	2	28.0	2	100	0	112	0	50	0	50	1.00
57868--57913	2	23.0	2	100	0	92	0	50	0	50	1.00
61387--61725	42	7.8	42	86	9	468	41	12	7	38	1.72
61416--61717	89	3.4	89	84	13	412	40	12	7	38	1.73
61387--61725	131	2.6	130	92	2	554	41	12	7	38	1.72
64286--64370	28	3.0	28	96	0	161	18	20	18	42	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64558--65256	167	4.2	167	91	0	1071	34	16	24	24	1.95
66182--66444	144	1.8	144	92	1	447	36	14	30	19	1.91
67308--67566	22	11.8	22	92	0	419	40	21	5	32	1.75
67308--67665	44	8.4	44	84	6	452	41	20	4	33	1.73
67308--67665	66	5.6	66	83	7	452	41	20	4	33	1.73
67487--67642	76	2.0	78	87	2	226	43	19	4	32	1.71
67565--67665	22	4.7	22	80	4	107	41	18	3	35	1.69
67466--67664	98	2.0	99	88	1	292	43	19	4	33	1.70
68220--69308	35	30.3	35	79	7	806	32	20	23	23	1.97
68455--68554	51	2.0	51	94	4	175	36	21	19	24	1.95
68420--68589	86	2.0	86	94	2	297	35	21	20	22	1.96
68230--69170	331	2.8	331	89	0	1371	32	20	24	22	1.98
68823--68854	16	2.0	16	100	0	64	31	31	12	25	1.92
68786--68886	51	2.0	51	98	0	193	34	23	20	20	1.96
68751--68921	86	2.0	86	95	0	306	35	22	22	19	1.96
68857--68947	18	5.2	18	64	15	64	35	21	25	17	1.95
68683--68993	156	2.0	156	89	1	471	33	22	23	20	1.97
69416--69815	39	10.3	39	80	1	444	17	21	25	36	1.94
69401--69815	117	3.5	117	85	2	584	17	21	24	36	1.95
69691--69836	78	1.9	78	84	5	197	17	23	25	33	1.96
72460--72820	54	6.7	54	89	3	521	39	31	11	18	1.86
77054--77110	11	5.2	11	97	0	96	14	19	29	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78936--78960	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
80284--80485	42	4.8	42	87	8	306	33	28	13	24	1.93
80284--80485	86	2.4	84	87	8	306	33	28	13	24	1.93
80859--80934	25	3.0	25	94	0	125	32	9	19	38	1.84
81818--81878	30	2.0	30	100	0	122	42	16	6	34	1.74
82105--82132	14	2.0	14	100	0	56	35	14	7	42	1.73
83469--83576	36	3.0	36	86	0	153	30	28	22	18	1.97
85414--85709	51	5.9	50	78	13	304	38	18	16	26	1.92
88987--89028	18	2.4	18	88	11	61	35	26	14	23	1.93
89062--89201	47	3.0	47	95	1	255	20	35	17	25	1.95
90311--90994	24	28.5	24	90	0	1019	33	21	16	28	1.95
91265--91319	20	2.8	20	100	0	110	41	20	27	10	1.85
91590--92053	18	25.8	18	81	5	490	21	9	31	37	1.85
92450--92704	18	14.2	18	81	1	251	21	8	30	40	1.83
92450--92685	72	3.3	72	88	0	319	20	8	30	40	1.82
93284--93308	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
95905--96102	48	4.1	48	89	2	308	25	16	23	35	1.95
96176--96643	30	15.4	30	84	5	467	37	20	12	29	1.89
105819--105870	24	2.2	24	92	0	86	32	11	21	34	1.89
109858--109892	15	2.3	15	95	0	61	14	17	5	62	1.49
110383--110651	50	5.4	50	98	0	511	26	24	20	29	1.99
120982--121128	57	2.6	57	87	0	195	24	21	25	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125224--125282	28	2.1	28	100	0	118	28	18	20	32	1.96
125332--125838	28	17.6	28	81	6	539	24	17	26	32	1.97
125463--125835	149	2.6	149	78	3	377	24	17	26	31	1.97
131644--131712	24	2.9	24	84	4	77	24	24	27	23	2.00
132887--132974	29	3.0	29	89	0	131	44	3	14	37	1.62
136461--136813	177	2.0	176	100	0	697	28	16	15	39	1.89
139433--139841	181	2.3	178	93	4	702	30	15	17	36	1.91
147196--147228	11	2.7	13	81	18	52	51	9	0	39	1.34
149448--149478	16	1.9	16	93	0	53	16	12	0	70	1.16
149525--149566	15	2.8	15	100	0	84	21	30	0	47	1.51
149918--149959	20	2.1	20	95	0	75	33	0	30	35	1.58
150853--151082	16	15.4	16	77	17	201	30	5	19	44	1.73
150895--151078	24	8.0	24	77	16	210	30	4	20	44	1.72
150880--151054	40	4.6	40	87	11	276	30	5	19	44	1.72
150863--151054	56	3.4	56	86	5	289	31	5	19	44	1.72
150863--151082	96	2.3	96	90	3	345	31	5	19	44	1.73
150890--151083	40	4.8	40	83	9	175	30	5	19	44	1.73
161348--161712	18	20.3	18	86	3	448	32	21	23	22	1.98
161348--161712	90	4.1	90	90	1	518	32	21	23	22	1.98
161825--161908	18	4.7	18	81	0	96	30	27	33	8	1.86
161825--161908	36	2.3	36	87	0	114	30	27	33	8	1.86
163483--163528	22	2.1	22	100	0	92	50	21	4	23	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166436--166512	2	38.5	2	97	0	145	0	49	0	50	1.00
168960--169371	42	9.8	42	88	4	598	31	17	23	27	1.97
169359--169459	42	2.4	42	81	3	105	30	20	23	24	1.99
169070--169455	63	6.1	63	76	6	201	30	18	23	27	1.98
172342--172397	2	28.0	2	100	0	112	0	50	0	50	1.00
176295--176366	18	4.0	18	94	0	126	36	43	4	16	1.68
177974--178013	19	2.1	19	90	0	62	22	2	37	37	1.68
177695--178656	177	5.4	175	91	2	1336	23	16	25	33	1.96
177692--178656	352	2.7	352	88	2	1391	23	16	25	33	1.96
179322--179364	20	2.1	20	91	0	68	39	4	13	41	1.66
179435--179469	18	1.9	18	88	11	54	31	2	17	48	1.61
179585--179634	15	3.2	15	77	5	55	42	8	6	44	1.58
179674--179798	15	7.8	15	72	19	101	36	3	12	48	1.58
179678--179712	18	1.9	18	94	0	61	40	0	8	51	1.33
179590--179796	98	2.1	98	87	4	294	37	4	12	44	1.64
179674--179816	30	4.5	30	72	20	103	34	3	13	48	1.59
180028--180052	13	1.9	13	100	0	50	40	0	16	44	1.47
181073--181125	20	2.6	20	84	0	70	37	1	13	47	1.54
181324--181361	16	2.4	16	90	0	58	0	39	23	36	1.55
181541--181607	31	2.2	31	97	2	127	43	8	32	14	1.77
182463--182581	50	2.4	51	83	7	145	39	4	11	44	1.60
182508--182551	15	2.9	15	89	3	61	36	0	15	47	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
182732--182763	15	2.1	15	94	0	55	50	15	6	28	1.68
182822--182877	20	2.8	20	78	10	69	39	7	8	44	1.63
193658--193731	36	2.0	37	92	2	123	18	25	24	31	1.98
194689--194713	1	25.0	1	100	0	50	0	0	100	0	0.00
194804--195046	80	3.0	80	93	1	405	37	12	13	37	1.83
199263--199295	17	1.9	18	88	11	52	42	6	6	45	1.53
204153--204326	31	5.1	31	77	20	177	29	24	20	25	1.99
204142--204493	39	9.4	39	78	11	337	33	21	20	24	1.97
204142--204384	70	3.3	73	81	13	265	32	23	20	24	1.98
204142--204384	109	2.2	109	96	0	441	32	23	20	24	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6